Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08776
• Subject: NM_001199139.1
• Aligned Length: 3072
• Identities: 3070
• Gaps: 0

Alignment

Query    1  ATGAATTTCATAAAGGACAATGGCCGAGCCCTTATTCAAAGAATGGGAATGACTGTTATAAAGCAAATCACAGA  74
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAATTTCATAAAGGACAATAGCCGAGCCCTTATTCAAAGAATGGGAATGACTGTTATAAAGCAAATCACAGA  74

Query   75  TGACCTATTTGTATGGAATGTTCTGAATCGCGAAGAAGTAAACATCATTTGCTGCGAGAAGGTGGAGCAGGATG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGACCTATTTGTATGGAATGTTCTGAATCGCGAAGAAGTAAACATCATTTGCTGCGAGAAGGTGGAGCAGGATG  148

Query  149  CTGCTAGAGGGATCATTCACATGATTTTGAAAAAGGGTTCAGAGTCCTGTAACCTCTTTCTTAAATCCCTTAAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGCTAGAGGGATCATTCACATGATTTTGAAAAAGGGTTCAGAGTCCTGTAACCTCTTTCTTAAATCCCTTAAG  222

Query  223  GAGTGGAACTATCCTCTATTTCAGGACTTGAATGGACAAAGTCTTTTTCATCAGACATCAGAAGGAGACTTGGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGTGGAACTATCCTCTATTTCAGGACTTGAATGGACAAAGTCTTTTTCATCAGACATCAGAAGGAGACTTGGA  296

Query  297  CGATTTGGCTCAGGATTTAAAGGACTTGTACCATACCCCATCTTTTCTGAACTTTTATCCCCTTGGTGAAGATA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CGATTTGGCTCAGGATTTAAAGGACTTGTACCATACCCCATCTTTTCTGAACTTTTATCCCCTTGGTGAAGATA  370

Query  371  TTGACATTATTTTTAACTTGAAAAGCACCTTCACAGAACCTGTCCTGTGGAGGAAGGACCAACACCATCACCGC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTGACATTATTTTTAACTTGAAAAGCACCTTCACAGAACCTGTCCTGTGGAGGAAGGACCAACACCATCACCGC  444

Query  445  GTGGAGCAGCTGACCCTGAATGGCCTCCTGCAGGCTCTTCAGAGCCCCTGCATCATTGAAGGGGAATCTGGCAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGGAGCAGCTGACCCTGAATGGCCTCCTGCAGGCTCTTCAGAGCCCCTGCATCATTGAAGGGGAATCTGGCAA  518

Query  519  AGGCAAGTCCACTCTGCTGCAGCGAATTGCCATGCTCTGGGGCTCCGGAAAGTGCAAGGCTCTGACCAAGTTCA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGGCAAGTCCACTCTGCTGCAGCGAATTGCCATGCTCTGGGGCTCCGGAAAGTGCAAGGCTCTGACCAAGTTCA  592

Query  593  AATTCGTCTTCTTCCTCCGTCTCAGCAGGGCCCAGGGTGGACTTTTTGAAACCCTCTGTGATCAACTCCTGGAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AATTCGTCTTCTTCCTCCGTCTCAGCAGGGCCCAGGGTGGACTTTTTGAAACCCTCTGTGATCAACTCCTGGAT  666

Query  667  ATACCTGGCACAATCAGGAAGCAGACATTCATGGCCATGCTGCTGAAGCTGCGGCAGAGGGTTCTTTTCCTTCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATACCTGGCACAATCAGGAAGCAGACATTCATGGCCATGCTGCTGAAGCTGCGGCAGAGGGTTCTTTTCCTTCT  740

Query  741  TGATGGCTACAATGAATTCAAGCCCCAGAACTGCCCAGAAATCGAAGCCCTGATAAAGGAAAACCACCGCTTCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGATGGCTACAATGAATTCAAGCCCCAGAACTGCCCAGAAATCGAAGCCCTGATAAAGGAAAACCACCGCTTCA  814

Query  815  AGAACATGGTCATCGTCACCACTACCACTGAGTGCCTGAGGCACATACGGCAGTTTGGTGCCCTGACTGCTGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGAACATGGTCATCGTCACCACTACCACTGAGTGCCTGAGGCACATACGGCAGTTTGGTGCCCTGACTGCTGAG  888

Query  889  GTGGGGGATATGACAGAAGACAGCGCCCAGGCTCTCATCCGAGAAGTGCTGATCAAGGAGCTTGCTGAAGGCTT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTGGGGGATATGACAGAAGACAGCGCCCAGGCTCTCATCCGAGAAGTGCTGATCAAGGAGCTTGCTGAAGGCTT  962

Query  963  GTTGCTCCAAATTCAGAAATCCAGGTGCTTGAGGAATCTCATGAAGACCCCTCTCTTTGTGGTCATCACTTGTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GTTGCTCCAAATTCAGAAATCCAGGTGCTTGAGGAATCTCATGAAGACCCCTCTCTTTGTGGTCATCACTTGTG  1036

