Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08776
• Subject: XR_001738872.1
• Aligned Length: 3338
• Identities: 2806
• Gaps: 531

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ACACTGTCCTCTCACAGAACAAGAAGGTATCTGGTCTACAAGAACTCGAGGCCTCACTGAAACGGAAAGCAAAT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  ACAAAGAAACTTTATTTTAAAAACATGTCTTGGTCTCCCAAGAAGAGGGCAATTGGATTGCTCAGCCAGAATGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AGAGTAGTTTTACAGAAAAAAGAGGACAATATTGGGATCACCTTTGACCTTTCCATTTGGAAATAATATTTTCT  222

Query    1  ---------------------------------------ATGAATTTCATAAAGGACAATGGCCGAGCCCTTAT  35
                                                   |||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  223  ATTGTGTTATAGAAAGGTGGGAAGCTTTCATCCAGAACAATGAATTTCATAAAGGACAATAGCCGAGCCCTTAT  296

Query   36  TCAAAGAATGGGAATGACTGTTATAAAGCAAATCACAGATGACCTATTTGTATGGAATGTTCTGAATCGCGAAG  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCAAAGAATGGGAATGACTGTTATAAAGCAAATCACAGATGACCTATTTGTATGGAATGTTCTGAATCGCGAAG  370

Query  110  AAGTAAACATCATTTGCTGCGAGAAGGTGGAGCAGGATGCTGCTAGAGGGATCATTCACATGATTTTGAAAAAG  183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGTAAACATCATTTGCTGCGAGAAGGTGGAGCAGGATGCTGCTAGAGGGATCATTCACATGATTTTGAAAAAG  444

Query  184  GGTTCAGAGTCCTGTAACCTCTTTCTTAAATCCCTTAAGGAGTGGAACTATCCTCTATTTCAGGACTTGAATGG  257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGTTCAGAGTCCTGTAACCTCTTTCTTAAATCCCTTAAGGAGTGGAACTATCCTCTATTTCAGGACTTGAATGG  518

Query  258  ACAAAGTCTTTTTCATCAGACATCAGAAGGAGACTTGGACGATTTGGCTCAGGATTTAAAGGACTTGTACCATA  331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACAAAGTCTTTTTCATCAGACATCAGAAGGAGACTTGGACGATTTGGCTCAGGATTTAAAGGACTTGTACCATA  592

Query  332  CCCCATCTTTTCTGAACTTTTATCCCCTTGGTGAAGATATTGACATTATTTTTAACTTGAAAAGCACCTTCACA  405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCCATCTTTTCTGAACTTTTATCCCCTTGGTGAAGATATTGACATTATTTTTAACTTGAAAAGCACCTTCACA  666

Query  406  GAACCTGTCCTGTGGAGGAAGGACCAACACCATCACCGCGTGGAGCAGCTGACCCTGAATGGCCTCCTGCAGGC  479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAACCTGTCCTGTGGAGGAAGGACCAACACCATCACCGCGTGGAGCAGCTGACCCTGAATGGCCTCCTGCAGGC  740

Query  480  TCTTCAGAGCCCCTGCATCATTGAAGGGGAATCTGGCAAAGGCAAGTCCACTCTGCTGCAGCGAATTGCCATGC  553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TCTTCAGAGCCCCTGCATCATTGAAGGGGAATCTGGCAAAGGCAAGTCCACTCTGCTGCAGCGAATTGCCATGC  814

Query  554  TCTGGGGCTCCGGAAAGTGCAAGGCTCTGACCAAGTTCAAATTCGTCTTCTTCCTCCGTCTCAGCAGGGCCCAG  627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCTGGGGCTCCGGAAAGTGCAAGGCTCTGACCAAGTTCAAATTCGTCTTCTTCCTCCGTCTCAGCAGGGCCCAG  888

