Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_08557
Subject:
NM_001080754.1
Aligned Length:
3628
Identities:
3323
Gaps:
5

Alignment

Query    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74
            |||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||..||||.||||||||.||
Sbjct    1  ATGAAAGTTGTCCCAGAGAAGAATGCTGTACGAATCCTCTGGGGCCGAGAACGGGGCACTCGTGCCATGGGTGC  74

Query   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148
            .|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTGGAGGATAAGACTCGATGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148

Query  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222
            |.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||
Sbjct  149  CTGATAGTCCACGCTCGACCTTCTTACTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTGGCATCCACACATGTGAAC  222

Query  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296
            |||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATAACATCTATATTACAGAGGTTAAGACTGGCAAGTGTGTTCACTCTCTGATCGGACACCGCCGTACTCCATG  296

Query  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  297  GTGTGTCACTTTTCACCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGTTGCCTAGATGGGGAAGTTAGGATTTGGG  370

Query  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444
            |||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTACATGGGGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGACAGCAACAATGCCATAGCCTCCTTGGCTTTCCACCCTACG  444

Query  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518
            ||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct  445  GCTCAGCTTCTACTAATTGCCACTGCAAATGAGATCCATTTCTGGGATTGGAGTCGTCGGGAGCCCTTTGCTGT  518

Query  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592
            ||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  519  GGTGAAAACAGCCAGTGAGATGGAGCGTGTCCGCCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTTACAG  592

Query  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666
            |.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.
Sbjct  593  CTATTGTTAACCCTTCTAATCAGCAGGGTGATGACGAACCAGAAATCCCTATAGATGGAACAGAGTTATCTCAT  666

Query  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACCGTCAACGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACACCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740

Query  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814
            |||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  741  GTCCTCCCGTTCCTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCTTCATCAACGCAGCAGGACC  814

Query  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCGGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888

Query  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962
            |||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct  889  AGTCTGGGTCCTACCCGGCGCTCTTTGGGGGGCCCTTTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACAGAGAACTAGC  962

Query  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036
            .||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||.|||||||..|||||.||||
Sbjct  963  CCCTGGGCTGACAGGTTCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCACTCTGAACTCTCGTTCTGAGGTAGAATCTATGC  1036

Query 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110
            ||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCCACCGAGGACCAGTGCCTCCTCAGTGAGTTTGCTTTCTGTACTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110

Query 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGTGTATACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCATCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184

Query 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258
            |||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1185  TGGTTCCAGCCAAAACAACTCAGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAATGTGACCTGAGACGCTTCTTTTTGGAGT  1258

Query 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332
            |||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGACAGGCTGCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAACTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332

Query 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406
            ||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AACAATAATATTGAATCTGAGAGACCAGGTCCTTCCCACCTGCCTACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406

Query 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480
            ||||||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||.|
Sbjct 1407  CCTGTCTCGGGGCCACCTTAATCGATGCCGTGCTTGCCATAATCTTCTAACCTTCAACAATGATACCCTTCGTT  1480

Query 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCT-CCTTTGAGAG  1553
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.|||||.|||.||| || ||||||||.|
Sbjct 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCATCTGGTGAGGCTAGCTCTTCCTGGCACGTCTCCA-CTACCTTTGAGGG  1553

Query 1554  TGTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGG  1627
            ..|||||.|||||||||.||||.|.||||||||.|||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||
Sbjct 1554  CATGCCACCAAGTGGCAACCAGCTACCACCTCTTGAGCGGACTGAGGGCCAAATGCCTAGCTCCAGCAGGCTGG  1627

Query 1628  AGTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGG  1701
            ||||||||||||||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  AGTTGAGCAGCTCTGCTAGTTCACAAGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGG  1701

Query 1702  GAAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGA  1775
            |||.|.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1702  GAACGCATTTATACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTATCACAGGAGGCCTTACATCAAGATATGCCTGAAGA  1775

Query 1776  GAGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAGGAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAG  1849
            .|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  AAGCTCTGAGGAAGACTCCCTCAGGAGGAGGCTGCTGGAGTCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAG  1849

Query 1850  CAGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATG  1923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  CAGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATG  1923

Query 1924  ATCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTC  1997
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1924  ATCCAGTATCTCTCAAGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAATCGGCTTCGTTCTTC  1997

Query 1998  CACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGG  2071
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998  CACCTCCTCTTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGG  2071

Query 2072  ACAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTC  2145
            ||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 2072  ACAATGGTGACAGATCTAGGCACCGAGCTCCCCGAAATGCCCGAATGTCTGCACCTTCACTTGGACGATTTGTT  2145

