Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07792
- Subject:
- XR_002959705.1
- Aligned Length:
- 3106
- Identities:
- 1652
- Gaps:
- 1447
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATCTCGTTGGCTGTATCTTCAAAATGTCCAGAACCCAGCCAGTTTTCATCACCTCCACTGCGACTGTCCTCCCT 74
Query 1 --------------------------------------------ATGGAGACGCCGCCGCTGCCT------CCC 24
|| ||..|||.||..|.|.| |||
Sbjct 75 AAGCCACTGTCATTTTTTAGTGAATTATTGTAATATCCTGCTAAAT--AGTTGCCCCCTTTTCATCTTTGACCC 146
Query 25 G-------------------------------------------CATGCACAAAGCAGGGTCATCAGAAGCCTC 55
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 147 GTGTAGAGTGTTCTCAACCAGCAGCCAAAGTGGTCTTTGGAAAACATGCACAAAGCAGGGTCATCAGAAGCCTC 220
Query 56 TCGATTCAAAAGATGATAATACCGAAAAACACTGCCCAGTGACAGTGAATCCTTGGCATATGAAGAAAGCTTTC 129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 TCGATTCAAAAGATGATAATACCGAAAAACACTGCCCAGTGACAGTGAATCCTTGGCATATGAAGAAAGCTTTC 294
Query 130 AAAGTCATGAACGAATTAAGAAGTCAAAATTTGCTGTGCGATGTCACAATTGTGGCAGAAGACATGGAAATTTC 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 AAAGTCATGAACGAATTAAGAAGTCAAAATTTGCTGTGCGATGTCACAATTGTGGCAGAAGACATGGAAATTTC 368
Query 204 TGCTCATAGAGTGGTGCTGGCCGCCTGTAGTCCTTATTTTCATGCCATGTTTACAGGTGAGATGAGTGAGAGCC 277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 TGCTCATAGAGTGGTGCTGGCCGCCTGTAGTCCTTATTTTCATGCCATGTTTACAGGTGAGATGAGTGAGAGCC 442
Query 278 GAGCAAAGAGAGTTAGAATAAAAGAGGTAGATGGCTGGACCCTGAGGATGCTAATTGATTATGTTTACACTGCA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 GAGCAAAGAGAGTTAGAATAAAAGAGGTAGATGGCTGGACCCTGAGGATGCTAATTGATTATGTTTACACTGCA 516
Query 352 GAAATTCAGGTTACAGAAGAAAATGTACAGGTACTTCTCCCAGCAGCTGGTCTCTTACAGTTACAGGATGTGAA 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 GAAATTCAGGTTACAGAAGAAAATGTACAGGTACTTCTCCCAGCAGCTGGTCTCTTACAGTTACAGGATGTGAA 590
Query 426 GAAGACTTGTTGTGAATTTTTGGAATCCCAGCTTCACCCTGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATA 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GAAGACTTGTTGTGAATTTTTGGAATCCCAGCTTCACCCTGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATA 664
Query 500 TGCATGCATGTACCGACCTTCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAGAGCAACATTTTGCAGATGTTGTACTTAGT 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TGCATGCATGTACCGACCTTCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAGAGCAACATTTTGCAGATGTTGTACTTAGT 738
Query 574 GAAGAATTTCTCAATCTTGGCATCGAACAAGTGTGCAGCTTAATCTCAAGTGACAAACTTACCATTTCTTCAGA 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 GAAGAATTTCTCAATCTTGGCATCGAACAAGTGTGCAGCTTAATCTCAAGTGACAAACTTACCATTTCTTCAGA 812
Query 648 AGAGAAGGTATTTGAAGCAGTAATAGCATGGGTGAACCATGACAAGGATGTGAGGCAAGAGTTTATGGCCCGAC 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 AGAGAAGGTATTTGAAGCAGTAATAGCATGGGTGAACCATGACAAGGATGTGAGGCAAGAGTTTATGGCCCGAC 886