Query  628  GGTGGACTTTTTGAAACCCTCTGTGATCAACTCCTGGATATACCTGGCACAATCAGGAAGCAGACATTCATGGC  701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGTGGACTTTTTGAAACCCTCTGTGATCAACTCCTGGATATACCTGGCACAATCAGGAAGCAGACATTCATGGC  962

Query  702  CATGCTGCTGAAGCTGCGGCAGAGGGTTCTTTTCCTTCTTGATGGCTACAATGAATTCAAGCCCCAGAACTGCC  775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CATGCTGCTGAAGCTGCGGCAGAGGGTTCTTTTCCTTCTTGATGGCTACAATGAATTCAAGCCCCAGAACTGCC  1036

Query  776  CAGAAATCGAAGCCCTGATAAAGGAAAACCACCGCTTCAAGAACATGGTCATCGTCACCACTACCACTGAGTGC  849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAGAAATCGAAGCCCTGATAAAGGAAAACCACCGCTTCAAGAACATGGTCATCGTCACCACTACCACTGAGTGC  1110

Query  850  CTGAGGCACATACGGCAGTTTGGTGCCCTGACTGCTGAGGTGGGGGATATGACAGAAGACAGCGCCCAGGCTCT  923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTGAGGCACATACGGCAGTTTGGTGCCCTGACTGCTGAGGTGGGGGATATGACAGAAGACAGCGCCCAGGCTCT  1184

Query  924  CATCCGAGAAGTGCTGATCAAGGAGCTTGCTGAAGGCTTGTTGCTCCAAATTCAGAAATCCAGGTGCTTGAGGA  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATCCGAGAAGTGCTGATCAAGGAGCTTGCTGAAGGCTTGTTGCTCCAAATTCAGAAATCCAGGTGCTTGAGGA  1258

Query  998  ATCTCATGAAGACCCCTCTCTTTGTGGTCATCACTTGTGCAATCCAGATGGGTGAAAGTGAGTTCCACTCTCAC  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATCTCATGAAGACCCCTCTCTTTGTGGTCATCACTTGTGCAATCCAGATGGGTGAAAGTGAGTTCCACTCTCAC  1332

Query 1072  ACACAAACAACGCTGTTCCATACCTTCTATGATCTGTTGATACAGAAAAACAAACACAAACATAAAGGTGTGGC  1145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACACAAACAACGCTGTTCCATACCTTCTATGATCTGTTGATACAGAAAAACAAACACAAACATAAAGGTGTGGC  1406

Query 1146  TGCAAGTGACTTCATTCGGAGCCTGGACCACTGTGGAGACCTAGCTCTGGAGGGTGTGTTCTCCCACAAGTTTG  1219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCAAGTGACTTCATTCGGAGCCTGGACCACTGTGGAGACCTAGCTCTGGAGGGTGTGTTCTCCCACAAGTTTG  1480

Query 1220  ATTTCGAACTGCAGGATGTGTCCAGCGTGAATGAGGATGTCCTGCTGACAACTGGGCTCCTCTGTAAATATACA  1293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATTTCGAACTGCAGGATGTGTCCAGCGTGAATGAGGATGTCCTGCTGACAACTGGGCTCCTCTGTAAATATACA  1554

Query 1294  GCTCAAAGGTTCAAGCCAAAGTATAAATTCTTTCACAAGTCATTCCAGGAGTACACAGCAGGACGAAGACTCAG  1367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCTCAAAGGTTCAAGCCAAAGTATAAATTCTTTCACAAGTCATTCCAGGAGTACACAGCAGGACGAAGACTCAG  1628

Query 1368  CAGTTTATTGACGTCTCATGAGCCAGAGGAGGTGACCAAGGGGAATGGTTACTTGCAGAAAATGGTTTCCATTT  1441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CAGTTTATTGACGTCTCATGAGCCAGAGGAGGTGACCAAGGGGAATGGTTACTTGCAGAAAATGGTTTCCATTT  1702

