Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08371
• Subject: NM_001321276.2
• Aligned Length: 2484
• Identities: 2128
• Gaps: 351

Alignment

Query    1  ATGTGGCTGCGGCTTGGCCCGCCCTCGCTGTCCCTGAGCCCCAAGCCCACGGTTGGCAGGAGCCTGTGCCTCAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCTGTGGTTCCTCAGTTTGGCGCTGAGGGCCAGTACCCAGGCCCCAGCACCCACAGTCAACACTCACTTTGGGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGCTAAGGGGTGCCCGAGTACCACTGCCCAGTGAGATCCTGGGGCCTGTGGACCAATACCTGGGGGTGCCCTAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GCAGCTCCCCCGATCGGCGAGAAACGTTTCCTGCCCCCTGAACCACCCCCATACTGGTCGGGCATCCGGAACGC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  CACACACTTTCCACCAGTGTGCCCCCAGAACATCCACACAGCTGTGCCCGAAGTCATGCTGCCGGTCTGGTTCA  370
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------ATGCTGCCGGTCTGGTTCA  19

Query  371  CTGCCAACTTGGATATCGTCGCTACTTACATCCAGGAGCCCAACGAAGACTGTCTCTACCTGAACGTCTATGTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   20  CTGCCAACTTGGATATCGTCGCTACTTACATCCAGGAGCCCAACGAAGACTGTCTCTACCTGAACGTCTATGTG  93

Query  445  CCGACGGAGGATGGATCCGGCGCTAAGAAACAGGGCGAGGACTTAGCGGATAATGACGGGGATGAAGATGAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   94  CCGACGGAGGATGGATCCGGCGCTAAGAAACAGGGCGAGGACTTAGCGGATAATGACGGGGATGAAGATGAAGA  167

Query  519  CATCCGGGACAGTGGTGCTAAACCCGTCATGGTCTACATCCACGGAGGCTCTTACATGGAAGGGACAGGCAACA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  168  CATCCGGGACAGTGGTGCTAAACCCGTCATGGTCTACATCCACGGAGGCTCTTACATGGAAGGGACAGGCAACA  241

Query  593  TGATTGATGGCAGCATCCTCGCCAGTTATGGCAATGTCATCGTCATCACCCTCAACTATCGGGTTGGAGTGCTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  242  TGATTGATGGCAGCATCCTCGCCAGTTATGGCAATGTCATCGTCATCACCCTCAACTATCGGGTTGGAGTGCTA  315

Query  667  GGTTTCCTGAGTACTGGAGATCAGGCTGCCAAGGGCAACTATGGGCTCCTTGACCAGATCCAGGCCCTCCGCTG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  316  GGTTTCCTGAGTACTGGAGATCAGGCTGCCAAGGGCAACTATGGGCTCCTTGACCAGATCCAGGCCCTCCGCTG  389

Query  741  GGTGAGCGAGAATATTGCCTTCTTCGGGGGAGACCCCCGCCGGATCACTGTCTTTGGCTCGGGCATTGGTGCAT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  390  GGTGAGCGAGAATATTGCCTTCTTCGGGGGAGACCCCCGCCGGATCACTGTCTTTGGCTCGGGCATTGGTGCAT  463

Query  815  CCTGCGTCAGCCTCCTAACGTTGTCACATCACTCAGAGGGACTTTTCCAGAGAGCCATCATCCAAAGTGGCTCT  888
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  464  CCTGCGTCAGCCTCCTCACGTTGTCACATCACTCAGAGGGACTTTTCCAGAGAGCCATCATCCAAAGTGGCTCT  537

Query  889  GCTCTGTCCAGCTGGGCTGTGAACTACCAACCAGTGAAGTACACCAGCCTGCTGGCAGACAAAGTGGGCTGTAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  538  GCTCTGTCCAGCTGGGCTGTGAACTACCAACCAGTGAAGTACACCAGCCTGCTGGCAGACAAAGTGGGCTGTAA  611

Query  963  TGTGCTGGACACCGTGGATATGGTGGACTGTCTTCGGCAAAAGAGTGCCAAGGAGCTGGTAGAGCAGGACATCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  612  TGTGCTGGACACCGTGGATATGGTGGACTGTCTTCGGCAAAAGAGTGCCAAGGAGCTGGTAGAGCAGGACATCC  685

Query 1037  AGCCAGCCCGCTACCACGTGGCCTTTGGCCCTGTGATTGATGGTGATGTCATTCCTGATGACCCTGAGATCCTC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  686  AGCCAGCCCGCTACCACGTGGCCTTTGGCCCTGTGATTGATGGTGATGTCATTCCTGATGACCCTGAGATCCTC  759

Query 1111  ATGGAGCAGGGCGAGTTCCTCAACTATGACATCATGCTAGGTGTCAACCAGGGCGAGGGTCTCAAGTTTGTGGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  760  ATGGAGCAGGGCGAGTTCCTCAACTATGACATCATGCTAGGTGTCAACCAGGGCGAGGGTCTCAAGTTTGTGGA  833

Query 1185  AGGGGTGGTGGACCCTGAGGATGGTGTCTCTGGCACTGACTTTGACTATTCCGTCTCCAATTTTGTGGACAATC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  834  AGGGGTGGTGGACCCTGAGGATGGTGTCTCTGGCACTGACTTTGACTATTCCGTCTCCAATTTTGTGGACAATC  907

Query 1259  TGTATGGCTATCCTGAGGGTAAGGACACCCTGCGAGAGACCATCAAGTTCATGTATACAGACTGGGCAGACCGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  908  TGTATGGCTATCCTGAGGGTAAGGACACCCTGCGAGAGACCATCAAGTTCATGTATACAGACTGGGCAGACCGT  981

