Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_07957
Subject:
NM_001014399.2
Aligned Length:
3339
Identities:
2275
Gaps:
726

Alignment

Query    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74
                                 |||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||
Sbjct    1  ---------------------ATGCTCTCCAGCCTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTGCACTTGCTCT  53

Query   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct   54  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAAGCCAAGCTTGAAAGTGCACATCAATACCACCAGCGACTCCA  127

Query  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222
            ||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  128  TCCTCTTGAAGTTCCTGCGTCCAAATGCAAACGTAAAGCTGGAAGGTTTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTG  201

Query  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296
            ||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct  202  TCTCCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCACAGAAGGGAAATTCACAGAGGCTGTAGTTGATGCAGAGCCGAAGTA  275

Query  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370
            |||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||.||||..|||||||||
Sbjct  276  TCTGATAGTCGTACGACCTGCTCCTCCTCCCAGCCAGAAGAAGTCATGTTCAGGGAAATCTCGCCCTCGCAAAC  349

Query  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444
            |.||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  350  CCCTCCAGCTGGTGGTGGGTACGTTGACACCGAGTTCTGTCTTCCTGTCCTGGGGATTCCTCATCAACCCACAC  423

Query  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||
Sbjct  424  CATGACTGGACATTGCCAAGCCACTGTCCCAGTGACAGATTTTATACAATTCGATATAGAGAAAAAGATAAAGA  497

Query  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592
            ||||||.||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  498  AAAGAAATGGATTTTTCAACTCTGCCCAGCTACTGAAACAATTGTGGAAAATCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  571

Query  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666
            |||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct  572  AATTTGGTGTGAAAGACAATATAGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCATAAGACTATTGTTGGAAGT  645

Query  667  AAA---AAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAA  737
            |||   ||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.||||.||||||||      |||||.|||||
Sbjct  646  AAAAACAAAGTAAACGGGAAAATCCAAAGCACTTATGACCAGGTCCACTCAGTGCCA------GTCCCGAGGAA  713

Query  738  ACTAATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAA  811
            .|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|.|||||||||||.|
Sbjct  714  GCTAATCCCACTAACGATCATTAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAGGGCTTCAACCAAATCCCCAGACA  787

Query  812  AAGCTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCT  885
            |..||||..|.||.|||...|||.||||.||.||.||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||.
Sbjct  788  AGACTCCTTTTGGGGGAACAATATTAGTTCATCTGATTATTCCGGGTCTTAATGAATCCACTGTAAAACTTCCC  861

Query  886  GCATCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGC  959
            .|||||.|||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct  862  ACATCCATAATGCTTGAGATTTCCGATGCTCTCAAGGCACAATTAGCTAAGAATGAAACATTGGCTTTACCAGC  935

Query  960  CGAATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCA-CAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGA  1032
            .||||||||||||||||||||.||||||.|..|||..| |.||| .||||||||||||.|||.|||||.|||||
Sbjct  936  AGAATCTAAAACACCAGAGGTCGAAAAATTGGCAGGGC-AGCCAGTAACAGTGACTCCGGAATCAGTTTCAAGA  1008

Query 1033  AGCACTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGAT  1106
            ||||||||.|||||...|||||||||.||||              ||||||                       
Sbjct 1009  AGCACTAAGCCCACCCTGTCTAGTGCTTTAG--------------ACACTG-----------------------  1045

Query 1107  TGTGCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAA  1180
                                                                                      
Sbjct 1046  --------------------------------------------------------------------------  1045

Query 1181  GCCCTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATC  1254
                        ||||                                                          
Sbjct 1046  ------------CAGA----------------------------------------------------------  1049

Query 1255  CCACCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCA  1328
                                               |.||.|||||||.||.||                     
Sbjct 1050  -----------------------------------GACAGCACTGGCACCCAG---------------------  1067

Query 1329  AAAACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTT  1402
                                          ||||.|.|             ||||||                 
Sbjct 1068  ------------------------------GCAGACAA-------------CCAGCA-----------------  1081

Query 1403  CTACACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATT  1476
                                                                         |||          
Sbjct 1082  -------------------------------------------------------------TGC----------  1084

Query 1477  ACACCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCT  1550
                                                                                      
Sbjct 1085  --------------------------------------------------------------------------  1084

Query 1551  GAAACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGACACCACGTGCTCCTC  1624
                                                           |||||||||                  
Sbjct 1085  -----------------------------------------------CTCCCAAGC------------------  1093

Query 1625  CTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCA-CAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGTTAC  1697
                 .|||||    ||||||.|.||||.||.||| |||| |.|.|||||||||||||..||||.||.|...||
Sbjct 1094  -----TCAAAA----CACCACACTCAAGGATGCCAGCAAA-AGAGCCAGTTCCTAAGGAACCCCTGCATACGAC  1157

Query 1698  TGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTCCTC  1771
            |.||||.|||||||.|.||||||||||.||||||.||.||||.||                             
Sbjct 1158  TTCAAAGCCAAAAATGCCACCAAGTCCTGAAGTGGCAGACACTAC-----------------------------  1202

Query 1772  ATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCCATG  1845
                                           |.||||.|||.||||||||||.|||||.|||.|.|||||..||
Sbjct 1203  -------------------------------ATCTGCACCTTTAGAGACACGGGGCATTCCTCTCATACCTGTG  1245

