Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08215
• Subject: NM_177066.5
• Aligned Length: 2844
• Identities: 1880
• Gaps: 657

Alignment

Query    1  ATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCTGCGAGAAGCCACCCAGCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCTAAGAGGCAAACTTGTAGCACGTGGAGAATTCTGGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAAAAACAGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTGAAAAGAAAGGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TTTGTAGATCCTGCTGGAGCCAAAATTGGAAATGGAGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAATGTTTGGAAAAGCT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTATTAATTC---AC--------------TCTGATGAATGGAA  353
              ||||        ||||     ||||         ||.||   ||              ||||||||||||||
Sbjct    1  --ATGG--------GGAA-----TTAC---------AAATCCAGACCGACACAGACTTGTTCTGATGAATGGAA  50

Query  354  GAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGACCTGCAGATCAAGGAAAAAGAAC  427
            |||.|||||.||||||||.||||.|||.|.|||||||||..|.||||||||||||||||||||.|||||.|||.
Sbjct   51  GAAGAAAGTTAGTGAATCTTATGCTATTATAATAGAAAGGCTGGAAGATGACCTGCAGATCAAAGAAAATGAAT  124

Query  428  TGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAATTTAAATTACCGCACTGAAAAT  501
            |...|||||||||..|.||.|||||||||||.||||||||||||.||||||.|||||||||||||||.||...|
Sbjct  125  TTCAAGAACTAAGACACATCTTTGGCTCTGACGAAGCCTTCAGTGAAGTCAGTTTAAATTACCGCACAGAGCGT  198

Query  502  GGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATATTCGAACTCTTATGTTGAAAGG  575
            ||.|||||.|||||.||..|.||.||....||.||.|||||.||.||.|||||.||..|.||||||||.|||||
Sbjct  199  GGCCTGTCCCTACTGCACCTCTGCTGTGCCTGCGGTGGCAACAAGTCGCATATCCGTGCCCTTATGTTAAAAGG  272

Query  576  GCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCAGTTTACAAGGATAATGC--AGA  647
            ||||||.|||||..||||||||||||||||.|||.||||..||||.||.||.|||||||||||||  ||  .||
Sbjct  273  GCTCCGTCCATCCAGACTGACAAGAAATGGGTTTCCAGCTCTGCACTTGGCTGTTTACAAGGATA--GCCTGGA  344

Query  648  ATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATGTACAGCAGGTTGGATACGGTGGCCTCACTGCCCTCCATA  721
            |.|.||||||||.|||.|.||.||.|||||.|||||.|||||.|..|||||.||.||||||||.||||||||.|
Sbjct  345  ACTTATCACTTCACTGTTGCATAGCGGAGCAGATGTTCAGCAAGCGGGATATGGCGGCCTCACAGCCCTCCACA  418

Query  722  TTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAGCTAATGTCAATATTCAAGAT  795
            |.|||.||||||||||.||||.||||||.|..||.||||||.||||.||||||||.|||||.||..||||||||
Sbjct  419  TCGCTGCAATAGCTGGGCACCCAGAGGCCGTGGAAGTGCTGCTGCAGCATGGAGCCAATGTGAACGTTCAAGAT  492

Query  796  GCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTAACTCGCCTTCTTTTGAAATT  869
            |||||.||.|||||.|||.||||.||.|||||.||.||.||.||.||.||||||||..|..|.||||||||.||
Sbjct  493  GCAGTCTTCTTCACCCCACTGCACATCGCAGCCTATTACGGGCACGAGCAGGTAACCAGTGTCCTTTTGAAGTT  566

Query  870  TGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGCATCTGCAAAAGGATTCTTGA  943
            |||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||.|
Sbjct  567  TGGAGCTGATGTCAATGTAAGCGGTGAAGTTGGAGACAGGCCTCTGCACCTGGCCTCTGCAAAAGGGTTCTTCA  640

Query  944  ATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAGATAATGAAGACCATGTCCCA  1017
            |.||||..||||||   .|||.||||||.|.||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.
Sbjct  641  ACATTGTGAAACTC---CTGGTAGAAGGGAACAAAGCCGACGTGAACGCTCAGGACAATGAAGACCATGTCCCT  711

Query 1018  CTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAAAGTGATTTGGAAGTTCAACC  1091
            ||.||.|||||||||||||||||||||||..|||||||.|..||..||||.||.|||||.|||||.|||||.||
Sbjct  712  CTGCACTTCTGTTCTCGATTTGGACACCACAATATAGTGAGCTACTTGCTCCAGAGTGACTTGGAGGTTCAGCC  785

Query 1092  TCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGGCAAATTTGAAGTTGCCAAGG  1165
            |||.||..||||.||||||||.||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  786  TCACGTCATTAACATCTATGGTGACACTCCTTTGCACCTGGCGTGCTACAATGGAAATTTTGAAGTTGCCAAGG  859

Query 1166  AAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTGAAACAGCTTTTCATAGTGCT  1239
            ||||..||||..||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct  860  AAATTGTCCACGTAACAGGAACTGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTGAGACAGCTTTTCACAGTGCT  933

Query 1240  TGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTCATAAACATCAACCACCAAGG  1313
            ||||||||||||||||.|||||||||.||||||||.||||||||||||||||...|.|||||.|||||.|.|||
Sbjct  934  TGTACCTATGGCAAGAACATTGACCTGGTCAAATTCCTTCTTGATCAGAATGCTGTGAACATTAACCATCGAGG  1007

Query 1314  AAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCTGGTTCAGTTCTTACTGGATA  1387
            |||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1008  AAGAGATGGGCACACAGGATTACACTCTGCTTGCTACCATGGCCACATACGCCTGGTTCAGTTCCTACTGGATA  1081

