Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08160
• Subject: NM_001353894.1
• Aligned Length: 2070
• Identities: 1688
• Gaps: 381

Alignment

Query    1  ATGGTGGAGGCCATAGTGGAGTTTGACTACCAGGCCCAGCACGATGATGAGCTGACGATCAGCGTGGGTGAAAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CATCACCAACATCAGGAAGGAGGATGGAGGCTGGTGGGAGGGACAGATCAACGGCAGGAGAGGTTTGTTCCCTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ACAACTTTGTAAGAGAAATAAAGAAAGAGATGAAGAAAGACCCTCTCACCAACAAAGCTCCAGAAAAGCCCCTG  222
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------ATGAAGAAAGACCCTCTCACCAACAAAGCTCCAGAAAAGCCCCTG  45

Query  223  CACGAAGTGCCCAGTGGAAACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAGAGAGGCGAGCGACG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   46  CACGAAGTGCCCAGTGGAAACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAGAGAGGCGAGCGACG  119

Query  297  GAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCCCCAGAATGACGATGAACTTGAGCTGAAAGTTGGCGACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  120  GAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCCCCAGAATGACGATGAACTTGAGCTGAAAGTTGGCGACA  193

Query  371  TCATAGAGGTGGTAGGAGAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAACGGGAAGACTGGAATGTTTCCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  194  TCATAGAGGTGGTAGGAGAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAACGGGAAGACTGGAATGTTTCCT  267

Query  445  TCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGAGTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAGCAGCTATCCAAGTC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  268  TCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGAGTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAGCAGCTATCCAAGTC  341

Query  519  A-------------------------------------------------------------------------  519
            |                                                                         
Sbjct  342  AAGAAAGACTACCTTTGAAGGGACAATTCTGTACCGAGCTGCACCGGGAAAGACGGAGGGCCACAGACGCTATT  415

Query  520  --AGTTTAAGGGAAACCACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCAAGCAGCACCAAGTCTGAAGGTGCCAAC  591
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  416  ACAGTTTAAGGGAAACCACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCAAGCAGCACCAAGTCTGAAGGTGCCAAC  489

Query  592  GGGACAGTGGCAACTGCAGCAATCCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACATTTTCAAAGACAA  665
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  490  GGGACAGTGGCAACTGCAGCAATCCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACATTTTCAAAGACAA  563

Query  666  GCCAATCAAACTAAGACCAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTGCCGGTAGAAAAGACTATTGGGAAGA  739
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  564  GCCAATCAAACTAAGACCAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTGCCGGTAGAAAAGACTATTGGGAAGA  637

Query  740  AGTTACCTGCAACTACAGCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAAGAGCAAGGATTAC  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  638  AGTTACCTGCAACTACAGCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAAGAGCAAGGATTAC  711

Query  814  TGCAAAGTAATATTTCCATATGAGGCACAGAATGATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAGATATAGTCACTCT  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  712  TGCAAAGTAATATTTCCATATGAGGCACAGAATGATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAGATATAGTCACTCT  785

Query  888  CATCAATAAGGACTGCATCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACGGCAGACGAGGCGTGTTCCCCGATA  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  786  CATCAATAAGGACTGCATCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACGGCAGACGAGGCGTGTTCCCCGATA  859

Query  962  ACTTCGTGAAGTTACTTCCACCGGACTTTGAAAAGGAAGGGAATAGACCCAAGAAGCCACCGCCTCCATCCGCT  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  860  ACTTCGTGAAGTTACTTCCACCGGACTTTGAAAAGGAAGGGAATAGACCCAAGAAGCCACCGCCTCCATCCGCT  933

Query 1036  CCTGTCATCAAACAAGGGGCAGGCACCACTGAGAGAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTCCTGAAAGACCAGA  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  934  CCTGTCATCAAACAAGGGGCAGGCACCACTGAGAGAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTCCTGAAAGACCAGA  1007

Query 1110  AATGCTTCCAAACAGAACAGAAGAAAAAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAAACTGGATTTACAGAAGCCCTCCG  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008  AATGCTTCCAAACAGAACAGAAGAAAAAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAAACTGGATTTACAGAAGCCCTCCG  1081

Query 1184  TTCCTGCCATACCGCCAAAAAAGCCTCGGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGGCGCACTGCCCCCG  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082  TTCCTGCCATACCGCCAAAAAAGCCTCGGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGGCGCACTGCCCCCG  1155

Query 1258  AGAAGGCCGGAGAGACCGGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGGGTGACAGTCCAAAGATTGACTTGGCCGGCAG  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156  AGAAGGCCGGAGAGACCGGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGGGTGACAGTCCAAAGATTGACTTGGCCGGCAG  1229

Query 1332  TTCGCTATCTGGCATCCTGGACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGACTTAGAAGGTTTTGACTCCG  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230  TTCGCTATCTGGCATCCTGGACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGACTTAGAAGGTTTTGACTCCG  1303

Query 1406  TGGTATCATCTACTGAGAAACTCAGTCATCCGACCACAAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAGGCGGCCTCCGTCC  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304  TGGTATCATCTACTGAGAAACTCAGTCATCCGACCACAAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAGGCGGCCTCCGTCC  1377

Query 1480  CAGTCCCTCACATCTTCATCCCTTTCAAGCCCTGATATCTTCGACTCCCCAAGTCCCGAAGAGGATAAGGAGGA  1553
            |||||||||||||||                                                           
Sbjct 1378  CAGTCCCTCACATCT-----------------------------------------------------------  1392

Query 1554  ACACATTTCACTTGCGCACAGAGGAGTGGACGCGTCAAAGAAAACTTCCAAGACTGTTACCATATCCCAAGTGT  1627
                                                                                  ||||
Sbjct 1393  ----------------------------------------------------------------------GTGT  1396

Query 1628  CTGACAACAAAGCATCCCTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCAGGTGGCGGTGGGCCAGCCCCTCTGTCC  1701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397  CTGACAACAAAGCATCCCTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCAGGTGGCGGTGGGCCAGCCCCTCTGTCC  1470

Query 1702  TCAGCGGTGCCCTCCCCCCTGTCATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCCCGTCTCTGTTCGG  1775
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471  TCAGCGGCGCCCTCCCCCCTGTCATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCCCGTCTCTGTTCGG  1544

Query 1776  CACGGAAGGAAAACCAAAGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCCGTGGAGGAGCTAAGGACACAGGTCC  1849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545  CACGGAAGGAAAACCAAAGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCCGTGGAGGAGCTAAGGACACAGGTCC  1618

Query 1850  GCGAGCTGAGGAGCATCATCGAGACCATGAAGGACCAGCAGAAACGAGAGATTAAACAGTTATTGTCTGAGTTG  1923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619  GCGAGCTGAGGAGCATCATCGAGACCATGAAGGACCAGCAGAAACGAGAGATTAAACAGTTATTGTCTGAGTTG  1692

Query 1924  GATGAAGAGAAGAAAATCCGGCTTCGGTTGCAGATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTCTACAATCAAAA  1995
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693  GATGAAGAGAAGAAAATCCGGCTTCGGTTGCAGATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTCTACAATCAAAA  1764