Query 722 TGATGGAACATGTACGGTTACCTTTGCTTCCTCGGGAATATTTAGTTCAGAGGGTTGAAGAGGAAGCATTGGTC 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TGATGGAACATGTACGGTTACCTTTGCTTCCTCGGGAATATTTAGTTCAGAGGGTTGAAGAGGAAGCATTGGTC 960
Query 796 AAGAATAGCAGTGCTTGCAAAGATTACCTCATTGAAGCAATGAAGTACCATTTGCTGCCAACAGAGCAGCGTAT 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGAATAGCAGTGCTTGCAAAGATTACCTCATTGAAGCAATGAAGTACCATTTGCTGCCAACAGAGCAGCGTAT 1034
Query 870 ATTAATGAAGAGTGTCCGGACCCGGCTGAGGACACCCATGAACCTTCCCAAATTGATGGTGGTGGTTGGGGGCC 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 ATTAATGAAGAGTGTCCGGACCCGGCTGAGGACACCCATGAACCTTCCCAAA---------------------- 1086
Query 944 AAGCACCAAAGGCTATCCGGAGTGTGGAATGCTATGACTTTAAAGAAGAAAGGTGGCACCAAGTAGCAGAGTTG 1017
Sbjct 1087 -------------------------------------------------------------------------- 1086
Query 1018 CCTTCCGGGAGGTGCAGGGCAGGCATGGTCTACATGGCTGGACTTGTTTTTGCTGTTGGTGGCTTTAATGGCTC 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 ----------------------GCATGGTCTACATGGCTGGACTTGTTTTTGCTGTTGGTGGCTTTAATGGCTC 1138
Query 1092 ATTAAGAGTTCGCACTGTAGATTCCTACGACCCTGTGAAGGACCAGTGGACCAGCGTTGCTAACATGAGAGACC 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATTAAGAGTTCGCACTGTAGATTCCTACGACCCTGTGAAGGACCAGTGGACCAGCGTTGCTAACATGAGAGACC 1212
Query 1166 GGAGAAGCACTTTGGGAGCTGCTGTGTTAAATGGATTATTATACGCTGTGGGAGGCTTTGATGGGAGTACAGGT 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 GGAGAAGCACTTTGGGAGCTGCTGTGTTAAATGGATTATTATACGCTGTGGGAGGCTTTGATGGGAGTACAGGT 1286
Query 1240 TTGTCATCTGTGGAAGCATACAACATAAAGTCTAATGAGTGGTTTCATGTAGCTCCCATGAATACAAGGAGGAG 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 TTGTCATCTGTGGAAGCATACAACATAAAGTCTAATGAGTGGTTTCATGTAGCTCCCATGAATACAAGGAGGAG 1360
Query 1314 CAGTGTTGGTGTGGGTGTTGTTGGAGGTTTGCTCTATGCTGTAGGAGGTTATGATGGAGCATCACGTCAGTGTC 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 CAGTGTTGGTGTGGGTGTTGTTGGAGGTTTGCTCTATGCTGTAGGAGGTTATGATGGAGCATCACGTCAGTGTC 1434
Query 1388 TTAGCACAGTAGAATGCTATAATGCTACAACAAATGAGTGGACCTATATAGCAGAAATGAGCACCAGGCGGAGT 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TTAGCACAGTAGAATGCTATAATGCTACAACAAATGAGTGGACCTATATAGCAGAAATGAGCACCAGGCGGAGT 1508
Query 1462 GGAGCAGGTGTTGGTGTGTTAAACAATTTATTGTATGCTGTAGGAGGTCATGATGGCCCTTTAGTACGAAAAAG 1535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 GGAGCAGGTGTTGGTGTGTTAAACAATTTATTGTATGCTGTAGGAGGTCATGATGGCCCTTTAGTACGAAAAAG 1582
Query 1536 TGTTGAAGTATATGATCCCACCACTAACGCATGGAGACAGGTTGCAGATATGAACATGTGCAGAAGAAATGCAG 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 TGTTGAAGTATATGATCCCACCACTAACGCATGGAGACAGGTTGCAGATATGAACATGTGCAGAAGAAATGCAG 1656
Query 1610 GAGTTTGTGCAGTTAATGGTCTGTTATATGTTGTTGGAGGGGATGATGGTTCCTGTAACTTGGCGTCAGTAGAA 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 GAGTTTGTGCAGTTAATGGTCTGTTATATGTTGTTGGAGGGGATGATGGTTCCTGTAACTTGGCGTCAGTAGAA 1730
