Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_09106
Subject:
NM_001286777.2
Aligned Length:
1500
Identities:
942
Gaps:
558

Alignment

Query    1  ATGAAGTGTACCGCTCGGGAGTGGCTCAGAGTAACCACAGTGCTGTTCATGGCTAGAGCAATTCCAGCCATGGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGTTCCCAATGCCACTTTATTGGAGAAACTTTTGGAAAAATACATGGATGAGGATGGTGAGTGGTGGATAGCCA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACAACGAGGGAAAAGGGCCATCACAGACAATGACATGCAGAGTATTTTGGACCTTCATAATAAATTACGAAGT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CAGGTGTATCCAACAGCCTCTAATATGGAGTATATGACATGGGATGTAGAGCTGGAAAGATCTGCAGAATCCTG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GGCTGAAAGTTGCTTGTGGGAACATGGACCTGCAAGCTTGCTTCCATCAATTGGACAGAATTTGGGAGCACACT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GGGGAAGATATAGGCCCCCGACGTTTCATGTACAATCGTGGTATGATGAAGTGAAAGACTTTAGCTACCCATAT  444
                                                                                    ||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2

Query  445  GAACATGAATGCAACCCATATTGTCCATTCAGGTGTTCTGGCCCTGTATGTACACATTATACACAGGTCGTGTG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct    3  GAACATGAATGCAACCCATATTGTCCATTCAGGTGTTCTGGCCCTGTATGTACACATTATACACAG--------  68

Query  519  GGCAACTAGTAACAGAATCGGTTGTGCCATTAATTTGTGTCATAACATGAACATCTGGGGGCAGATATGGCCCA  592
                                                                                      
Sbjct   69  --------------------------------------------------------------------------  68

Query  593  AAGCTGTCTACCTGGTGTGCAATTACTCCCCAAAGGGAAACTGGTGGGGCCATGCCCCTTACAAACATGGGCGG  666
                                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   69  ----------------------------------GGGAAACTGGTGGGGCCATGCCCCTTACAAACATGGGCGG  108

Query  667  CCCTGTTCTGCTTGCCCACCTAGTTTTGGAGGGGGCTGTAGAGAAAATCTGTGCTACAAAGAAGGGTCAGACAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  109  CCCTGTTCTGCTTGCCCACCTAGTTTTGGAGGGGGCTGTAGAGAAAATCTGTGCTACAAAGAAGGGTCAGACAG  182

Query  741  GTATTATCCCCCTCGAGAAGAGGAAACAAATGAAATAGAACGACAGCAGTCACAAGTCCATGACACCCATGTCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  183  GTATTATCCCCCTCGAGAAGAGGAAACAAATGAAATAGAACGACAGCAGTCACAAGTCCATGACACCCATGTCC  256

Query  815  GGACAAGATCAGATGATAGTAGCAGAAATGAAGTCATAAGCGCACAGCAAATGTCCCAAATTGTTTCTTGTGAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  257  GGACAAGATCAGATGATAGTAGCAGAAATGAAGTCATAAGCGCACAGCAAATGTCCCAAATTGTTTCTTGTGAA  330

Query  889  GTAAGATTAAGAGATCAGTGCAAAGGAACAACCTGCAATAGGTACGAATGTCCTGCTGGCTGTTTGGATAGTAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  331  GTAAGATTAAGAGATCAGTGCAAAGGAACAACCTGCAATAGGTACGAATGTCCTGCTGGCTGTTTGGATAGTAA  404

Query  963  AGCTAAAGTTATTGGCAGTGTACATTATGAAATGCAATCCAGCATCTGTAGAGCTGCAATTCATTATGGTATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  405  AGCTAAAGTTATTGGCAGTGTACATTATGAAATGCAATCCAGCATCTGTAGAGCTGCAATTCATTATGGTATAA  478

Query 1037  TAGACAATGATGGTGGCTGGGTAGATATCACTAGACAAGGAAGAAAGCATTATTTCATCAAGTCCAATAGAAAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  479  TAGACAATGATGGTGGCTGGGTAGATATCACTAGACAAGGAAGAAAGCATTATTTCATCAAGTCCAATAGAAAT  552

Query 1111  GGTATTCAAACAATTGGCAAATATCAGTCTGCTAATTCCTTCACAGTCTCTAAAGTAACAGTTCAGGCTGTGAC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  553  GGTATTCAAACAATTGGCAAATATCAGTCTGCTAATTCCTTCACAGTCTCTAAAGTAACAGTTCAGGCTGTGAC  626

Query 1185  TTGTGAAACAACTGTGGAACAGCTCTGTCCATTTCATAAGCCTGCTTCACATTGCCCAAGAGTATACTGTCCTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  627  TTGTGAAACAACTGTGGAACAGCTCTGTCCATTTCATAAGCCTGCTTCACATTGCCCAAGAGTATACTGTCCTC  700

Query 1259  GTAACTGTATGCAAGCAAATCCACATTATGCTCGTGTAATTGGAACTCGAGTTTATTCTGATCTGTCCAGTATC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  701  GTAACTGTATGCAAGCAAATCCACATTATGCTCGTGTAATTGGAACTCGAGTTTATTCTGATCTGTCCAGTATC  774

Query 1333  TGCAGAGCAGCAGTACATGCTGGAGTGGTTCGAAATCACGGTGGTTATGTTGATGTAATGCCTGTGGACAAAAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  775  TGCAGAGCAGCAGTACATGCTGGAGTGGTTCGAAATCACGGTGGTTATGTTGATGTAATGCCTGTGGACAAAAG  848

Query 1407  AAAGACCTACATTGCTTCTTTTCAGAATGGAATCTTCTCAGAAAGTTTACAGAATCCTCCAGGAGGAAAGGCAT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  849  AAAGACCTACATTGCTTCTTTTCAGAATGGAATCTTCTCAGAAAGTTTACAGAATCCTCCAGGAGGAAAGGCAT  922

Query 1481  TCAGAGTGTTTGCTGTTGTG  1500
            ||||||||||||||||||||
Sbjct  923  TCAGAGTGTTTGCTGTTGTG  942