Query 1037  CAATCCAGATGGGTGAAAGTGAGTTCCACTCTCACACACAAACAACGCTGTTCCATACCTTCTATGATCTGTTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAATCCAGATGGGTGAAAGTGAGTTCCACTCTCACACACAAACAACGCTGTTCCATACCTTCTATGATCTGTTG  1110

Query 1111  ATACAGAAAAACAAACACAAACATAAAGGTGTGGCTGCAAGTGACTTCATTCGGAGCCTGGACCACTGTGGAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ATACAGAAAAACAAACACAAACATAAAGGTGTGGCTGCAAGTGACTTCATTCGGAGCCTGGACCACTGTGGAGA  1184

Query 1185  CCTAGCTCTGGAGGGTGTGTTCTCCCACAAGTTTGATTTCGAACTGCAGGATGTGTCCAGCGTGAATGAGGATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTAGCTCTGGAGGGTGTGTTCTCCCACAAGTTTGATTTCGAACTGCAGGATGTGTCCAGCGTGAATGAGGATG  1258

Query 1259  TCCTGCTGACAACTGGGCTCCTCTGTAAATATACAGCTCAAAGGTTCAAGCCAAAGTATAAATTCTTTCACAAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCTGCTGACAACTGGGCTCCTCTGTAAATATACAGCTCAAAGGTTCAAGCCAAAGTATAAATTCTTTCACAAG  1332

Query 1333  TCATTCCAGGAGTACACAGCAGGACGAAGACTCAGCAGTTTATTGACGTCTCATGAGCCAGAGGAGGTGACCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCATTCCAGGAGTACACAGCAGGACGAAGACTCAGCAGTTTATTGACGTCTCATGAGCCAGAGGAGGTGACCAA  1406

Query 1407  GGGGAATGGTTACTTGCAGAAAATGGTTTCCATTTCGGACATTACATCCACTTATAGCAGCCTGCTCCGGTACA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGGGAATGGTTACTTGCAGAAAATGGTTTCCATTTCGGACATTACATCCACTTATAGCAGCCTGCTCCGGTACA  1480

Query 1481  CCTGTGGGTCATCTGTGGAAGCCACCAGGGCTGTTATGAAGCACCTCGCAGCAGTGTATCAACACGGCTGCCTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCTGTGGGTCATCTGTGGAAGCCACCAGGGCTGTTATGAAGCACCTCGCAGCAGTGTATCAACACGGCTGCCTT  1554

Query 1555  CTCGGACTTTCCATCGCCAAGAGGCCTCTCTGGAGACAGGAATCTTTGCAAAGTGTGAAAAACACCACTGAGCA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CTCGGACTTTCCATCGCCAAGAGGCCTCTCTGGAGACAGGAATCTTTGCAAAGTGTGAAAAACACCACTGAGCA  1628

Query 1629  AGAAATTCTGAAAGCCATAAACATCAATTCCTTTGTAGAGTGTGGCATCCATTTATATCAAGAGAGTACATCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAAATTCTGAAAGCCATAAACATCAATTCCTTTGTAGAGTGTGGCATCCATTTATATCAAGAGAGTACATCCA  1702

Query 1703  AATCAGCCCTGAGCCAAGAATTTGAAGCTTTCTTTCAAGGTAAAAGCTTATATATCAACTCAGGGAACATCCCC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AATCAGCCCTGAGCCAAGAATTTGAAGCTTTCTTTCAAGGTAAAAGCTTATATATCAACTCAGGGAACATCCCC  1776

Query 1777  GATTACTTATTTGACTTCTTTGAACATTTGCCCAATTGTGCAAGTGCCCTGGACTTCATTAAACTGGACTTTTA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GATTACTTATTTGACTTCTTTGAACATTTGCCCAATTGTGCAAGTGCCCTGGACTTCATTAAACTGGACTTTTA  1850

Query 1851  TGGGGGAGCTATGGCTTCATGGGAAAAGGCTGCAGAAGACACAGGTGGAATCCACATGGAAGAGGCCCCAGAAA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TGGGGGAGCTATGGCTTCATGGGAAAAGGCTGCAGAAGACACAGGTGGAATCCACATGGAAGAGGCCCCAGAAA  1924

Query 1925  CCTACATTCCCAGCAGGGCTGTATCTTTGTTCTTCAACTGGAAGCAGGAATTCAGGACTCTGGAGGTCACACTC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CCTACATTCCCAGCAGGGCTGTATCTTTGTTCTTCAACTGGAAGCAGGAATTCAGGACTCTGGAGGTCACACTC  1998

Query 1999  CGGGATTTCAGCAAGTTGAATAAGCAAGATATCAGATATCTGGGGAAAATATTCAGCTCTGCCACAAGCCTCAG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CGGGATTTCAGCAAGTTGAATAAGCAAGATATCAGATATCTGGGGAAAATATTCAGCTCTGCCACAAGCCTCAG  2072

