Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08215
• Subject: NM_001112808.2
• Aligned Length: 2857
• Identities: 2497
• Gaps: 338

Alignment

Query    1  ---------------------------------------ATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCT  35
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGTGCTGTGCGGCGCGGTCTCAGGGAAGGTGGGGCTATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCT  74

Query   36  GCGAGAAGCCACCCAGCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGAGCTAAGAGGCAAACTTGTAGCACGTGGAGAATTCT  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCGAGAAGCCACCCAGCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGAGCTAAGAGGCAAACTTGTAGCACGTGGAGAATTCT  148

Query  110  GGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAAAAACAGGAACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTG  183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAAAAACAGGAACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTG  222

Query  184  AAAAGAAAGGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTTTTTGTAGATCCTGCTGGAGCCAAAATTGGAAATGG  257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAAAGAAAGGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTTTTTGTGGATCCTGCTGGAGCCAAAATTGGAAATGG  296

Query  258  AGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAATGTTTGGAAAAGCTATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTAT  331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAATGTTTGGAAAAGCTATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTAT  370

Query  332  TAATTCACTCTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGAC  405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAATTCACTCTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGAC  444

Query  406  CTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAA  479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAA  518

Query  480  TTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATA  553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATA  592

Query  554  TTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCA  627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCA  666

Query  628  GTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATGTACAGCAGGTTGGATACGG  701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGG  740

Query  702  TGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAG  775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAG  814

Query  776  CTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTA  849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTA  888

Query  850  ACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGC  923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGC  962

Query  924  ATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAG  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAG  1036

Query  998  ATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAA  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAA  1110

Query 1072  AGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGG  1145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGG  1184

Query 1146  CAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTG  1219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTG  1258

Query 1220  AAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTC  1293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTC  1332

Query 1294  ATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCT  1367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCT  1406

Query 1368  GGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAA  1441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAA  1480

Query 1442  AAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTAT  1515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTAT  1554

Query 1516  AAGAGACCACAAGGTGAATTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCC  1589
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGAGACCACAAGATGAATTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCC  1628

Query 1590  ATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTT  1663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTT  1702

Query 1664  CACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATAT  1737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATAT  1776

Query 1738  AAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGT  1811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGT  1850

Query 1812  GGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTT  1885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTT  1924

Query 1886  GCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCAT  1959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCAT  1998

Query 1960  GAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCT  2033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCT  2072

Query 2034  TCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATG  2107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATG  2146

Query 2108  CTGTGGTGGCAGATTTTGGAGAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGG  2181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CTGTGGTGGCAGATTTTGGAGAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGG  2220

Query 2182  AACCTCCTTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTA  2255
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTA  2294

Query 2256  TGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAG  2329
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAG  2368

Query 2330  ACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGA  2403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  ACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGA  2442

Query 2404  GGGTGGAACGCATGTCCTGAAGCAAAATCCAGACC-----------AAGT------------------------  2442
            ||||||||||||||||||||||.|      |||||           ||||                        
Sbjct 2443  GGGTGGAACGCATGTCCTGAAGGA------AGACCCGAATTTTCTGAAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTGTCT  2510

Query 2443  ------CATT-----------------ACCCAG-----------------TCTCATCT----------------  2460
                  ||||                 |.|.||                 |||||.||                
Sbjct 2511  CTGCAACATTGAGCTGATGTCTCCTGCATCAAGTAACAGCAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTCTTCTTCTGATT  2584

Query 2461  -----GTGTAC---------------------------ACAGAAACTCTTAAGAA--------GAA--------  2486
                 |||.||                           .|||.|    |||||||        |||        
Sbjct 2585  GCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCGGAGTCATGTGGCAGCA----TTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGAATA  2654

Query 2487  ------AAATG-AAGATC-------GTTTTG------------GGA-------------------TGTGGATTG  2515
                  ||||| |||.||       |.||||            |||                   |||...|.|
Sbjct 2655  TGCTCTAAATGCAAGGTCCTATGCTGCTTTGTCCCAAAGTGCTGGACAATATTCCTCTCAAGGTCTGTCTTTGG  2728

Query 2516  AGTATCTCAGAAGA------------------------------------------------------------  2529
            ||.|..|.|.||||                                                            
Sbjct 2729  AGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCCATTGACAAATATGGCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCAATG  2802

Query 2530  ---------------------------------------------  2529
                                                         
Sbjct 2803  CATTTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTTTGAGGACAGCAGC  2847