Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08557
• Subject: NM_001367470.1
• Aligned Length: 3624
• Identities: 3085
• Gaps: 537

Alignment

Query    1  ATGAAGGTTGTCCCAGAAAAGAATGCTGTCCGGATACTCTGGGGGCGAGAACGGGGTGCTCGGGCCATGGGAGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TCAGCGGCTTCTGCAGGAGCTGGTAGAGGATAAAACCCGGTGGATGAAATGGGAGGGCAAGAGAGTAGAACTGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CGGATAGTCCACGCTCTACCTTCTTATTGGCCTTCAGCCCAGACAGGACTCTCTTAGCCTCCACCCATGTGAAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CATAATATCTATATTACGGAGGTGAAGACTGGCAAGTGTGTTCATTCCCTGATTGGACACCGCCGTACTCCATG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GTGTGTCACTTTTCATCCCACCATCTCAGGCCTTATTGCTTCTGGCTGCCTAGATGGGGAGGTTAGGATTTGGG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  ATTTACACGGTGGCAGTGAAAGCTGGTTCACAGATAGCAACAATGCCATTGCCTCCCTGGCTTTCCACCCTACG  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GCTCAGCTCCTGCTGATTGCCACTGCCAATGAGATCCACTTCTGGGACTGGAGTCGACGGGAACCCTTTGCTGT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  GGTGAAGACAGCTAGTGAGATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  592
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------ATGGAACGGGTCCGTCTGGTGAGATTTGATCCACTTGGACACTACTTACTCACAG  55

Query  593  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   56  CAATTGTTAACCCCTCTAATCAACAGGGTGATGACGAACCAGAGATCCCCATAGATGGAACAGAATTATCCCAC  129

Query  667  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  130  TACCGTCAGCGTGCCCTCCTGCAATCACAGCCAGTTCGCCGGACGCCTCTCCTCCACAATTTCCTGCACATGCT  203

Query  741  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  204  GTCCTCCCGCTCTTCTGGCATCCAGACCGAGCCCTTCCATCCCCCGGAGCAGGCCTCGTCAACGCAGCAGGACC  277

Query  815  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  278  AGGGCCTCCTGAACCGGCCGTCTGCCTTCAGTACAGTCCAGAGCAGCACTGCCGGCAACACGCTCCGCAACCTC  351

Query  889  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  352  AGTCTGGGTCCTACCCGCCGCTCTTTGGGAGGGCCTCTGTCTAGCCACCCTTCTAGGTATCACCGAGAAATAGC  425

Query  963  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  426  TCCTGGGTTGACAGGATCTGAGTGGACCCGGACAGTACTCAGTCTGAACTCCCGCTCTGAGGCGGAATCCATGC  499

Query 1037  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  500  CCCCGCCCAGAACCAGTGCCTCTTCGGTGAGTTTGCTGTCTGTGCTGAGACAGCAGGAAGGTGGCTCTCAGGCA  573

Query 1111  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  574  TCTGTGTACACTTCAGCCACAGAAGGGAGGGGTTTTCCGGCATCAGGGTTGGCAACTGAGTCAGATGGAGGGAA  647

Query 1185  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  648  TGGCTCCAGCCAAAACAACTCGGGCAGCATTCGCCATGAGCTTCAGTGTGACCTGAGACGCTTCTTTCTGGAGT  721

Query 1259  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  ATGACCGGCTTCAGGAGCTGGATCAGAGCCTGAGTGGGGAAGCTCCCCAGACCCAACAGGCCCAGGAAATGCTC  795

Query 1333  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  AACAATAACATTGAATCTGAGAGGCCAGGCCCTTCCCACCAGCCCACCCCACACAGCAGTGAGAACAACTCCAA  869

Query 1407  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  CCTGTCCCGTGGCCACCTGAATCGCTGTCGTGCTTGCCACAATCTCCTGACCTTCAACAACGATACCCTGCGCT  943

Query 1481  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  GGGAAAGAACCACACCTAACTACTCCTCTGGCGAGGCTAGTTCCTCTTGGCAGGTCCCCAGCTCCTTTGAGAGT  1017

Query 1555  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  GTGCCATCAAGTGGCAGCCAGTTGCCACCTCTCGAGCGGACTGAGGGCCAAACGCCCAGCTCCAGCAGGCTGGA  1091

Query 1629  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  GTTGAGCAGCTCTGCTAGTCCGCAGGAGGAGAGGACTGTGGGGGTGGCCTTTAACCAGGAGACAGGCCACTGGG  1165

Query 1703  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  AAAGAATTTACACCCAGTCCAGCAGATCTGGAACTGTGTCACAGGAGGCCTTACATCAGGATATGCCTGAGGAG  1239

Query 1777  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAGGAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  AGCTCTGAGGAGGATTCACTCAGGAGGAGGCTGCTGGAATCTTCCCTCATTTCATTATCCCGTTATGATGGAGC  1313