Query 2073  GCTGCAAATAAAGAGATGTGCTGGTGTGGCTGGAAGCCTCAGTTTGGTCCTCAGCACCTGTAAGAACATTTATT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GCTGCAAATAAAGAGATGTGCTGGTGTGGCTGGAAGCCTCAGTTTGGTCCTCAGCACCTGTAAGAACATTTATT  2146

Query 2147  CTCTCATGGTGGAAGCCAGTCCCCTCACCATAGAAGATGAGAGGCACATCACATCTGTAACAAACCTGAAAACC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CTCTCATGGTGGAAGCCAGTCCCCTCACCATAGAAGATGAGAGGCACATCACATCTGTAACAAACCTGAAAACC  2220

Query 2221  TTGAGTATTCATGACCTACAGAATCAACGGCTGCCGGGTGGTCTGACTGACAGCTTGGGTAACTTGAAGAACCT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTGAGTATTCATGACCTACAGAATCAACGGCTGCCGGGTGGTCTGACTGACAGCTTGGGTAACTTGAAGAACCT  2294

Query 2295  TACAAAGCTCATAATGGATAACATAAAGATGAATGAAGAAGATGCTATAAAACTAGCTGAAGGCCTGAAAAACC  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TACAAAGCTCATAATGGATAACATAAAGATGAATGAAGAAGATGCTATAAAACTAGCTGAAGGCCTGAAAAACC  2368

Query 2369  TGAAGAAGATGTGTTTATTTCATTTGACCCACTTGTCTGACATTGGAGAGGGAATGGATTACATAGTCAAGTCT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TGAAGAAGATGTGTTTATTTCATTTGACCCACTTGTCTGACATTGGAGAGGGAATGGATTACATAGTCAAGTCT  2442

Query 2443  CTGTCAAGTGAACCCTGTGACCTTGAAGAAATTCAATTAGTCTCCTGCTGCTTGTCTGCAAATGCAGTGAAAAT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CTGTCAAGTGAACCCTGTGACCTTGAAGAAATTCAATTAGTCTCCTGCTGCTTGTCTGCAAATGCAGTGAAAAT  2516

Query 2517  CCTAGCTCAGAATCTTCACAATTTGGTCAAACTGAGCATTCTTGATTTATCAGAAAATTACCTGGAAAAAGATG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CCTAGCTCAGAATCTTCACAATTTGGTCAAACTGAGCATTCTTGATTTATCAGAAAATTACCTGGAAAAAGATG  2590

Query 2591  GAAATGAAGCTCTTCATGAACTGATCGACAGGATGAACGTGCTAGAACAGCTCACCGCACTGATGCTGCCCTGG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GAAATGAAGCTCTTCATGAACTGATCGACAGGATGAACGTGCTAGAACAGCTCACCGCACTGATGCTGCCCTGG  2664

Query 2665  GGCTGTGACGTGCAAGGCAGCCTGAGCAGCCTGTTGAAACATTTGGAGGAGGTCCCACAACTCGTCAAGCTTGG  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GGCTGTGACGTGCAAGGCAGCCTGAGCAGCCTGTTGAAACATTTGGAGGAGGTCCCACAACTCGTCAAGCTTGG  2738

Query 2739  GTTGAAAAACTGGAGACTCACAGATACAGAGATTAGAATTTTAGGTGCATTTTTTGGAAAGAACCCTCTGAAAA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GTTGAAAAACTGGAGACTCACAGATACAGAGATTAGAATTTTAGGTGCATTTTTTGGAAAGAACCCTCTGAAAA  2812

Query 2813  ACTTCCAGCAGTTGAATTTGGCGGGAAATCGTGTGAGCAGTGATGGATGGCTTGCCTTCATGGGTGTATTTGAG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ACTTCCAGCAGTTGAATTTGGCGGGAAATCGTGTGAGCAGTGATGGATGGCTTGCCTTCATGGGTGTATTTGAG  2886

Query 2887  AATCTTAAGCAATTAGTGTTTTTTGACTTTAGTACTAAAGAATTTCTACCTGATCCAGCATTAGTCAGAAAACT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AATCTTAAGCAATTAGTGTTTTTTGACTTTAGTACTAAAGAATTTCTACCTGATCCAGCATTAGTCAGAAAACT  2960

Query 2961  TAGCCAAGTGTTATCCAAGTTAACTTTTCTGCAAGAAGCTAGGCTTGTTGGGTGGCAATTTGATGATGATGATC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TAGCCAAGTGTTATCCAAGTTAACTTTTCTGCAAGAAGCTAGGCTTGTTGGGTGGCAATTTGATGATGATGATC  3034

Query 3035  TCAGTGTTATTACAGGTGCTTTTAAACTAGTAACCGCT  3072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 3035  TCAGTGTTATTACAGGTGCTTTTAAACTAGTAACTGCT  3072