Query 1388  ATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAAAGATGAGCAGACATGTTTG  1461
            ||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082  ATGGTGCAGATATGAATCTAGTTGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAAAGATGAGCAGACATGTTTG  1155

Query 1462  ATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTATAAGAGACCACAAGGTGAATT  1535
            ||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|.|||..|
Sbjct 1156  ATGTGGGCTTATGAGAAAGGACATGATGCCATTGTTACACTCCTGAAGCACTATAAGAGACCCCAGGATGAGCT  1229

Query 1536  GCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCCATCACCCTTGGGGAAGATTA  1609
            |||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 1230  GCCATGTAACGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTCCCATCCCCCTTGGGGAAGATTA  1303

Query 1610  AAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTTCACATTTCCATCTTCAGCTC  1683
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||.||||.|||.||.||.|.|||||||||.||||||
Sbjct 1304  AAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATGTTCTCCTCCTGAGGGCTGAATTACCCTCCCGTTTCCATCTGCAGCTC  1377

Query 1684  TCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATATAAAGGACGATGCAGAAATAA  1757
            ||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1378  TCGGAAATTGAATTCCATGAGATTATCGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTCTATAAAGGGCGATGCAGAAATAA  1451

Query 1758  AATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGTGGATATGTTTTGCCGAGAGG  1831
            |||||||||.||.|||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1452  AATAGTGGCAATCAAACGATACCGAGCCAACACCTACTGCTCCAAGTCAGACGTGGATATGTTTTGCCGAGAAG  1525

Query 1832  TGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTTGCTTGAATGATCCCAGCCAG  1905
            |||||||.|||||||||||||||||.||||||||..||||||||||||||||.|||.||.||||.|||||||||
Sbjct 1526  TGTCCATCCTCTGCCAGCTCAATCACCCCTGCGTGGTTCAGTTTGTGGGTGCCTGCCTGGATGACCCCAGCCAG  1599

Query 1906  TTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCATGAGCAGAAGAGGATTCTTGA  1979
            ||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1600  TTTGCCATTGTCACACAATACATTTCAGGAGGCTCTCTGTTCTCCCTGCTTCATGAACAGAAGAGAATTCTTGA  1673

Query 1980  TTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCTTCACAACCTGACACAGCCAA  2053
            .|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||.|.||||.|||||||
Sbjct 1674  CTTGCAGTCTAAATTAATCATTGCAGTAGACGTTGCCAAGGGCATGGAGTACCTGCACAGCTTGACCCAGCCAA  1747

Query 2054  TTATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGA  2127
            |.|||||.||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748  TCATACACCGCGACCTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGACGGCCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGA  1821

Query 2128  GAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGGAACCTCCTTTGGATGGCTCC  2201
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.|..||||||||.||
Sbjct 1822  GAATCAAGATTTCTGCAGTCCCTGGATGAAGACAACATGACAAAGCAGCCAGGGAACCTGCGCTGGATGGCCCC  1895

Query 2202  TGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTATGCTCTGTGTCTGTGGGAAA  2275
            .|||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||..
Sbjct 1896  CGAGGTGTTCACACAGTGCACGCGCTACACCATCAAGGCTGATGTCTTCAGTTACGCCCTGTGTCTGTGGGAGC  1969

Query 2276  TTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAGACATGGCTTACCACCACATC  2349
            |.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1970  TCCTCACTGGAGAAATTCCATTCGCTCATCTGAAGCCAGCCGCTGCAGCAGCAGATATGGCGTACCACCACATC  2043

Query 2350  AGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGAGGGTGGAACGCATGTCCTGA  2423
            |||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||.||
Sbjct 2044  AGACCTCCCATCGGCTACTCCATCCCCAAGCCAATCTCATCTCTGCTGATGCGGGGCTGGAATGCATGTCCCGA  2117

Query 2424  AGCAAAATCCAGACC-----------AAGTCATTACCCAGTCT---------CATCTGTGTACAC-AGAAACTC  2476
            ||.|      |||||           |||||.|||...|| ||         |  ||||||| || .|.|.|||
Sbjct 2118  AGGA------AGACCCGAGTTCTCTGAAGTCGTTAGGAAG-CTGGAGGAGTGC--CTGTGTA-ACGTGGAGCTC  2181

Query 2477  TT---------AAGAAGAAAAATGAAG------------------ATCGTTTTGGGATGTG--GATTGAGTATC  2521
            .|         |..|||.||.| |.||                  .||.|.||..||| ||  .|.||||    
Sbjct 2182  ATGTCTCCTGCATCAAGTAACA-GCAGTGGCTCTCTGTCACCTTCCTCTTCTTCTGAT-TGCCTACTGAG----  2249

Query 2522  TCAGAAGA------------------------------------------------------------------  2529
             |.||.||                                                                  
Sbjct 2250  -CCGAGGAGGGCCTGGCCGGAGCCATGTGGCAGCTTTACGGAGTCGTTTTGAGTTGGAATACGCCCTAAATGCA  2322

Query 2530  --------------------------------------------------------------------------  2529
                                                                                      
Sbjct 2323  AGGTCCTACACTGGGTGGCCTCAAAGTGTCGGGACACACACTAATCCAGGCCTGTCTTTGGAGGAAATGAACAG  2396

Query 2530  --------------------------------------------------------------------------  2529
                                                                                      
Sbjct 2397  AGGTGCCCAGTATTCAGCTGTTGACAAATATGGCTACGTGTCTGATCCCATGAGCCCGATGCACCTCCACTCCC  2470

Query 2530  --------------------------------  2529
                                            
Sbjct 2471  GCCGGAACAGTGGCAGCTTTGAGGACGGCAAC  2502