Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08160
• Subject: NM_001353895.1
• Aligned Length: 2127
• Identities: 1688
• Gaps: 438

Alignment

Query    1  ATGGTGGAGGCCATAGTGGAGTTTGACTACCAGGCCCAGCACGATGATGAGCTGACGATCAGCGTGGGTGAAAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CATCACCAACATCAGGAAGGAGGATGGAGGCTGGTGGGAGGGACAGATCAACGGCAGGAGAGGTTTGTTCCCTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ACAACTTTGTAAGAGAAATAAAGAAAGAGATGAAGAAAGACCCTCTCACCAACAAAGCTCCAGAAAAGCCCCTG  222
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------ATGAAGAAAGACCCTCTCACCAACAAAGCTCCAGAAAAGCCCCTG  45

Query  223  CACGAAGTGCCCAGTGGAAACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAGAGAGGCGAGCGACG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   46  CACGAAGTGCCCAGTGGAAACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAGAGAGGCGAGCGACG  119

Query  297  GAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCCCCAGAATGACGATGAACTTGAGCTGAAAGTTGGCGACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  120  GAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCCCCAGAATGACGATGAACTTGAGCTGAAAGTTGGCGACA  193

Query  371  TCATAGAGGTGGTAGGAGAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAACGGGAAGACTGGAATGTTTCCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  194  TCATAGAGGTGGTAGGAGAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAACGGGAAGACTGGAATGTTTCCT  267

Query  445  TCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGAGTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAGCAGCTATCCAAGTC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  268  TCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGAGTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAGCAGCTATCCAAGTC  341

Query  519  A-------------------------------------------------------------------------  519
            |                                                                         
Sbjct  342  AAGGCCTGAAGGTCTCCCTCCAGCTTCTCTGCTGCCCTTTCCAGCTCACGGAGCAAAAGGAAAGACTACCTTTG  415

Query  520  -----------------------------------------------------------AGTTTAAGGGAAACC  534
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct  416  AAGGGACAATTCTGTACCGAGCTGCACCGGGAAAGACGGAGGGCCACAGACGCTATTACAGTTTAAGGGAAACC  489

Query  535  ACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCAAGCAGCACCAAGTCTGAAGGTGCCAACGGGACAGTGGCAACTGC  608
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  490  ACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCAAGCAGCACCAAGTCTGAAGGTGCCAACGGGACAGTGGCAACTGC  563

Query  609  AGCAATCCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACATTTTCAAAGACAAGCCAATCAAACTAAGAC  682
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  564  AGCAATCCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACATTTTCAAAGACAAGCCAATCAAACTAAGAC  637

Query  683  CAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTGCCGGTAGAAAAGACTATTGGGAAGAAGTTACCTGCAACTACA  756
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  638  CAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTGCCGGTAGAAAAGACTATTGGGAAGAAGTTACCTGCAACTACA  711

Query  757  GCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAAGAGCAAGGATTACTGCAAAGTAATATTTCC  830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  712  GCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAAGAGCAAGGATTACTGCAAAGTAATATTTCC  785

Query  831  ATATGAGGCACAGAATGATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAGATATAGTCACTCTCATCAATAAGGACTGCA  904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  786  ATATGAGGCACAGAATGATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAGATATAGTCACTCTCATCAATAAGGACTGCA  859

Query  905  TCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACGGCAGACGAGGCGTGTTCCCCGATAACTTCGTGAAGTTACTT  978
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  860  TCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACGGCAGACGAGGCGTGTTCCCCGATAACTTCGTGAAGTTACTT  933

Query  979  CCACCGGACTTTGAAAAGGAAGGGAATAGACCCAAGAAGCCACCGCCTCCATCCGCTCCTGTCATCAAACAAGG  1052
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  934  CCACCGGACTTTGAAAAGGAAGGGAATAGACCCAAGAAGCCACCGCCTCCATCCGCTCCTGTCATCAAACAAGG  1007

Query 1053  GGCAGGCACCACTGAGAGAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTCCTGAAAGACCAGAAATGCTTCCAAACAGAA  1126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008  GGCAGGCACCACTGAGAGAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTCCTGAAAGACCAGAAATGCTTCCAAACAGAA  1081

Query 1127  CAGAAGAAAAAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAAACTGGATTTACAGAAGCCCTCCGTTCCTGCCATACCGCCA  1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082  CAGAAGAAAAAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAAACTGGATTTACAGAAGCCCTCCGTTCCTGCCATACCGCCA  1155

Query 1201  AAAAAGCCTCGGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGGCGCACTGCCCCCGAGAAGGCCGGAGAGACC  1274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156  AAAAAGCCTCGGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGGCGCACTGCCCCCGAGAAGGCCGGAGAGACC  1229

Query 1275  GGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGGGTGACAGTCCAAAGATTGACTTGGCCGGCAGTTCGCTATCTGGCATCC  1348
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230  GGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGGGTGACAGTCCAAAGATTGACTTGGCCGGCAGTTCGCTATCTGGCATCC  1303

Query 1349  TGGACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGACTTAGAAGGTTTTGACTCCGTGGTATCATCTACTGAG  1422
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304  TGGACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGACTTAGAAGGTTTTGACTCCGTGGTATCATCTACTGAG  1377

Query 1423  AAACTCAGTCATCCGACCACAAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAGGCGGCCTCCGTCCCAGTCCCTCACATCTTC  1496
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct 1378  AAACTCAGTCATCCGACCACAAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAGGCGGCCTCCGTCCCAGTCCCTCACATCT--  1449

Query 1497  ATCCCTTTCAAGCCCTGATATCTTCGACTCCCCAAGTCCCGAAGAGGATAAGGAGGAACACATTTCACTTGCGC  1570
                                                                                      
Sbjct 1450  --------------------------------------------------------------------------  1449

Query 1571  ACAGAGGAGTGGACGCGTCAAAGAAAACTTCCAAGACTGTTACCATATCCCAAGTGTCTGACAACAAAGCATCC  1644
                                                                 |||||||||||||||||||||
Sbjct 1450  -----------------------------------------------------GTGTCTGACAACAAAGCATCC  1470

Query 1645  CTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCAGGTGGCGGTGGGCCAGCCCCTCTGTCCTCAGCGGTGCCCTCCCC  1718
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1471  CTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCAGGTGGCGGTGGGCCAGCCCCTCTGTCCTCAGCGGCGCCCTCCCC  1544

Query 1719  CCTGTCATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCCCGTCTCTGTTCGGCACGGAAGGAAAACCAA  1792
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545  CCTGTCATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCCCGTCTCTGTTCGGCACGGAAGGAAAACCAA  1618

Query 1793  AGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCCGTGGAGGAGCTAAGGACACAGGTCCGCGAGCTGAGGAGCATC  1866
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619  AGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCCGTGGAGGAGCTAAGGACACAGGTCCGCGAGCTGAGGAGCATC  1692

Query 1867  ATCGAGACCATGAAGGACCAGCAGAAACGAGAGATTAAACAGTTATTGTCTGAGTTGGATGAAGAGAAGAAAAT  1940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693  ATCGAGACCATGAAGGACCAGCAGAAACGAGAGATTAAACAGTTATTGTCTGAGTTGGATGAAGAGAAGAAAAT  1766

Query 1941  CCGGCTTCGGTTGCAGATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTCTACAATCAAAA  1995
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1767  CCGGCTTCGGTTGCAGATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTCTACAATCAAAA  1821