Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08070
• Subject: NM_001164539.2
• Aligned Length: 2523
• Identities: 2174
• Gaps: 285

Alignment

Query    1  ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG  74

Query   75  GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA  148

Query  149  CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG  222

Query  223  GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT  296

Query  297  TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG  370

Query  371  GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA  444

Query  445  GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC  518

Query  519  AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA  592

Query  593  CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA  666

Query  667  CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC  740

Query  741  CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCAGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCGGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC  814

Query  815  GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC  888

Query  889  ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG  962

Query  963  GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA  1036

Query 1037  GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT  1110

Query 1111  GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC  1184

Query 1185  TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG  1258

Query 1259  CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT  1332

Query 1333  CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT  1406

Query 1407  CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG  1480

Query 1481  AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG  1554

Query 1555  GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT  1628

Query 1629  AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG  1702

Query 1703  AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA  1776

Query 1777  ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA  1850

Query 1851  GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG  1924

Query 1925  TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGAAACAAGTGTGAAGGAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||.||   
Sbjct 1925  TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGA--------TGGAG---  1987

Query 1999  AAT---ACTATGAAGTACA---TGGAAACACTTAAGAATAAACTGTGCAGCTGCAAGTGTCCACTGCTTGGGAA  2066
              |   |||.||..|..||   ||||                  |||||| ||     ||.|..| |||     
Sbjct 1988  --TCTCACTCTGTCGCCCAGTCTGGA------------------GTGCAG-TG-----GTACGAT-CTT-----  2029

Query 2067  AGTGTGGGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGAGCCTAC--AGCTCCAGGAA-------GCCA  2131
                      |||.|| ||.||.||         ||        ||||.|  ||.||.||.||       ||| 
Sbjct 2030  ----------GCTCAC-TGCAACCT---------CT--------GCCTCCCGAGTTCAAGCAATTCTCCTGCC-  2074

Query 2132  GGGGAAGCCTGTCTGTAGAAGATGAGAGGCAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGG  2205
               ..||||  ||.|.||.||.||.||              |||.|||               |.|||.|||  
Sbjct 2075  ---TCAGCC--TCCGGAGTAGCTGGGA--------------TTACAGG---------------TGCCCGCCA--  2112

Query 2206  CTCCACTCCGAGGATAAAAGGAAGACCCCTTTGAAGGAATCTTACATCCTTTCTGCAGAACTTGGAGAAAAGTG  2279
              ||| |.|..||.|||            |||  .|.|.|||||                              
Sbjct 2113  --CCA-TGCCTGGCTAA------------TTT--TGTATTCTTA------------------------------  2139

Query 2280  TGAAGACATAGGCAAGAAGCTATTGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAGTCATGATGAAGATC  2353
             |.|||.||.||         .||.|||                                 ||||.|||     
Sbjct 2140  -GTAGAGATGGG---------GTTTTAC---------------------------------CATGTTGA-----  2165

Query 2354  TCATTCAGTCTCTCAGGAGGGAGCTCCAGA-TGGTGAAGGAAACT-CTG----CAGGCCATGATCCTGCAGCTC  2421
                                     ||||| ||||..|  ||||| |||    ||.|   ||||||..|..|..
Sbjct 2166  -------------------------CCAGACTGGTCTA--AAACTCCTGACCTCAAG---TGATCCACCTTCCT  2209

Query 2422  CAGCCAGCAAAGGAGGCGGG-----AGA-AAGAGAAGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCTGGTGTCCACGAAGC  2489
            |||||..|.||.|.|..|||     ||| |.|||...|||        |||.||.|..||              
Sbjct 2210  CAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACTG--------TGCCTGGCCCCT--------------  2261

Query 2490  ACAAGCC  2496
            ||||   
Sbjct 2262  ACAA---  2265