Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08049
• Subject: NM_001164380.2
• Aligned Length: 1717
• Identities: 1605
• Gaps: 110

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCAAACCCAAAAGAGAAAACTGCAATGTGTCTGGTAAATGAGTTAGCCCGTTTCAATAGAGTCCAACCCCA  74

Query    1  --------------------------ATGC---TTCAAATAAATCAGATGTTCTCAGTGCAGCTGAGTCTTGGT  45
                                      .|||   |||||       |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GTATAAACTTCTGAATGAAAGAGGGCCTGCTCATTCAA-------AGATGTTCTCAGTGCAGCTGAGTCTTGGT  141

Query   46  GAGCAGACATGGGAATCCGAAGGCAGCAGTATAAAGAAGGCTCAGCAGGCTGTTGCCAATAAAGCTTTGACTGA  119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  142  GAGCAGACATGGGAATCCGAAGGCAGCAGTATAAAGAAGGCTCAGCAGGCTGTTGCCAATAAAGCTTTGACTGA  215

Query  120  ATCTACGCTTCCCAAACCAGTTCAGAAGCCACCCAAAAGTAATGTTAACAATAACCCAGGCAGTATAACTCCAA  193
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  216  ATCTACGCTTCCCAAACCAGTTCAGAAGCCACCCAAAAGTAATGTTAACAATAACCCAGGCAGTATAACTCCAA  289

Query  194  CTGTGGAACTGAATGGGCTTGCTATGAAAAGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTC  267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  290  CTGTGGAACTGAATGGGCTTGCTATGAAAAGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTC  363

Query  268  CCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCGGGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTT  341
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  364  CCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCGGGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTT  437

Query  342  TTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATGAATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATG  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  438  TTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATGAATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATG  511

Query  416  CTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAGAATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGA  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  512  CTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAGAATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGA  585

Query  490  AAGGATATGGATGATGACAAAGATGCAAATAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAA  563
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  586  AAGGATGTGGATGATGACAAAGATGCAAATAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAA  659

Query  564  TATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAGAAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAG  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  660  TATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAGAAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAG  733

Query  638  TAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGAAATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTA  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  734  TAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGAAATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTA  807

Query  712  CAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCCTGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAAC  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  808  CAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCCTGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAAC  881

Query  786  AATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCCAAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCA  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  882  AATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCCAAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCA  955

Query  860  AAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTGCTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAG  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  956  AAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTGCTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAG  1029

Query  934  GTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGGAACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGC  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030  GTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGGAACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGC  1103

Query 1008  AATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCATCCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAG  1081
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104  AATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCATCCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAG  1177

Query 1082  GATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCTGAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCT  1155
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178  GATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCTGAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCT  1251

Query 1156  GATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCGCCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAA  1229
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252  GATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCGCCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAA  1325

Query 1230  AGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCTTCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGG  1303
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326  AGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCTTCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGG  1399

Query 1304  AACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACAGCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGT  1377
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400  AACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACAGCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGT  1473

Query 1378  TCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGAATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGCAGCCTTAAGTGCCTT  1451
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474  TCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGAATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGCAGCCTTAAGTGCCTT  1547

Query 1452  GAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATCCAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTCTCTTGAAAAAC  1525
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548  GAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATCCAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTCTCTTGAAAAAC  1621

Query 1526  AAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGACAATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGGACTGCAAGAAA  1599
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622  AAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGACAATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGGACTGCAAGAAA  1695

Query 1600  TCAAACTCGGCCGTC  1614
            |||||||||||||||
Sbjct 1696  TCAAACTCGGCCGTC  1710