Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08160
• Subject: NM_001024666.3
• Aligned Length: 2009
• Identities: 1863
• Gaps: 139

Alignment

Query    1  ATGGTGGAGGCCATAGTGGAGTTTGACTACCAGGCCCAGCACGATGATGAGCTGACGATCAGCGTGGGTGAAAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CATCACCAACATCAGGAAGGAGGATGGAGGCTGGTGGGAGGGACAGATCAACGGCAG-GAGAGGTTTGTTCCCT  147
                                   |||||||.|               |||   |||| .|.||       ||| 
Sbjct    1  -----------------------ATGGAGGTT---------------TCA---GCAGCCAAAG-------CCC-  25

Query  148  GACAACT---------TTGTAAGA----GAAATAAAGAAAGAGATGAAGAAAGACCCTCTCACCAACAAAGCTC  208
              |||.|         ||||..||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   26  --CAAGTGCCGCAGACTTGTCTGAGATTGAAATAAAGAAAGAGATGAAGAAAGACCCTCTCACCAACAAAGCTC  97

Query  209  CAGAAAAGCCCCTGCACGAAGTGCCCAGTGGAAACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAG  282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   98  CAGAAAAGCCCCTGCACGAAGTGCCCAGTGGAAACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAG  171

Query  283  AGAGGCGAGCGACGGAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCCCCAGAATGACGATGAACTTGAGCT  356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  172  AGAGGCGAGCGACGGAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCCCCAGAATGACGATGAACTTGAGCT  245

Query  357  GAAAGTTGGCGACATCATAGAGGTGGTAGGAGAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAACGGGAAGA  430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  246  GAAAGTTGGCGACATCATAGAGGTGGTAGGAGAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAACGGGAAGA  319

Query  431  CTGGAATGTTTCCTTCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGAGTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAG  504
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  320  CTGGAATGTTTCCTTCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGAGTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAG  393

Query  505  CAGCTATCCAAGTCAAGTTTAAGGGAAACCACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCAAGCAGCACCAAGTC  578
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  394  CAGCTATCCAAGTCAAGTTTAAGGGAAACCACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCAAGCAGCACCAAGTC  467

Query  579  TGAAGGTGCCAACGGGACAGTGGCAACTGCAGCAATCCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACA  652
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  468  TGAAGGTGCCAACGGGACAGTGGCAACTGCAGCAATCCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACA  541

Query  653  TTTTCAAAGACAAGCCAATCAAACTAAGACCAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTGCCGGTAGAAAAG  726
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  542  TTTTCAAAGACAAGCCAATCAAACTAAGACCAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTGCCGGTAGAAAAG  615

Query  727  ACTATTGGGAAGAAGTTACCTGCAACTACAGCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAA  800
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  616  ACTATTGGGAAGAAGTTACCTGCAACTACAGCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAA  689

Query  801  GAGCAAGGATTACTGCAAAGTAATATTTCCATATGAGGCACAGAATGATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAG  874
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  690  GAGCAAGGATTACTGCAAAGTAATATTTCCATATGAGGCACAGAATGATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAG  763

Query  875  ATATAGTCACTCTCATCAATAAGGACTGCATCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACGGCAGACGAGGC  948
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  764  ATATAGTCACTCTCATCAATAAGGACTGCATCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACGGCAGACGAGGC  837

Query  949  GTGTTCCCCGATAACTTCGTGAAGTTACTTCCACCGGACTTTGAAAAGGAAGGGAATAGACCCAAGAAGCCACC  1022
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  838  GTGTTCCCCGATAACTTCGTGAAGTTACTTCCACCGGACTTTGAAAAGGAAGGGAATAGACCCAAGAAGCCACC  911

Query 1023  GCCTCCATCCGCTCCTGTCATCAAACAAGGGGCAGGCACCACTGAGAGAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTC  1096
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  912  GCCTCCATCCGCTCCTGTCATCAAACAAGGGGCAGGCACCACTGAGAGAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTC  985

Query 1097  CTGAAAGACCAGAAATGCTTCCAAACAGAACAGAAGAAAAAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAAACTGGATTTA  1170
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  986  CTGAAAGACCAGAAATGCTTCCAAACAGAACAGAAGAAAAAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAAACTGGATTTA  1059

Query 1171  CAGAAGCCCTCCGTTCCTGCCATACCGCCAAAAAAGCCTCGGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGG  1244
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1060  CAGAAGCCCTCCGTTCCTGCCATACCGCCAAAAAAGCCTCGGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGG  1133

Query 1245  CGCACTGCCCCCGAGAAGGCCGGAGAGACCGGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGGGTGACAGTCCAAAGATTG  1318
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134  CGCACTGCCCCCGAGAAGGCCGGAGAGACCGGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGGGTGACAGTCCAAAGATTG  1207

Query 1319  ACTTGGCCGGCAGTTCGCTATCTGGCATCCTGGACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGACTTAGAA  1392
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208  ACTTGGCCGGCAGTTCGCTATCTGGCATCCTGGACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGACTTAGAA  1281

Query 1393  GGTTTTGACTCCGTGGTATCATCTACTGAGAAACTCAGTCATCCGACCACAAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAG  1466
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282  GGTTTTGACTCCGTGGTATCATCTACTGAGAAACTCAGTCATCCGACCACAAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAG  1355

Query 1467  GCGGCCTCCGTCCCAGTCCCTCACATCTTCATCCCTTTCAAGCCCTGATATCTTCGACTCCCCAAGTCCCGAAG  1540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356  GCGGCCTCCGTCCCAGTCCCTCACATCTTCATCCCTTTCAAGCCCTGATATCTTCGACTCCCCAAGTCCCGAAG  1429

Query 1541  AGGATAAGGAGGAACACATTTCACTTGCGCACAGAGGAGTGGACGCGTCAAAGAAAACTTCCAAGACTGTTACC  1614
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430  AGGATAAGGAGGAACACATTTCACTTGCGCACAGAGGAGTGGACGCGTCAAAGAAAACTTCCAAGACTGTTACC  1503

Query 1615  ATATCCCAAGTGTCTGACAACAAAGCATCCCTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCAGGTGGCGGTGGGCC  1688
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504  ATATCCCAAGTGTCTGACAACAAAGCATCCCTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCAGGTGGCGGTGGGCC  1577

Query 1689  AGCCCCTCTGTCCTCAGCGGTGCCCTCCCCCCTGTCATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCC  1762
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578  AGCCCCTCTGTCCTCAGCGGCGCCCTCCCCCCTGTCATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCC  1651

Query 1763  CGTCTCTGTTCGGCACGGAAGGAAAACCAAAGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCCGTGGAGGAGCTA  1836
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1652  CGTCTCTGTTCGGCACGGAAGGAAAACCAAAGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCCGTGGAGGAGCTA  1725

Query 1837  AGGACACAGGTCCGCGAGCTGAGGAGCATCATCGAGACCATGAAGGACCAGCAGAAACGAGAGATTAAACAGTT  1910
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726  AGGACACAGGTCCGCGAGCTGAGGAGCATCATCGAGACCATGAAGGACCAGCAGAAACGAGAGATTAAACAGTT  1799

Query 1911  ATTGTCTGAGTTGGATGAAGAGAAGAAAATCCGGCTTCGGTTGCAGATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTC  1984
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800  ATTGTCTGAGTTGGATGAAGAGAAGAAAATCCGGCTTCGGTTGCAGATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTC  1873

Query 1985  TACAATCAAAA  1995
            |||||||||||
Sbjct 1874  TACAATCAAAA  1884