Query 1442  CGGACATTACATCCACTTATAGCAGCCTGCTCCGGTACACCTGTGGGTCATCTGTGGAAGCCACCAGGGCTGTT  1515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CGGACATTACATCCACTTATAGCAGCCTGCTCCGGTACACCTGTGGGTCATCTGTGGAAGCCACCAGGGCTGTT  1776

Query 1516  ATGAAGCACCTCGCAGCAGTGTATCAACACGGCTGCCTTCTCGGACTTTCCATCGCCAAGAGGCCTCTCTGGAG  1589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ATGAAGCACCTCGCAGCAGTGTATCAACACGGCTGCCTTCTCGGACTTTCCATCGCCAAGAGGCCTCTCTGGAG  1850

Query 1590  ACAGGAATCTTTGCAAAGTGTGAAAAACACCACTGAGCAAGAAATTCTGAAAGCCATAAACATCAATTCCTTTG  1663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACAGGAATCTTTGCAAAGTGTGAAAAACACCACTGAGCAAGAAATTCTGAAAGCCATAAACATCAATTCCTTTG  1924

Query 1664  TAGAGTGTGGCATCCATTTATATCAAGAGAGTACATCCAAATCAGCCCTGAGCCAAGAATTTGAAGCTTTCTTT  1737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TAGAGTGTGGCATCCATTTATATCAAGAGAGTACATCCAAATCAGCCCTGAGCCAAGAATTTGAAGCTTTCTTT  1998

Query 1738  CAAGGTAAAAGCTTATATATCAACTCAGGGAACATCCCCGATTACTTATTTGACTTCTTTGAACATTTGCCCAA  1811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CAAGGTAAAAGCTTATATATCAACTCAGGGAACATCCCCGATTACTTATTTGACTTCTTTGAACATTTGCCCAA  2072

Query 1812  TTGTGCAAGTGCCCTGGACTTCATTAAACTGGACTTTTATGGGGGAGCTATGGCTTCATGGGAAAAGGCTGCAG  1885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTGTGCAAGTGCCCTGGACTTCATTAAACTGGACTTTTATGGGGGAGCTATGGCTTCATGGGAAAAGGCTGCAG  2146

Query 1886  AAGACACAGGTGGAATCCACATGGAAGAGGCCCCAGAAACCTACATTCCCAGCAGGGCTGTATCTTTGTTCTTC  1959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AAGACACAGGTGGAATCCACATGGAAGAGGCCCCAGAAACCTACATTCCCAGCAGGGCTGTATCTTTGTTCTTC  2220

Query 1960  AACTGGAAGCAGGAATTCAGGACTCTGGAGGTCACACTCCGGGATTTCAGCAAGTTGAATAAGCAAGATATCAG  2033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AACTGGAAGCAGGAATTCAGGACTCTGGAGGTCACACTCCGGGATTTCAGCAAGTTGAATAAGCAAGATATCAG  2294

Query 2034  ATATCTGGGGAAAATATTCAGCTCTGCCACAAGCCTCAGGCTGCAAATAAAGAGATGTGCTGGTGTGGCTGGAA  2107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ATATCTGGGGAAAATATTCAGCTCTGCCACAAGCCTCAGGCTGCAAATAAAGAGATGTGCTGGTGTGGCTGGAA  2368

Query 2108  GCCTCAGTTTGGTCCTCAGCACCTGTAAGAACATTTATTCTCTCATGGTGGAAGCCAGTCCCCTCACCATAGAA  2181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GCCTCAGTTTGGTCCTCAGCACCTGTAAGAACATTTATTCTCTCATGGTGGAAGCCAGTCCCCTCACCATAGAA  2442

Query 2182  GATGAGAGGCACATCACATCTGTAACAAACCTGAAAACCTTGAGTATTCATGACCTACAGAATCAACGGCTGCC  2255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GATGAGAGGCACATCACATCTGTAACAAACCTGAAAACCTTGAGTATTCATGACCTACAGAATCAACGGCTGCC  2516