Query 1846  ATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACCTTT  1919
            |||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|..||||||||||||||||.||.||||||||.|..||
Sbjct 1246  ATTTCACCAAGACCTAGTCAAGAGGAACTACAAACCGCCATGGAAGAAACAGACCAGTCTACCCAAGAGCTCTT  1319

Query 1920  CACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATA---CTACTG  1990
            |||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||..|||   ||.|||
Sbjct 1320  CACGACTAAGATTCCACGAACAACTGAATTGGCAAAGACAACTCAGGCACCACACAGATTGCATACAGCTCCTG  1393

Query 1991  TGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTG-----------------------------------  2029
            ||||||||||||.|.|||.||.||||||...|||.||||                                   
Sbjct 1394  TGAGGCCCAGAATACCTGGCAGGCCACATGGCAGGCCTGCTCTGAACAAAACAACTACAAGGCCTGATAAAACC  1467

Query 2030  ---------GGG-------------------------------TCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGCTGA  2063
                     |||                               .||||||||||||.|.||||.||.||.|||.
Sbjct 1468  AAACCCAGAGGGACGTCCCATAAAAACGGAGTAGGAACAGGAACCAAGCAAGCACCTAAGCCACCAAGTCCTGG  1541

Query 2064  TAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGC------------CAGGGACTCGCCGCCCACCCT  2125
            .|||||||..||||||||   |.|.||..||||.|.|||.|            |||||||.||.||.||||||.
Sbjct 1542  GAGAAATGCGTCAGTGGA---TTCACATGCCACAAGAAAACCAGGCTCAGTCTCAGGGACGCGTCGTCCACCCA  1612

Query 2126  TGCCACCCAGAC---------CTACACAC-------CCACGA-AGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTG  2182
            |.||||..||.|         |||.|| |       ||| || ||||..||||||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1613  TACCACATAGGCATTCGTCCACTAGAC-CTGTGTCTCCA-GAGAGAAGGCCTTTACCCCCGAATAATGTCACCG  1684

Query 2183  GAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACAC-CCAGGCC  2255
            |.|||||||||.||||.|||||..||||.||..|||...||||..|.||||||||||.|.|||||| ||| .||
Sbjct 1685  GGAAGCCAGGACGTGCGGGAATTGTTTCCTCCAGCCGGGTAACGTCCCCACCCCTGAAGGCAACACTCCA-CCC  1757

Query 2256  TACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGG  2329
            ||..|||||..||...|.||||..||.|.||||...||||.|||||||.|.||||||.||.|.||||||..|.|
Sbjct 1758  TATCGGAACAGCCACAGCGAGACCAGGGGCAGAACAAAAGGAACCAACTGCTCCTGCTTCAGAAGAAGAGTTTG  1831

Query 2330  AAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG-CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACC  2402
            ..|.||.|||||||||.||.||||| ||||.||| ||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|||.||
Sbjct 1832  GTACTACAACTGACTTCAGTTCAAGTCCCACCAA-AGAAACTGATCCCCTTGGGAAGCCCAGGTTCATAGGTCC  1904

Query 2403  TCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAG  2476
            .|||||||||||.||||.|||||||||.||||..|||||.|||||.||||||||.||||.|||||||||.|.||
Sbjct 1905  CCATGTGCGATATATCCCAAAGCCTGAAAACAAGCCCTGTTCCATCACTGACTCAGTCAGACGGTTCCCTACAG  1978

Query 2477  AGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAA  2550
            ||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1979  AGGAAGCCACGGAGGGGAATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACTGTCGAA  2052

Query 2551  GGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATC  2624
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2053  GGCTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGACTGGGAAAAACCTCTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTCATATC  2126

Query 2625  CAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAA  2698
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.||||||||||
Sbjct 2127  CAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATTACCAATCAAACGTTCTCTACAGTAGAAA  2200

Query 2699  ATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAAC  2772
            |.|||||||||.|.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|.|||||||
Sbjct 2201  ACCTGAAACCAGATACAAGCTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAATCCACTTGGTGAGGGCCCCGCCAGCAAC  2274

Query 2773  ACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTG  2846
            ||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275  ACGGTAGCGTTCAGTACTGAATCAGCTGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAATTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTG  2348

Query 2847  GACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATA  2920
            ||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||
Sbjct 2349  GACTGAAAGACCTTTTAACTCAGACTCTTACTCAGAATGCAAAGGCAAACAGTATGTTAAAAGGACGTGGTATA  2422

Query 2921  AAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAA  2994
            ||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 2423  AAAAATTTGTCGGAGTGCAGCTATGTAACTCTCTCAGATACAAGATTTATTTGAGCGATTCCCTCACAGGCAAG  2496

Query 2995  TTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACG  3068
            |||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2497  TTTTACAACATAGGAGATCAGAGGGGCCACGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGTCG  2570

Query 3069  CACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTG  3142
            |||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|.|||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 2571  CACAGGACAGCAACTCACCTCTGAACAGTTACCCACCAAAGAAGGCTATTTCAGAGCTGTTCGTCAGGAACCTG  2644

Query 3143  TCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCT  3216
            |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 2645  TCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCATACCCAAATCAATTATGTCCAGTGGTATGAATGTGGGACCACAATACCT  2718

Query 3217  GGAAAATGG  3225
            |||||||||
Sbjct 2719  GGAAAATGG  2727