Query 1333  GACAACCCTGAGACCCGCCGTAAAACACTGGTGGCACTCTTCACTGACCACCAGTGGGTGGAGCCCTCAGTGGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  982  GACAACCCTGAGACCCGCCGTAAAACACTGGTGGCACTCTTCACTGACCACCAGTGGGTGGAGCCCTCAGTGGT  1055

Query 1407  GACAGCCGATCTGCATGCCCGCTACGGCTCGCCTACCTACTTCTACGCCTTCTATCATCACTGCCAGAGCCTCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056  GACAGCCGATCTGCATGCCCGCTACGGCTCGCCTACCTACTTCTACGCCTTCTATCATCACTGCCAGAGCCTCA  1129

Query 1481  TGAAGCCTGCTTGGTCAGATGCAGCTCATGGGGATGAAGTACCCTATGTTTTTGGGGTTCCTATGGTAGGCCCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130  TGAAGCCTGCTTGGTCAGATGCAGCTCATGGGGATGAAGTACCCTATGTTTTTGGGGTTCCTATGGTAGGCCCC  1203

Query 1555  ACTGACCTTTTCCCCTGCAACTTCTCCAAGAATGATGTTATGCTCAGTGCTGTCGTCATGACCTATTGGACCAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  ACTGACCTTTTCCCCTGCAACTTCTCCAAGAATGATGTTATGCTCAGTGCTGTCGTCATGACCTATTGGACCAA  1277

Query 1629  CTTTGCCAAGACTGGGGATCCCAACAAGCCGGTCCCCCAGGACACCAAGTTCATTCACACCAAGGCCAACCGCT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  CTTTGCCAAGACTGGGGATCCCAACAAGCCGGTCCCCCAGGACACCAAGTTCATTCACACCAAGGCCAACCGCT  1351

Query 1703  TTGAGGAAGTGGCCTGGTCCAAATACAATCCCCGAGACCAGCTCTACCTTCACATCGGGCTGAAACCAAGGGTC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  TTGAGGAAGTGGCCTGGTCCAAATACAATCCCCGAGACCAGCTCTACCTTCACATCGGGCTGAAACCAAGGGTC  1425

Query 1777  CGAGATCATTACCGGGCCACTAAGGTGGCCTTTTGGAAACATCTGGTGCCGCACCTATACAACCTGCATGACAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  CGAGATCATTACCGGGCCACTAAGGTGGCCTTTTGGAAACATCTGGTGCCCCACCTATACAACCTGCATGACAT  1499

Query 1851  GTTCCACTATACGTCCACCACCACCAAAGTGCCGCCTCCGGATACCACCCACAGCTCCCACATCACCCGCAGGC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  GTTCCACTATACGTCCACCACCACCAAAGTGCCGCCTCCGGATACCACCCACAGCTCCCACATCACCCGCAGGC  1573

Query 1925  CCAATGGCAAGACCTGGAGCACCAAGCGGCCAGCCATCTCACCTGCCTACAGCAACGAGAATGCCCAGGGGTCC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574  CCAATGGCAAGACCTGGAGCACCAAGCGGCCAGCCATCTCACCTGCCTACAGCAACGAGAATGCCCAGGGGTCC  1647

Query 1999  TGGAACGGGGACCAGGATGCAGGGCCACTCCTGGTGGAGAACCCTCGTGACTACTCCACTGAATTAAGTGTCAC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648  TGGAACGGGGACCAGGATGCAGGGCCACTCCTGGTGGAGAACCCTCGTGACTACTCCACTGAATTAAGTGTCAC  1721

Query 2073  CATCGCCGTGGGGGCCTCCATCCTGTTCCTTAACGTTCTGGCCTTCGCTGCCCTCTACTACCGTAAGGACAAAC  2146
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722  CATCGCCGTGGGGGCCTCCCTCCTGTTCCTTAACGTTCTGGCCTTCGCTGCCCTCTACTACCGTAAGGACAAAC  1795

Query 2147  GGCGCCAGGAGCCCCTGCGGCAGCCTAGCCCTCAGCGGGGAGCCTGGGCCCCGGAGTTGGGAGCTGCTCCAGAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796  GGCGCCAGGAGCCCCTGCGGCAGCCTAGCCCTCAGCGGGGAGCCGGGGCCCCGGAGTTGGGAGCTGCTCCAGAG  1869

Query 2221  GAGGAGCTGGCAGCATTACAACTGGGCCCCACCCACCACGAGTGTGAGGCCAGTCCCCCCCATGACACGCTGCG  2294
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870  GAGGAGCTGGCAGCATTACAACTGGGCCCCACCCACCACGAGTGTGAGGCCGGTCCCCCCCATGACACGCTGCG  1943

Query 2295  CCTCACTGCATTGCCCGACTACACCCTGACCCTGCGGCGCTCCCCGGATGACATCCCACTCATGACCCCCAACA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944  CCTCACTGCATTGCCCGACTACACCCTGACCCTGCGGCGCTCCCCGGATGACATCCCACTCATGACCCCCAACA  2017

Query 2369  CCATCACTATGATCCCCAACTCCCTGGTAGGGCTGCAGACATTGCACCCCTATAACACCTTTGCCGCAGGGTTC  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2018  CCATCACTATGATCCCCAACTCCCTGGTAGGGCTGCAGACATTGCACCCCTATAACACCTTTGCCGCAGGGTTC  2091

Query 2443  AACAGTACCGGGCTGCCCCACTCACACTCCACTACCCGGGTA  2484
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092  AACAGTACCGGGCTGCCCCACTCACACTCCACTACCCGGGTA  2133