Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_08557
- Subject:
- NM_001300731.2
- Aligned Length:
- 3894
- Identities:
- 3441
- Gaps:
- 450
Alignment
Query 1 ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC 74
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC 74
Query 75 TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC 148
|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAAGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC 148
Query 149 CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC 222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC 222
Query 223 CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG 296
Query 297 GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG 370
Query 371 ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG 444
Query 445 GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT 518
Query 519 GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG 592
Query 593 CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC 666
Query 667 TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT 740
Query 741 GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATC---------------------------------------------------- 762
||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGGTGGGAGAGCAAAGCACAGTGCAAGATTCTGCTACCCCCTCACCCCCAC 814
Query 763 -------------------------------------------------------------------------- 762
Sbjct 815 CGCCTCCCCCTCAGCCCTCCACGGAGCGCCCCAGGACTTCCGCTTACATCAGGCTCCGACAGCGGGTCAGTTAC 888
Query 763 -------------------------------------------------------------------------- 762
Sbjct 889 CCCACAGCTGAGTGCTGCCAGCACCTTGGGATCCTGTGCCTTTGCAGCCGCTGCTCTGGCACTCGAGTTCCTTC 962
Query 763 ----------------------------------------------------------------------CAGA 766
||||
Sbjct 963 CCTCTTGCCACACCAGGACAGTGTCCCCCCTGCTTCTGCCAGAGCTACTACCCCTTCCTTTTCTTTTGTACAGA 1036
Query 767 CCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACCAGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 CCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACCAGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCC 1110
Query 841 TTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTCAGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTT 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTCAGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTT 1184
Query 915 GGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGCTCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGA 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGCTCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGA 1258
Query 989 CCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGCCCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCG 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGCCCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCG 1332
Query 1063 GTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCATCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCATCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGG 1406
Query 1137 GAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAATGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCA 1210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAATGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCA 1480
Query 1211 GCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGTATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAG 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGTATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAG 1554
Query 1285 AGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTCAACAATAACATTGAATCTGAGAGGCC 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTCAACAATAACATTGAATCTGAGAGGCC 1628
Query 1359 AGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAACCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCT 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAACCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCT 1702
Query 1433 GTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCTGGGAAAGAACCACACCTAACTACTCC 1506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCTGGGAAAGAACCACACCTAACTACTCC 1776
Query 1507 TCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGTGTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCC 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGTGTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCC 1850
Query 1581 ACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGAGTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGG 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 ACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGAGTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGG 1924
Query 1655 AGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGGAAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGA 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 AGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGGAAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGA 1998
Query 1729 TCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAGAGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAG 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAGAGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAG 2072
Query 1803 GAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGCAGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACC 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGCAGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACC 2146
Query 1877 CAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGATCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGT 1950
|||||||||||||
Sbjct 2147 CAGACCCAGCGAG------------------------------------------------------------- 2159
Query 1951 ATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCCACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCA 2024
Sbjct 2160 -------------------------------------------------------------------------- 2159
Query 2025 GGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGACAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAG 2098
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ---------------------------------------------GGACAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAG 2188
Query 2099 CTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCCCAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTAC 2172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 CTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCCCAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTAC 2262
Query 2173 TTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCTACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCT 2246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 TTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCTACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCT 2336
Query 2247 GGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACATTGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGT 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACATTGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGT 2410
Query 2321 GGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCGTGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAG 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 GGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCGTGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAG 2484
Query 2395 ATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTGGCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAG 2468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 ATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTGGCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAG 2558
Query 2469 GGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCATAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCA 2542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 GGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCATAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCA 2632
Query 2543 AGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCAGATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCA 2616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 AGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCAGATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCA 2706
Query 2617 CGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTCTTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGG 2690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2707 CGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTCTTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGG 2780
Query 2691 AGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGCCGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCA 2764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2781 AGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGCCGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCA 2854
Query 2765 ACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTACTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGC 2838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 ACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTACTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGC 2928
Query 2839 CGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTGAACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTC 2912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 CGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTGAACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTC 3002
Query 2913 CAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAGGACAGACAGAGACATGGGGCTGATGA 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 CAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAGGACAGACAGAGACATGGGGCTGATGA 3076
Query 2987 ATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTCAGGGCACCGAGACTCTGGCCCTTCAG 3060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 3077 ATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTCAGGGCACCCAGACTCTGGCCCTTCAG 3150
Query 3061 CTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGGACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGG 3134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3151 CTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGGACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGG 3224
Query 3135 TGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGATCCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCA 3208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 TGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGATCCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCA 3298
Query 3209 TGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGGGCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTC 3282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3299 TGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGGGCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTC 3372
Query 3283 AGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCCGCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTC 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3373 AGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCCGCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTC 3446
Query 3357 CACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGGCCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGG 3430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3447 CACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGGCCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGG 3520
Query 3431 ACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCTCTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTT 3504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 ACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCTCTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTT 3594
Query 3505 TCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAATAACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAG 3578
|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3595 TCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCCTCCACTGCGAGTTGACCAATAACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAG 3668
Query 3579 CAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG 3624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3669 CAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG 3714