Query 1684 TATTATAACCCAACAACCGATAAATGGACAGTTGTGTCATCGTGTATGAGCACAGGGAGAAGTTATGCAG---- 1753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TATTATAACCCAACAACCGATAAATGGACAGTTGTGTCATCGTGTATGAGCACAGGGAGAAGTTATGCAGCCTG 1804
Query 1754 ------------------------------------------------------------GGGTCACAGTTATT 1767
||||||||||||||
Sbjct 1805 CTCAATGTGAAGAGACAAGGATGAAGACCTTGATGATGATCCACTTCCCCTTAATGAATAGGGTCACAGTTATT 1878
Query 1768 GATAAACCATTA-------------------------------------------------------------- 1779
||||||||||||
Sbjct 1879 GATAAACCATTATGAGCCTGAAGGACATTTTCAGCATATTTATACATGAGAAACAGCCTTCAACAAGTATTTGT 1952
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 1953 GAAGTGACTGAGAATCTAGCACTTCTCCACTTGTAGCTGCACTTTAAGTCTCAGCAGAAGATACGATCGTCTGC 2026
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2027 CTTTATAGGCCTCAGATACTGAAGATTATTTTTGGTAGAAGCACCGTGTAGGCTTTTTCTGCAATGAGCAGCAG 2100
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2101 CTGACTGAATTTTCATAAGAAACTTGGACTGCAGGACTTAATCTGTAGTCTTTAGACAACAGTTGCTTTCATAA 2174
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2175 AGACTAGTTCTTATCAACCTTGAATGACTACAGATTATTTTGTGAAGGAGGATGAAGTAATGTGTGTTCTTGTA 2248
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2249 AAATTAAATTTTATCTTTATTTCTTCTAAAAATCTGTATACCAGGAACTGAAAATCTTTGAACAGATATTAAAA 2322
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2323 TCTACGTAAGTATACAAACTAGTTGAGGGATACACTGTTTGCTTTTATAAAATAACTTTGATTACATGAATATA 2396
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2397 ATAAATTATGTGCATATAAATGTGTGTCTATATGCTTTCCTTTAAATATGTTTGAAAAGATGTTTGAAACTTGA 2470
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2471 TTATACTATTTATAATTGGCACAGTACTTTGAATTATGCCAGTACTACATTGTAAAACAGAGTTGTATTTTTTG 2544
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2545 ATATTTAACAATGCTTAACACTTTAAATGCCACTTCTGAGGAATGGACCTGGTGTAACACACTTGAATATGTGT 2618
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2619 GATGCCAAACTTTTTAAAATACAATATAAATTATGCTTATTTATTATTTTCTTTAGTTTAATCTTGGTCATGTT 2692
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2693 TTGGTGTGTATTTTTAATTTTTTTCTTAAATTAACACTTTGGCATGAACATTACTGCAGGTTTTTGATGAATAT 2766
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2767 AATGAATGTATGGAATTCAATTGAATTTGCATGGTCTTCGGAATTTTTTCTGTGTGTATAAATTTAGCTGCTAT 2840
Query 1780 -------------------------------------------------------------------------- 1779
Sbjct 2841 TAACAGAAGAGAGAACTTTCTGTGAGTAGCCATGTGTGTTGATCAGATACAGTTTTTCTGAGATCTTCAATTAA 2914
Query 1780 ------------------------------------------------------------------------ 1779
Sbjct 2915 TCTCACTTTAAAAATGACCAAAACATGTCTTTCTTGAATTAACTTTGAATAAAAGTTTGTATATTATTTGTT 2986