Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08424
• Subject: NM_001330750.1
• Aligned Length: 2295
• Identities: 1672
• Gaps: 618

Alignment

Query    1  ATGGCAGGATTTAAGCGAGGGTATGATGGAAAGATTGCTGGGTTATATGATCTGGATAAAACCTTGGGTCGAGG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCATTTTGCCGTGGTTAAACTTGCCAGGCATGTCTTTACGGGTGAAAAGGTGGCAGTAAAAGTTATTGACAAGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAAAACTGGACACTCTAGCTACTGGTCATCTTTTCCAGGAAGTGAGATGCATGAAACTAGTGCAGCATCCTAAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ATCGTCCGCCTTTATGAAGTTATTGACACCCAGACCAAACTATATCTTATTCTAGAACTTGGGGATGGAGGAGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TATGTTTGATTATATAATGAAACATGAGGAGGGTCTTAATGAAGACTTGGCCAAGAAGTATTTTGCTCAGATAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTCATGCTATATCTTATTGCCATAAACTCCATGTGGTTCACAGAGACTTAAAACCAGAGAATGTAGTCTTCTTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GAAAAACAAGGTCTTGTAAAGTTGACAGACTTTGGGTTCAGCAACAAATTTCAACCAGGGAAGAAGCTCACTAC  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  AAGCTGTGGATCTCTTGCATATTCCGCTCCAGAAATTCTGCTTGGTGATGAGTATGATGCACCTGCAGTAGATA  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  TTTGGAGTCTGGGAGTGATCCTTTTCATGTTGGTGTGTGGGCAGCCGCCCTTTCAAGAAGCCAATGACAGTGAA  666
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------------------------ATGTTGGTGTGTGGGCAGCCGCCCTTTCAAGAAGCCAATGACAGTGAA  48

Query  667  ACACTGACAATGATCATGGATTGCAAATATACAGTACCATCCCATGTGTCTAAAGAGTGTAAAGACCTAATCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   49  ACACTGACAATGATCATGGATTGCAAATATACAGTACCATCCCATGTGTCTAAAGAGTGTAAAGACCTAATCAC  122

Query  741  ACGGATGCTACAGAGAGATCCCAAGAGAAGGGCTTATTTAGAAGAGATTGAAAATCATCCTTGGCTTCAGGGAG  814
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  123  ACGGATGCTACAGAGAGATCCCAAGAGAAGGGCTTCTTTAGAAGAGATTGAAAATCATCCTTGGCTTCAGGGAG  196

Query  815  TGGACCCTTCACCAGCTACAAAGTATAACATTCCCCTTGTGTCATACAAAAATCTCTCGGAAGAGGAGCACAAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  197  TGGACCCTTCACCAGCTACAAAGTATAACATTCCCCTTGTGTCATACAAAAATCTCTCGGAAGAGGAGCACAAC  270

Query  889  AGCATCATTCAGCGCATGGTGCTTGGGGACATAGCGGATCGAGACGCCATTGTAGAAGCCCTGGAAACCAACAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  271  AGCATCATTCAGCGCATGGTGCTTGGGGACATAGCGGATCGAGACGCCATTGTAGAAGCCCTGGAAACCAACAG  344

Query  963  GTATAACCATATCACAGCCACATACTTCCTGCTGGCTGAAAGGATCCTGAGAGAAAAGCAAGAGAAAGAAATAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  345  GTATAACCATATCACAGCCACATACTTCCTGCTGGCTGAAAGGATCCTGAGAGAAAAGCAAGAGAAAGAAATAC  418

Query 1037  AGACCAGATCTGCAAGCCCGAGCAATATCAAGGCCCAGTTTAGGCAGTCATGGCCAACCAAAATTGATGTACCC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  419  AGACCAGATCTGCAAGCCCGAGCAATATCAAGGCCCAGTTTAGGCAGTCATGGCCAACCAAAATTGATGTACCC  492

Query 1111  CAGGACCTTGAGGATGACCTCACGGCCACTCCTTTGTCCCACGCGACTGTCCCTCAGTCTCCTGCTCGGGCTGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  493  CAGGACCTTGAGGATGACCTCACGGCCACTCCTTTGTCCCACGCGACTGTCCCTCAGTCTCCTGCTCGGGCTGC  566

Query 1185  TGACAGTGTCCTCAATGGCCACAGGAGCAAAGGCCTGTGTGACTCAGCTAAGAAAGATGACCTCCCTGAGTTGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  567  TGACAGTGTCCTCAATGGCCACAGGAGCAAAGGCCTGTGTGACTCAGCTAAGAAAGATGACCTCCCTGAGTTGG  640

Query 1259  CTGGACCAGCACTCTCTACGGTGCCACCCGCAAGCTTAAAACCCACAGCCAGTGGGCGGAAGTGTCTGTTCAGG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  641  CTGGACCAGCACTCTCTACGGTGCCACCCGCAAGCTTAAAACCCACAGCCAGTGGGCGGAAGTGTCTGTTCAGG  714

