Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08049
• Subject: NM_001164382.1
• Aligned Length: 1728
• Identities: 1397
• Gaps: 330

Alignment

Query    1  ATGCTTCAAATAAATCAGATGTTCTCAGTGCAGCTGAGTCTTGGTGAGCAGACATGGGAATCCGAAGGCAGCAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TATAAAGAAGGCTCAGCAGGCTGTTGCCAATAAAGCTTTGACTGAATCTACGCTTCCCAAACCAGTTCAGAAGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CACCCAAAAGTAATGTTAACAATAACCCAGGCAGTATAACTCCAACTGTGGAACTGAATGGGCTTGCTATGAAA  222
                                                                                ||||||
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------ATGAAA  6

Query  223  AGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTCCCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    7  AGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTCCCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCG  80

Query  297  GGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTTTTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   81  GGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTTTTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATG  154

Query  371  AATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATGCTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  155  AATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATGCTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAG  228

Query  445  AATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGAAAGGATATGGATGATGACAAAGATGCAAA  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  229  AATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGAAAGGATGTGGATGATGACAAAGATGCAAA  302

Query  519  TAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAATATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  303  TAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAATATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAG  376

Query  593  AAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAGTAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  377  AAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAGTAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGA  450

Query  667  AATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTACAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  451  AATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTACAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCC  524

Query  741  TGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAACAATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  525  TGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAACAATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCC  598

Query  815  AAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCAAAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  599  AAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCAAAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTG  672

Query  889  CTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAGGTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  673  CTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAGGTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGG  746

Query  963  AACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGCAATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCAT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  747  AACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGCAATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCAT  820

Query 1037  CCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAGGATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  821  CCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAGGATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCT  894

Query 1111  GAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCTGATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  895  GAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCTGATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCG  968

Query 1185  CCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAAAGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  969  CCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAAAGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCT  1042

Query 1259  TCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGGAACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1043  TCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGGAACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACA  1116

Query 1333  GCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGTTCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117  GCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGTTCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGA  1190

Query 1407  ATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTT--------------------------------------------------  1430
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 1191  ATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGTTCACTACTGTGATAGACAAAGTGGCAAAGAGTGTGTGACCTGTC  1264

Query 1431  ----------------------------------------------------------------TCAGGCAGCC  1440
                                                                            ||||||||||
Sbjct 1265  TGACATTAGCCCCTGTGCAGATGACTTTCCATGCTATTGGAAGCTCCATTGAAGCCAGCCATGATCAGGCAGCC  1338

Query 1441  TTAAGTGCCTTGAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATCCAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTC  1514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339  TTAAGTGCCTTGAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATCCAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTC  1412

Query 1515  TCTTGAAAAACAAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGACAATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGG  1588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413  TCTTGAAAAACAAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGACAATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGG  1486

Query 1589  ACTGCAAGAAATCAAACTCGGCCGTC  1614
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487  ACTGCAAGAAATCAAACTCGGCCGTC  1512