Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08049
• Subject: NM_001164385.1
• Aligned Length: 1614
• Identities: 1417
• Gaps: 195

Alignment

Query    1  ATGCTTCAAATAAATCAGATGTTCTCAGTGCAGCTGAGTCTTGGTGAGCAGACATGGGAATCCGAAGGCAGCAG  74
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------ATGTTCTCAGTGCAGCTGAGTCTTGGTGAGCAGACATGGGAATCCGAAGGCAGCAG  56

Query   75  TATAAAGAAGGCTCAGCAGGCTGTTGCCAATAAAGCTTTGACTGAATCTACGCTTCCCAAACCAGTTCAGAAGC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   57  TATAAAGAAGGCTCAGCAGGCTGTTGCCAATAAAGCTTTGACTGAATCTACGCTTCCCAAACCAGTTCAGAAGC  130

Query  149  CACCCAAAAGTAATGTTAACAATAACCCAGGCAGTATAACTCCAACTGTGGAACTGAATGGGCTTGCTATGAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  131  CACCCAAAAGTAATGTTAACAATAACCCAGGCAGTATAACTCCAACTGTGGAACTGAATGGGCTTGCTATGAAA  204

Query  223  AGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTCCCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  205  AGGGGAGAGCCTGCCATCTACAGGCCATTAGATCCAAAGCCATTCCCAAATTATAGAGCTAATTACAACTTTCG  278

Query  297  GGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTTTTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  279  GGGCATGTACAATCAGAGGTATCATTGCCCAGTGCCTAAGATCTTTTATGTTCAGCTCACTGTAGGAAATAATG  352

Query  371  AATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATGCTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  353  AATTTTTTGGGGAAGGAAAGACTCGACAAGCTGCTAGACACAATGCTGCAATGAAAGCCCTCCAAGCACTGCAG  426

Query  445  AATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGAAAGGATATGGATGATGACAAAGATGCAAA  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  427  AATGAACCTATTCCAGAAAGATCTCCTCAGAATGGTGAATCAGGAAAGGATGTGGATGATGACAAAGATGCAAA  500

Query  519  TAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAATATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  501  TAAGTCTGAGATCAGCTTAGTGTTTGAAATTGCTCTGAAGCGAAATATGCCTGTCAGTTTTGAGGTTATTAAAG  574

Query  593  AAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAGTAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  575  AAAGTGGACCACCACATATGAAAAGCTTTGTTACTCGAGTGTCAGTAGGAGAGTTCTCTGCAGAAGGAGAAGGA  648

Query  667  AATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTACAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  649  AATAGCAAAAAACTCTCCAAGAAGCGCGCTGCGACCACCGTCTTACAGGAGCTTAAAAAACTTCCACCTCTTCC  722

Query  741  TGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAACAATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  723  TGTGGTGGAAAAGCCAAAACTATTTTTTAAAAAACGCCCTAAAACAATAGTAAAGGCCGGACCAGAATATGGCC  796

Query  815  AAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCAAAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  797  AAGGGATGAACCCTATTAGCCGCCTGGCGCAAATTCAACAGGCCAAAAAGGAAAAGGAGCCGGATTATGTTTTG  870

Query  889  CTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAGGTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  871  CTTTCAGAAAGAGGAATGCCTCGACGTCGAGAATTTGTGATGCAGGTGAAGGTAGGCAATGAAGTTGCTACAGG  944

Query  963  AACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGCAATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCAT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  945  AACAGGACCTAATAAAAAGATAGCCAAAAAAAATGCTGCAGAAGCAATGCTGTTACAACTTGGTTATAAAGCAT  1018

Query 1037  CCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAGGATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019  CCACTAATCTTCAGGATCAACTTGAGAAGACAGGGGAAAACAAAGGATGGAGTGGTCCAAAGCCTGGGTTTCCT  1092

Query 1111  GAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCTGATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093  GAACCAACAAATAATACTCCAAAAGGAATTCTTCATTTGTCTCCTGATGTTTATCAAGAGATGGAAGCCAGCCG  1166

Query 1185  CCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAAAGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167  CCACAAAGTAATCTCTGGCACTACTCTAGGCTATTTGTCACCCAAAGATATGAACCAACCTTCAAGCTCTTTCT  1240

Query 1259  TCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGGAACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241  TCAGTATATCTCCCACATCGAATAGTTCAGCTACAATTGCCAGGGAACTCCTTATGAATGGAACATCTTCTACA  1314

Query 1333  GCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGTTCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315  GCTGAAGCCATAGGTTTAAAAGGAAGTTCTCCTACTCCCCCTTGTTCTCCAGTACAACCTTCAAAACAACTGGA  1388

Query 1407  ATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGCAGCCTTAAGTGCCTTGAAACAATTTTCTGAACAAGGACTGGATC  1480
            |||||||||||||||||||||||||||||.|                                           
Sbjct 1389  ATATTTAGCAAGGATTCAAGGCTTTCAGGTA-------------------------------------------  1419

Query 1481  CAATCGATGGAGCAATGAATATCGAAAAAGGTTCTCTTGAAAAACAAGCCAAGCATCTGAGAGAGAAAGCGGAC  1554
                                                                                      
Sbjct 1420  --------------------------------------------------------------------------  1419

Query 1555  AATAACCAGGCACCCCCGGGCTCCATCGCTCAGGACTGCAAGAAATCAAACTCGGCCGTC  1614
                                                                        
Sbjct 1420  ------------------------------------------------------------  1419