Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08557
• Subject: NM_001367468.1
• Aligned Length: 3894
• Identities: 3621
• Gaps: 270

Alignment

Query    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74

Query   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAAGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148

Query  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222

Query  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296

Query  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370

Query  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444

Query  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518

Query  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592

Query  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666

Query  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740

Query  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATC----------------------------------------------------  762
            ||||||||||||||||||||||                                                    
Sbjct  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGGTGGGAGAGCAAAGCACAGTGCAAGATTCTGCTACCCCCTCACCCCCAC  814

Query  763  --------------------------------------------------------------------------  762
                                                                                      
Sbjct  815  CGCCTCCCCCTCAGCCCTCCACGGAGCGCCCCAGGACTTCCGCTTACATCAGGCTCCGACAGCGGGTCAGTTAC  888

Query  763  --------------------------------------------------------------------------  762
                                                                                      
Sbjct  889  CCCACAGCTGAGTGCTGCCAGCACCTTGGGATCCTGTGCCTTTGCAGCCGCTGCTCTGGCACTCGAGTTCCTTC  962

Query  763  ----------------------------------------------------------------------CAGA  766
                                                                                  ||||
Sbjct  963  CCTCTTGCCACACCAGGACAGTGTCCCCCCTGCTTCTGCCAGAGCTACTACCCCTTCCTTTTCTTTTGTACAGA  1036

Query  767  CCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACCAGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCC  840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACCAGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCC  1110

Query  841  TTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTCAGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTT  914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTCAGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTT  1184

Query  915  GGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGCTCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGA  988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGCTCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGA  1258

Query  989  CCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGCCCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCG  1062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGCCCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCG  1332

Query 1063  GTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCATCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGG  1136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCATCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGG  1406

Query 1137  GAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAATGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCA  1210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAATGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCA  1480

Query 1211  GCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGTATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAG  1284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGTATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAG  1554

Query 1285  AGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTCAACAATAACATTGAATCTGAGAGGCC  1358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTCAACAATAACATTGAATCTGAGAGGCC  1628

Query 1359  AGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAACCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCT  1432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAACCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCT  1702

Query 1433  GTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCTGGGAAAGAACCACACCTAACTACTCC  1506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCTGGGAAAGAACCACACCTAACTACTCC  1776

Query 1507  TCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGTGTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCC  1580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGTGTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCC  1850

Query 1581  ACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGAGTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGG  1654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGAGTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGG  1924

Query 1655  AGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGGAAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGA  1728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGGAAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGA  1998

Query 1729  TCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAGAGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAG  1802
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAGAGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAG  2072

Query 1803  GAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGCAGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACC  1876
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGCAGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACC  2146

Query 1877  CAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGATCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGT  1950
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGATCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGT  2220

Query 1951  ATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCCACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCA  2024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCCACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCA  2294

Query 2025  GGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGACAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAG  2098
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGACAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAG  2368

Query 2099  CTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCCCAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTAC  2172
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCCCAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTAC  2442

Query 2173  TTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCTACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCT  2246
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCTACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCT  2516

Query 2247  GGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACATTGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGT  2320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACATTGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGT  2590

Query 2321  GGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCGTGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAG  2394
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCGTGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAG  2664

Query 2395  ATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTGGCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAG  2468
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  ATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTGGCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAG  2738

Query 2469  GGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCATAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCA  2542
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCATAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCA  2812

Query 2543  AGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCAGATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCA  2616
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  AGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCAGATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCA  2886

Query 2617  CGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTCTTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGG  2690
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTCTTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGG  2960

Query 2691  AGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGCCGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCA  2764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGCCGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCA  3034

Query 2765  ACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTACTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGC  2838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  ACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTACTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGC  3108

Query 2839  CGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTGAACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTC  2912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTGAACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTC  3182

Query 2913  CAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAGGACAGACAGAGACATGGGGCTGATGA  2986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  CAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAGGACAGACAGAGACATGGGGCTGATGA  3256

Query 2987  ATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTCAGGGCACCGAGACTCTGGCCCTTCAG  3060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 3257  ATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTCAGGGCACCCAGACTCTGGCCCTTCAG  3330

Query 3061  CTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGGACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGG  3134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  CTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGGACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGG  3404

Query 3135  TGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGATCCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCA  3208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  TGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGATCCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCA  3478

Query 3209  TGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGGGCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTC  3282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  TGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGGGCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTC  3552

Query 3283  AGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCCGCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTC  3356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553  AGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCCGCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTC  3626

Query 3357  CACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGGCCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGG  3430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627  CACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGGCCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGG  3700

Query 3431  ACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCTCTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTT  3504
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701  ACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCTCTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTT  3774

Query 3505  TCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAATAACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAG  3578
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775  TCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCCTCCACTGCGAGTTGACCAATAACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAG  3848

Query 3579  CAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849  CAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3894