Query 2256  GG-----GTGGTCTGACTGACAGCTTGGGTAACTTGAAGAACCTTACAAAGCTCATAATGGATAACATAAAGAT  2324
            ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GGGTATTGTGGTCTGACTGACAGCTTGGGTAACTTGAAGAACCTTACAAAGCTCATAATGGATAACATAAAGAT  2590

Query 2325  GAATGAAGAAGATGCTATAAAACTAGCTGAAGGCCTGAAAAACCTGAAGAAGATGTGTTTATTTCATTTGACCC  2398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GAATGAAGAAGATGCTATAAAACTAGCTGAAGGCCTGAAAAACCTGAAGAAGATGTGTTTATTTCATTTGACCC  2664

Query 2399  ACTTGTCTGACATTGGAGAGGGAATGGATTACATAGTCAAGTCTCTGTCAAGTGAACCCTGTGACCTTGAAGAA  2472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  ACTTGTCTGACATTGGAGAGGGAATGGATTACATAGTCAAGTCTCTGTCAAGTGAACCCTGTGACCTTGAAGAA  2738

Query 2473  ATTCAATTAGTCTCCTGCTGCTTGTCTGCAAATGCAGTGAAAATCCTAGCTCAGAATCTTCACAATTTGGTCAA  2546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ATTCAATTAGTCTCCTGCTGCTTGTCTGCAAATGCAGTGAAAATCCTAGCTCAGAATCTTCACAATTTGGTCAA  2812

Query 2547  ACTGAGCATTCTTGATTTATCAGAAAATTACCTGGAAAAAGATGGAAATGAAGCTCTTCATGAACTGATCGACA  2620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ACTGAGCATTCTTGATTTATCAGAAAATTACCTGGAAAAAGATGGAAATGAAGCTCTTCATGAACTGATCGACA  2886

Query 2621  GGATGAACGTGCTAGAACAGCTCACCGCACTGATGCTGCCCTGGGGCTGTGACGTGCAAGGCAGCCTGAGCAGC  2694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GGATGAACGTGCTAGAACAGCTCACCGCACTGATGCTGCCCTGGGGCTGTGACGTGCAAGGCAGCCTGAGCAGC  2960

Query 2695  CTGTTGAAACATTTGGAGGAGGTCCCACAACTCGTCAAGCTTGGGTTGAAAAACTGGAGACTCACAGATACAGA  2768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  CTGTTGAAACATTTGGAGGAGGTCCCACAACTCGTCAAGCTTGGGTTGAAAAACTGGAGACTCACAGATACAGA  3034

Query 2769  GATTAGAATTTTAGGTGCATTTTTTGGAAAGAACCCTCTGAAAAACTTCCAGCAGTTGAATTTGGCGGGAAATC  2842
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                   
Sbjct 3035  GATTAGAATTTTAGGTGCATTTTTTGGAAAGAACCCTCT-----------------------------------  3073

Query 2843  GTGTGAGCAGTGATGGATGGCTTGCCTTCATGGGTGTATTTGAGAATCTTAAGCAATTAGTGTTTTTTGACTTT  2916
                                                                                      
Sbjct 3074  --------------------------------------------------------------------------  3073

Query 2917  AGTACTAAAGAATTTCTACCTGATCCAGCATTAGTCAGAAAACTTAGCCAAGTGTTATCCAAGTTAACTTTTCT  2990
                                                                                      
Sbjct 3074  --------------------------------------------------------------------------  3073

Query 2991  GCAAGAAGCTAGGCTTGTTGGGTGGCAATTTGATGATGATGATCTCAGTGTTATTACAGGTGCTTTTAAACTAG  3064
                                                                                      
Sbjct 3074  --------------------------------------------------------------------------  3073

Query 3065  TAACCGCT  3072
                    
Sbjct 3074  --------  3073