Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_08070
Subject:
NM_001164538.2
Aligned Length:
2537
Identities:
2347
Gaps:
169

Alignment

Query    1  ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG  74

Query   75  GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA  148

Query  149  CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG  222

Query  223  GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT  296

Query  297  TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG  370

Query  371  GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA  444

Query  445  GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC  518

Query  519  AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA  592

Query  593  CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA  666

Query  667  CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC  740

Query  741  CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCAGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCGGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC  814

Query  815  GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC  888

Query  889  ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG  962

Query  963  GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA  1036

Query 1037  GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT  1110

Query 1111  GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC  1184

Query 1185  TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG  1258

Query 1259  CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT  1332

Query 1333  CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT  1406

Query 1407  CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG  1480

Query 1481  AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG  1554

Query 1555  GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT  1628

Query 1629  AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG  1702

Query 1703  AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA  1776

Query 1777  ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA  1850

Query 1851  GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG  1924

Query 1925  TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGAAACAAGTGTGAAGGAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGAAACAAGTGTGAAGGAA  1998

Query 1999  AATACTATGAAGTACATGGAAACACTTAAGAATAAACTGTGCAGCTGCAAGTGTCCACTGCTTGGGAAAGTGTG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AATACTATGAAGTACATGGAAACACTTAAGAATAAACTGTGCAGCTGCAAGTGTCCACTGCTTGGGAAAGTGTG  2072

Query 2073  GGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGAGCCTACAGCTCCAGGAAGCCAGGGGAAGCCTGTCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGAGCCTACAGCTCCAGGAAGCCAGGGGAAGCCTGTCTG  2146

Query 2147  TAGAAGATGAGAGGCAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGGCTCCACTCCGAGGAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TAGAAGATGAGAGGCAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGGCTCCACTCCGAGGAT  2220

Query 2221  AAAAGGAAGACCCCTTTGAAGGAAT---------------CTTACAT-----CCTTTCTGCAGAACT----TGG  2270
            ||||||||||||||||||||||.||               ||.||.|     |||.|||||   |||    |||
Sbjct 2221  AAAAGGAAGACCCCTTTGAAGGTATTGGAAGAATGGAAGACTCACCTCATCCCCTCTCTGC---ACTGTGCTGG  2291

Query 2271  AGAAAAGTGTGAAGACATAGGCAAGAAGCTAT-TGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAG----  2339
            ||      |||||.|     |.||||.|   | |||.|||           ||||||..|| .||||.||    
Sbjct 2292  AG------GTGAACA-----GAAAGAGG---TCTGTCCTT-----------TTCACATGGC-CTCCAGAGGGGA  2339

Query 2340  ---TCATGATGAAGATCTCATTCAGTCTCTCAGGAGGGAGCTCCAGATGGTGAAGGAAACTCTGCAGG-CCATG  2409
               |.||                    |||.|||              ||||       ||.||  || |||||
Sbjct 2340  CCCTTAT--------------------TCTAAGG--------------GGTG-------CTTTG--GGACCATG  2370

Query 2410  ATCCTGCAGCTCCAGCCAGCAAAGGAGGCGGGAGAAA--------GAGAAGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCT  2475
            .||                ||||     .||||..||        |.||||     ||||||  |||       
Sbjct 2371  CTC----------------CAAA-----TGGGAACAATAAATATTGGGAAG-----GCTTCC--CAT-------  2409

Query 2476  GGTGTCCACGAAGCACAAGCC  2496
                                 
Sbjct 2410  ---------------------  2409