Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08049
• Subject: NM_001164383.1
• Aligned Length: 1614
• Identities: 1193
• Gaps: 420

Alignment

Query    1  ATGCTTCAAATAAATCAGATGTTCTCAGTGCAGCTGAGTCTTGGTGAGCAGACATGGGAATCCGAAGGCAGCAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TATAAAGAAGGCTCAGCAGGCTGTTGCCAATAAAGCTTTGACTGAATCTACGCTTCCCAAACCAGTTCAGAAGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CACCCAAAAGTAATGTTAACAATAACCCAGGCAGTATAACTCCAACTGTGGAACTGAATGGGCTTGCTATGAAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTCCCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTTTTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATGCTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAG  444
                                                              ||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------------------------------------------------ATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAG  24

Query  445  AATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGAAAGGATATGGATGATGACAAAGATGCAAA  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct   25  AATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGAAAGGATGTGGATGATGACAAAGATGCAAA  98

Query  519  TAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAATATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   99  TAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAATATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAG  172

Query  593  AAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAGTAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  173  AAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAGTAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGA  246

Query  667  AATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTACAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  247  AATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTACAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCC  320

Query  741  TGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAACAATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  321  TGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAACAATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCC  394

Query  815  AAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCAAAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  395  AAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCAAAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTG  468

Query  889  CTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAGGTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  469  CTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAGGTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGG  542

Query  963  AACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGCAATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCAT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  543  AACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGCAATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCAT  616

Query 1037  CCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAGGATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  617  CCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAGGATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCT  690

Query 1111  GAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCTGATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  691  GAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCTGATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCG  764

Query 1185  CCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAAAGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  765  CCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAAAGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCT  838

Query 1259  TCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGGAACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  839  TCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGGAACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACA  912

Query 1333  GCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGTTCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  913  GCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGTTCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGA  986

Query 1407  ATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGCAGCCTTAAGTGCCTTGAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  987  ATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGCAGCCTTAAGTGCCTTGAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATC  1060

Query 1481  CAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTCTCTTGAAAAACAAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061  CAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTCTCTTGAAAAACAAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGAC  1134

Query 1555  AATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGGACTGCAAGAAATCAAACTCGGCCGTC  1614
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135  AATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGGACTGCAAGAAATCAAACTCGGCCGTC  1194