Query 1851  AGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  AGGATCCAGAGAGCACCCAATTTACCCAGACCCAGCGAGATTATCTCCTGCTGCATACTACGCCCAGAGGATGA  1387

Query 1925  TCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  TCCAGTATCTCTCACGGAGAGACAGTATTCGCCAGCGCTCCATGCGCTACCAACAGAACCGTCTCCGTTCTTCC  1461

Query 1999  ACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  ACCTCCTCCTCTTCCTCAGACAACCAGGGTCCATCAGTAGAGGGAACCGACTTGGAATTTGAGGACTTTGAGGA  1535

Query 2073  CAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  CAATGGTGACAGATCCAGGCACCGAGCTCCACGCAATGCCCGGATGTCTGCACCTTCGCTTGGACGCTTTGTCC  1609

Query 2147  CAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  CAAGGCGTTTCTTGCTGCCTGAGTACTTGCCTTATGCTGGGATTTTTCATGAACGTGGACAGCCTGGCTTGGCT  1683

Query 2221  ACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACAT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  ACTCACTCTTCTGTTAACAGGGTCCTGGCAGGGGCAGTGATCGGTGATGGACAGTCTGCTGTGGCCAGTAACAT  1757

Query 2295  TGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  TGCCAATACTACCTACCGGCTCCAGTGGTGGGACTTCACTAAGTTTGACCTCCCTGAAATCAGTAATGCTTCCG  1831

Query 2369  TGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  TGAATGTGCTGGTGCAGAACTGCAAGATCTACAATGATGCCAGCTGTGACATTTCTGCAGATGGCCAGCTCCTG  1905

Query 2443  GCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906  GCAGCTTTCATCCCCAGCAGCCAGAGGGGCTTTCCTGATGAAGGCATCCTGGCAGTGTACTCCCTGGCCCCCCA  1979

Query 2517  TAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980  TAACCTGGGCGAAATGCTCTACACCAAGCGATTTGGTCCCAATGCCATTTCGGTGAGCCTGTCCCCAATGGGCA  2053

Query 2591  GATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054  GATATGTAATGGTGGGCTTGGCCTCACGAAGGATCCTGCTGCACCCCTCCACAGAGCACATGGTGGCCCAGGTC  2127

Query 2665  TTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128  TTCAGGCTGCAACAGGCCCATGGTGGAGAGACCTCCATGAGGAGAGTTTTCAACGTCCTTTATCCCATGCCTGC  2201

Query 2739  CGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202  CGACCAGCGGAGACATGTCAGTATCAACTCTGCCCGTTGGCTGCCTGAGCCAGGGCTTGGCTTGGCCTATGGTA  2275

Query 2813  CTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276  CTAACAAAGGAGACCTGGTGATCTGCCGACCAGAGGCCTTAAACTCTGGTGTTGAGTACTACTGGGACCAGCTG  2349

Query 2887  AACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAG  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350  AACGAGACGGTCTTCACTGTCCATTCCAACAGCAGGAGCAGCGAGCGGCCTGGAACCAGCAGAGCCACATGGAG  2423

Query 2961  GACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2424  GACAGACAGAGACATGGGGCTGATGAATGCCATTGGGCTTCAGCCCCGGAACCCTGCCACCTCAGTGACATCTC  2497

Query 3035  AGGGCACCGAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGG  3108
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498  AGGGCACCCAGACTCTGGCCCTTCAGCTGCAGAATGCCGAAACACAGACTGAGAGGGAGGTGCCGGAGCCAGGG  2571

Query 3109  ACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGAT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572  ACAGCCGCCTCAGGTCCTGGTGAAGGTGAGGGTTCAGAGTATGGTGCCAGTGGAGAAGATGCGCTCAGCAGGAT  2645

Query 3183  CCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2646  CCAGAGGCTGATGGCGGAGGGCGGCATGACAGCCGTGGTGCAGCGGGAGCAGAGCACCACCATGGCCTCCATGG  2719

Query 3257  GCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720  GCGGCTTCGGCAACAACATCATCGTCAGCCACCGCATTCACCGCAGCTCTCAGACGGGCACTGAACCTGGTGCC  2793

Query 3331  GCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGG  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794  GCCCACACCTCCTCACCCCAGCCCTCCACCTCTCGGGGACTGCTCCCAGAGGCCGGGCAACTGGCAGAGCGAGG  2867

Query 3405  CCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCT  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868  CCTAAGCCCCCGGACAGCTTCCTGGGACCAGCCTGGTACCCCTGGGCGGGAGCCAACCCAGCCAACCCTGCCCT  2941

Query 3479  CTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCGTCCACTGCGAGTTGACCAAT  3552
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2942  CTTCCTCCCCTGTCCCCATTCCTGTTTCCCTTCCCAGCGCTGAGGGACCAACCCTCCACTGCGAGTTGACCAAT  3015

Query 3553  AACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3016  AACAACCACCTTCTGGATGGTGGCAGCAGCAGGGGGGACGCTGCAGGCCCTAGGGGAGAACCACGGAACAGG  3087