Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07957
• Subject: NM_001349331.1
• Aligned Length: 3765
• Identities: 3146
• Gaps: 618

Alignment

Query    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74

Query   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148

Query  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222

Query  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296

Query  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370

Query  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCGGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444

Query  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518

Query  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592

Query  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666

Query  667  AAAAAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAAACT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAAAAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAAACT  740

Query  741  AATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAAAAG  814

Query  815  CTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCTGCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCTGCA  888

Query  889  TCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGCCGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGCCGA  962

Query  963  ATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCACAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGAAGCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCACAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGAAGCA  1036

Query 1037  CTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATTGTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATTGTG  1110

Query 1111  CCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAGCCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAGCCC  1184

Query 1185  TACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCCCAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCCCAC  1258

Query 1259  CTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCAAAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCAAAAA  1332

Query 1333  CTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTTCTAC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTTCTAC  1406

Query 1407  ACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATTACAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATTACAC  1480

Query 1481  CTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCTGAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCTGAAA  1554

Query 1555  CCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCT--------------------------------  1596
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                
Sbjct 1555  CCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCCCCAGAACCTCAGACTCTACTGCCATCACA  1628

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1629  GTCAACAATAGGACCTGAAACACCAGGAACCAAACCTTCAACAACATTAGCACCACGAAAGACCAAAAGACCAG  1702

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1703  GTCGTCGCCCCCGCCCCCGTCCCCGCCCTAAAACCACACCTAGTCCAGAAGTGCCCAAGTCCAAACCCGCTCTG  1776

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1777  GAACCTGCCACGATACAACCGGAGCCCTTGGTGCCCACAACTGTCTCTGAGCCTGTTCCATTTGAAACTGAAGC  1850

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1851  TCCCTCAATGACCATAGTTCCCACCACAGACATTGAGCCTGTAACTGTGAGAACTGAGGCTACAGTGACAACAT  1924

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1925  TAGCTCCAAAAACATCGCAACGAACAAGAACACGTCGTCCACGTCCCAAACATAAAACCACGCCACGCCCAGAG  1998

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1999  ACACTGCAGACCAAACTAGACTTTGGACCTATTACTCCTGGGACATCTTCAGCTCCAACAACAACAACAAAAAG  2072

Query 1597  ----------------------------------------------------------------GCTCCCAAGC  1606
                                                                            ||||||||||
Sbjct 2073  AACCCGTCGTCCACATCCCAAACCTAAAACCACGCCCCATCCAGAAGTACCTCAAACTAAACTGGCTCCCAAGC  2146

Query 1607  AGACACCACGTGCTCCTCCTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCACAAACACAACCAGTTCCTAAG  1680
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGACACCACGTGCTCCTCCTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCACAAACACAACCAGTTCCTAAG  2220

Query 1681  GTGCCCCAGCGTGTTACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAA  1754
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GTGCCCCAGCGTGTTACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAA  2294

Query 1755  AGATGTGCTCCTTCCTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCA  1828
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGATGTGCTCCTTCCTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCA  2368

Query 1829  TCCCTTTTATACCCATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAA  1902
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct 2369  TCCCTTTTATACCCATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCT----------------  2426

Query 1903  TCCACCCAAGAACCTTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAG  1976
                                                                          ||||||||||||
Sbjct 2427  --------------------------------------------------------------GGCGCCACACAG  2438

Query 1977  ATTTTATACTACTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTGGGGTCAAGCAAGCACCCAGGC  2050
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439  ATTTTATACTACTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTGGGGTCAAGCAAGCACCCAGGC  2512

Query 2051  CATCAGGTGCTGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGCCAGGGACTCGCCGCCCACCC  2124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513  CATCAGGTGCTGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGCCAGGGACTCGCCGCCCACCC  2586

Query 2125  TTGCCACCCAGACCTACACACCCACGAAGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGC  2198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587  TTGCCACCCAGACCTACACACCCACGAAGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGC  2660

Query 2199  AGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACACCCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGG  2272
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661  AGGAATCATTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACACCCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGG  2734

Query 2273  AGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTT  2346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735  AGAGAATAGAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTT  2808

Query 2347  AGCTCAAGCCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCA  2420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809  AGCTCAAGCCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCA  2882

Query 2421  AAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGA  2494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883  AAAGCCTGACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGA  2956

Query 2495  ATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTC  2568
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2957  ATGCCACCAGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTC  3030

Query 2569  ATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATT  2642
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3031  ATCTTGGACTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATT  3104

Query 2643  CAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGA  2716
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3105  CAGTGGGAAGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGA  3178

Query 2717  GTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACT  2790
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179  GTTATGAATTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACT  3252

Query 2791  GAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAA  2864
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3253  GAATCAGCGGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAA  3326

Query 2865  TTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGC  2938
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3327  TTCAGACTCTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGC  3400

Query 2939  AGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGAT  3012
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3401  AGCTGTGCAACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGAT  3474

Query 3013  CAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCAC  3086
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3475  CAGAGGGGCCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCAC  3548

Query 3087  TTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAG  3160
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3549  TTCTGACCAGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAG  3622

Query 3161  GTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG  3225
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3623  GTGGTCACACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG  3687