Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08557
• Subject: NM_001367469.1
• Aligned Length: 3624
• Identities: 3354
• Gaps: 267

Alignment

Query    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74

Query   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAAGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148

Query  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222

Query  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296

Query  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370

Query  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444

Query  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518

Query  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592

Query  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666

Query  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740

Query  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814

Query  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888

Query  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962

Query  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036

Query 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110

Query 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184

Query 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258

Query 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332

Query 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406

Query 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480

Query 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554

Query 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628

Query 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702

Query 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776

Query 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAGGAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||                                                
Sbjct 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAG------------------------------------------------  1802

Query 1851  AGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGA  1924
                                                                                      
Sbjct 1803  --------------------------------------------------------------------------  1802

Query 1925  TCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCC  1998
                                                                                      
Sbjct 1803  --------------------------------------------------------------------------  1802

Query 1999  ACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGA  2072
                                                                                   |||
Sbjct 1803  -----------------------------------------------------------------------GGA  1805

Query 2073  CAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806  CAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCC  1879

Query 2147  CAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880  CAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCT  1953

Query 2221  ACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACAT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954  ACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACAT  2027

Query 2295  TGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028  TGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCG  2101

Query 2369  TGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102  TGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTG  2175

Query 2443  GCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176  GCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCA  2249

Query 2517  TAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2250  TAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCA  2323

Query 2591  GATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324  GATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTC  2397

Query 2665  TTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398  TTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGC  2471

Query 2739  CGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472  CGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTA  2545

Query 2813  CTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546  CTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTG  2619

Query 2887  AACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAG  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2620  AACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAG  2693

Query 2961  GACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694  GACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTC  2767

Query 3035  AGGGCACCGAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGG  3108
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2768  AGGGCACCCAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGG  2841

Query 3109  ACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGAT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2842  ACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGAT  2915

Query 3183  CCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2916  CCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGG  2989

Query 3257  GCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990  GCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCC  3063

Query 3331  GCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGG  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064  GCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGG  3137

Query 3405  CCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCT  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3138  CCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCT  3211

Query 3479  CTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAAT  3552
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 3212  CTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCCTCCACTGCGAGTTGACCAAT  3285

Query 3553  AACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3286  AACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3357