Query 1333  GTGGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGAGGAGGACAAGAAACCCATGTCCCTCTCAACACAAGTGGTTTTGCGCCG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  715  GTGGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGAGGAGGACAAGAAACCCATGTCCCTCTCAACACAAGTGGTTTTGCGCCG  788

Query 1407  GAAGCCATCTGTAACCAACCGCCTGACATCCAGGAAGAGTGCGCCCGTCGTCAACCAGATCTTTGAGGAAGGGG  1480
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  789  GAAGCCATCTGTAACCAACCGCCTGACATCCAGGAAGAGTGCGCCCGTCCTCAACCAGATCTTTGAGGAAGGGG  862

Query 1481  AATCTGACGATGAGTTTGACATGGATGAGAATCTGCCTCCCAAGTTGAGCAGGTTAAAGATGAATATAGCTTCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  863  AATCTGACGATGAGTTTGACATGGATGAGAATCTGCCTCCCAAGTTGAGCAGGTTAAAGATGAATATAGCTTCT  936

Query 1555  CCAGGTACAGTTCACAAACGCTACCACCGGAGGAAAAGTCAGGGCCGGGGCTCCAGCTGCAGTAGTTCGGAGAC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  937  CCAGGTACAGTTCACAAACGCTACCACCGGAGGAAAAGTCAGGGCCGGGGCTCCAGCTGCAGTAGTTCGGAGAC  1010

Query 1629  CAGTGATGATGATTCTGAAAGCCGGCGGCGGCTCGATAAAGATAGCGGGTTCACCTACTCCTGGCACCGACGGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011  CAGTGATGATGATTCTGAAAGCCGGCGGCGGCTCGATAAAGATAGCGGGTTCACCTACTCCTGGCACCGACGGG  1084

Query 1703  ATAGCAGCGAGGGGCCCCCTGGCAGTGAGGGGGATGGCGGGGGCCAGAGCAAGCCAAGCAATGCCAGTGGAGGG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085  ATAGCAGCGAGGGGCCCCCTGGCAGTGAGGGGGATGGCGGGGGCCAGAGCAAGCCAAGCAATGCCAGTGGAGGG  1158

Query 1777  GTGGACAAGGCCAGCCCCAGTGAGAACAATGCTGGTGGGGGCAGTCCCTCCAGCGGCTCGGGTGGCAACCCCAC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159  GTGGACAAGGCCAGCCCCAGTGAGAACAATGCTGGTGGGGGCAGTCCCTCCAGCGGCTCGGGTGGCAACCCCAC  1232

Query 1851  CAATACATCGGGTACCACACGCCGCTGTGCCGGCCCAAGCAACTCCATGCAGCTGGCCTCTCGCAGTGCTGGGG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233  CAATACATCGGGTACCACACGCCGCTGTGCCGGCCCCAGCAACTCCATGCAGCTGGCCTCTCGCAGTGCTGGGG  1306

Query 1925  AGCTCGTTGAGAGCCTCAAACTCATGAGCCTCTGCCTCGGCTCCCAGCTTCATGGGAGCACCAAGTACATTATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307  AGCTCGTTGAGAGCCTCAAACTCATGAGCCTCTGCCTCGGCTCCCAGCTTCATGGGAGCACCAAGTACATTATT  1380

Query 1999  GATCCACAGAATGGCTTGTCATTTTCCAGTGTGAAAGTCCAAGAGAAATCTACGTGGAAAATGTGCATTAGCTC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381  GATCCACAGAATGGCTTGTCATTTTCCAGTGTGAAAGTCCAAGAGAAATCTACGTGGAAAATGTGCATTAGCTC  1454

Query 2073  CACAGGGAATGCAGGGCAGGTCCCTGCAGTGGGCGGCATAAAGTTTTTCTCTGACCACATGGCAGATACCACCA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455  CACAGGGAATGCAGGGCAGGTCCCTGCAGTGGGCGGCATAAAGTTTTTCTCTGACCACATGGCAGATACCACCA  1528

Query 2147  CTGAATTGGAACGGATAAGGAGCAAGAACCTAAAAAATAACGTGCTGCAGCTACCTCTGTGCGAAAAGACCATC  2220
            ||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529  CTGAATTGGAACGGATAAAGAGCAAGAACCTGAAAAATAACGTGCTGCAGCTACCTCTGTGCGAAAAGACCATC  1602

Query 2221  TCTGTGAACATCCAGCGGAACCCTAAGGAGGGGCTGCTGTGCGCATCCAGCCCAGCCAGCTGTTGCCATGTCAT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603  TCTGTGAACATCCAGCGGAACCCTAAGGAGGGGCTGCTGTGCGCATCCAGCCCAGCCAGCTGTTGCCATGTCAT  1676

Query 2295  C  2295
            |
Sbjct 1677  C  1677