Query 2146  CCAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGC  2219
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146  CCAAGGCGTTTTTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGC  2219

Query 2220  TACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACA  2293
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220  TACTCATTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTAATTGGAGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACA  2293

Query 2294  TTGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCC  2367
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.
Sbjct 2294  TTGCCAATACTACCTACAGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTTCCAGAAATCAGTAATGCCTCT  2367

Query 2368  GTGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCT  2441
            ||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2368  GTGAATGTCCTGGTACAGAATTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGTCAGCTCCT  2441

Query 2442  GGCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCC  2515
            ||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2442  GGCAGCCTTCATCCCGAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTATTCCCTGGCCCCCC  2515

Query 2516  ATAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGC  2589
            |||||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2516  ATAACTTGGGGGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCTGTAAGCCTGTCCCCGATGGGC  2589

Query 2590  AGATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGT  2663
            .||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2590  CGATACGTTATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTACTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTAGCCCAGGT  2663

Query 2664  CTTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTG  2737
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 2664  CTTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGTGAGACTTCCATGAGGAGAGTTTTCAATGTCCTTTACCCCATGCCTG  2737

Query 2738  CCGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGT  2811
            |.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2738  CAGACCAACGGAGACACGTCAGCATCAACTCTGCCCGTTGGCTACCCGAGCCAGGGCTTGGTTTGGCCTATGGC  2811

Query 2812  ACTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCT  2885
            ||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||..|.||||||||||||||||||||
Sbjct 2812  ACCAACAAAGGAGACTTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGCATCGAGTACTACTGGGACCAGCT  2885

Query 2886  GAACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGA  2959
            .|..||.||.||||||||||||||.||.|..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.
Sbjct 2886  AAGTGAAACAGTCTTCACTGTCCACTCAAGTAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACGTGGC  2959

Query 2960  GGACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCT  3033
            |||||||||||||||||||..||||||||||.||||||||.|||||.||||||||..|||||||.|||||||||
Sbjct 2960  GGACAGACAGAGACATGGGTTTGATGAATGCAATTGGGCTGCAGCCTCGGAACCCAACCACCTCTGTGACATCT  3033

Query 3034  CAGGGCACCGAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGG  3107
            |||||||||.|||||||||||||.|||.|||||||.||.||||||||||||||||||||||....|||.|||||
Sbjct 3034  CAGGGCACCCAGACTCTGGCCCTCCAGTTGCAGAACGCTGAAACACAGACTGAGAGGGAGGAAGAGGAACCAGG  3107

Query 3108  GACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGA  3181
            |.||||..|.|||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||.||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 3108  GGCAGCATCTTCAGGTCCTGGTGAAGGCGAGGGCTCAGAATATGGTGGCAGTGGGGAAGATGCCCTCAGCAGGA  3181

Query 3182  TCCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATG  3255
            ||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3182  TCCAGAGGCTGATGGCCGAGGGTGGCATGACAGCTGTGGTACAACGGGAACAGAGCACCACCATGGCCTCCATG  3255

Query 3256  GGCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGC  3329
            ||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||..|.||.||
Sbjct 3256  GGTGGCTTTGGCAACAACATCATCGTTAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCCCAGACAGGCACAGAGTCAGGGGC  3329

Query 3330  CGCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAG  3403
            .||.|..|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||...||||..|.|||||||||||||||||||
Sbjct 3330  TGCTCGTACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGAGGACTGCCATCAGAACCTGGGCAACTGGCAGAGCGAG  3403

Query 3404  GCCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCC  3477
            ..|||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||.|||||.||||.|.|.||||||||.|||||.||
Sbjct 3404  CGCTAAGCCCCCGGACAGCCTCCTGGGACCAGCCTAGTACCTCTGGGAGGGAACTACCCCAGCCAGCCCTGTCC  3477

Query 3478  TCTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAA  3551
            |||||||||||||||||||||||.||..|||||.|||||..|||||||||||||.|.||||||.|..|||||||
Sbjct 3478  TCTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCAGTCCCCCTTGCCAGCAATGAGGGACCAACCATGCACTGCAATGTGACCAA  3551

Query 3552  TAACAACCACCTTC---TGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACA  3622
            |||||..|||||||   .||.||.|||.||||.|||||||||.||||||||||||||.|||||.||||.||||.
Sbjct 3552  TAACAGTCACCTTCCTGAGGGTGATGGTAGCAACAGGGGGGAAGCTGCAGGCCCTAGTGGAGAGCCACAGAACC  3625

Query 3623  GG  3624
            |.
Sbjct 3626  GA  3627