Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08557
• Subject: NM_001267783.2
• Aligned Length: 3624
• Identities: 3534
• Gaps: 87

Alignment

Query    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74

Query   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAAGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148

Query  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222

Query  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296

Query  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370

Query  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444

Query  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518

Query  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592

Query  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666

Query  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740

Query  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814

Query  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888

Query  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962

Query  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036

Query 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110

Query 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184

Query 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258

Query 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332

Query 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406

Query 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480

Query 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554

Query 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628

Query 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702

Query 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776

Query 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAGGAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGC  1850
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAG---------------------------------------------------  1799

Query 1851  AGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGA  1924
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800  ------------------------------------GAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGA  1837

Query 1925  TCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838  TCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCC  1911

Query 1999  ACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912  ACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGA  1985

Query 2073  CAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986  CAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCC  2059

Query 2147  CAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060  CAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCT  2133

Query 2221  ACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACAT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134  ACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACAT  2207

Query 2295  TGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208  TGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCG  2281

Query 2369  TGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282  TGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTG  2355

Query 2443  GCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356  GCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCA  2429

Query 2517  TAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430  TAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCA  2503

Query 2591  GATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504  GATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTC  2577

Query 2665  TTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578  TTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGC  2651

Query 2739  CGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652  CGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTA  2725

Query 2813  CTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726  CTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTG  2799

Query 2887  AACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAG  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2800  AACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAG  2873

Query 2961  GACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2874  GACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTC  2947

Query 3035  AGGGCACCGAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGG  3108
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2948  AGGGCACCCAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGG  3021

Query 3109  ACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGAT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3022  ACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGAT  3095

Query 3183  CCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3096  CCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGG  3169

Query 3257  GCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170  GCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCC  3243

Query 3331  GCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGG  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3244  GCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGG  3317

Query 3405  CCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCT  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3318  CCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCT  3391

Query 3479  CTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAAT  3552
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 3392  CTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCCTCCACTGCGAGTTGACCAAT  3465

Query 3553  AACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466  AACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3537