Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09120
• Subject: NM_001193451.2
• Aligned Length: 2646
• Identities: 2320
• Gaps: 324

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGTGGTGACCACCTCTGCCCGAGGCGGCGGCGGGGACCGCACACCCTCCCGGCGGCGGGGCTGCGGGCTAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCCGGCCGGGGCCGCGGCGCTGCTGGCCGGGGCAAGCTGCCTGTGCTACGGCCGCTCCCTGCAGGGCGAGTTCG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TGCACGACGACGTGTGGGCGATCGTGAACAACCCCGACGTGCGGCCCGGCGCCCCGCTCCGCTGGGGCATCTTC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  ACCAACGACTTCTGGGGCAAGGGCATGGCCGAGAACACCAGCCACAAGTCCTACCGGCCGCTCTGCGTCCTCAC  296

Query    1  ----------------------------ATGAACCCATTCTACTTTCATGCAGTAAATATAATTTTACACTGCT  46
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTTCAAGCTAAACATATTTTTGACTGGTATGAACCCATTCTACTTTCATGCAGTAAATATAATTTTACACTGCT  370

Query   47  TAGTGACTCTTGTGCTGATGTACACCTGTGATAAAACTGTCTTCAAGAATCGTGGACTTGCTTTTGTAACGGCA  120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAGTGACTCTTGTGCTGATGTACACCTGTGATAAAACTGTCTTCAAGAATCGTGGACTTGCTTTTGTAACGGCA  444

Query  121  TTGCTTTTTGCTGTACATCCTATTCATACTGAGGCGGTGGCTGGGATCGTTGGCAGAGCGGACGTGTTAGCGTG  194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTGCTTTTTGCTGTACATCCTATTCATACTGAGGCGGTGGCTGGGATCGTTGGCAGAGCGGACGTGTTAGCGTG  518

Query  195  TCTGCTGTTTCTATTGGCCTTTCTCTCGTACAACAGGAGTCTGGATCAGGGCTGTGTTGGGGGAAGTTTCCCTT  268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCTGCTGTTTCTATTGGCCTTTCTCTCGTACAACAGGAGTCTGGATCAGGGCTGTGTTGGGGGAAGTTTCCCTT  592

Query  269  CCACGGTGTCTCCCTTCTTCTTGCTGCTCAGTTTGTTTCTGGGGACCTGTGCGATGCTGGTGAAAGAGACAGGC  342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCACGGTGTCTCCCTTCTTCTTGCTGCTCAGTTTGTTTCTGGGGACCTGTGCGATGCTGGTGAAAGAGACAGGC  666

Query  343  ATCACGGTGTTTGGAGTGTGCTTGGTTTATGACCTCTTTTCCCTTTCCAACAAGCAAGACAAGTCGAGCAATGG  416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATCACGGTGTTTGGAGTGTGCTTGGTTTATGACCTCTTTTCCCTTTCCAACAAGCAAGACAAGTCGAGCAATGG  740

Query  417  GGCCCTCTGTCCACGCAGCCCACAGCAGCCCGGGAGCCCCCAGCCCTCCTCACTGCCAGGCCATCCTCACCGGG  490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGCCCTCTGTCCACGCAGCCCACAGCAGCCCGGGAGCCCCCAGCCCTCCTCACTGCCAGGCCATCCTCACCGGG  814

Query  491  AGAATGGGAAGCAGCAGCGGTTCCCTCACAAAGGAGCTTGGGGTGGCTGCCACTCTCCACTGCCACCAGAACCC  564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGAATGGGAAGCAGCAGCGGTTCCCTCACAAAGGAGCTTGGGGTGGCTGCCACTCTCCACTGCCACCAGAACCC  888

Query  565  AAGAGCAGTGGATTCCCAGTGTCCCCACGAGCTGTGTGGTCCATGATGAGATTCCTCACCTATTCCTACCTCTT  638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGAGCAGTGGATTCCCAGTGTCCCCACGAGCTGTGTGGTCCATGATGAGATTCCTCACCTATTCCTACCTCTT  962

Query  639  GGCCTTCAATGTGTGGCTTCTGCTTGCACCCGTGACCCTGTGCTATGACTGGCAGGTCGGCAGTATTCCTCTGG  712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGCCTTCAATGTGTGGCTTCTGCTTGCACCCGTGACCCTGTGCTATGACTGGCAGGTCGGCAGTATTCCTCTGG  1036

Query  713  TAGAGACCATATGGGACATGCGGAACTTAGCCACCATCTTTCTGGCGGTTGTGATGGCCTTATTGAGCCTGCAC  786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TAGAGACCATATGGGACATGCGGAACTTAGCCACCATCTTTCTGGCGGTTGTGATGGCCTTATTGAGCCTGCAC  1110

Query  787  TGCTTAGCAGCCTTTAAGAGACTGGAGCACAAGGAGGTTTTAGTCGGCTTGTTGTTCCTGGTGTTCCCGTTCAT  860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TGCTTAGCAGCCTTTAAGAGACTGGAGCACAAGGAGGTTTTAGTCGGCTTGTTGTTCCTGGTGTTCCCGTTCAT  1184

Query  861  TCCAGCCAGCAACCTCTTCTTCAGGGTGGGTTTTGTGGTGGCGGAGAGAGTCCTTTACATGCCTAGCATGGGCT  934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCCAGCCAGCAACCTCTTCTTCAGGGTGGGTTTTGTGGTGGCGGAGAGAGTCCTTTACATGCCTAGCATGGGCT  1258

Query  935  ACTGCATCCTTTTTGTGCACGGACTGAGCAAGCTCTGCACTTGGCTGAATCGATGTGGGGCCACCACCCTGATT  1008
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTGCATCCTTTTTGTGCATGGACTGAGCAAGCTCTGCACTTGGCTGAATCGATGTGGGGCCACCACCCTGATT  1332

Query 1009  GTGTCCACTGTGTTGCTGCTGTTGCTTTTCTCTTGGAAAACTGTGAAACAGAATGAAATTTGGCTGTCAAGAGA  1082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTGTCCACTGTGTTGCTGCTGTTGCTTTTCTCTTGGAAAACTGTGAAACAGAATGAAATTTGGCTGTCAAGAGA  1406

Query 1083  GTCCCTATTCAGGTCTGGAGTTCAAACTCTGCCCCACAATGCCAAGGTTCACTACAACTATGCCAATTTCCTGA  1156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTCCCTATTCAGGTCTGGAGTTCAAACTCTGCCCCACAATGCCAAGGTTCACTACAACTATGCCAATTTCCTGA  1480

Query 1157  AGGACCAAGGTCGGAACAAGGAAGCGATCTACCACTACAGAACAGCTCTCAAGTTGTATCCACGCCATGCAAGT  1230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGGACCAAGGTCGGAACAAGGAAGCGATCTACCACTACAGAACAGCTCTCAAGTTGTATCCACGCCATGCAAGT  1554

Query 1231  GCGCTCAACAACCTTGGAACACTGACGAGAGACACAGCAGAGGCAAAGATGTACTATCAGAGGGCTCTCCAGCT  1304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCGCTCAACAACCTTGGAACACTGACGAGAGACACAGCAGAGGCAAAGATGTACTATCAGAGGGCTCTCCAGCT  1628

Query 1305  CCATCCACAGCATAACCGGGCTCTTTTCAATCTGGGGAATCTCCTCAAGTCCCAGGAGAAAAAGGAAGAAGCTA  1378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCATCCACAGCATAACCGGGCTCTTTTCAATCTGGGGAATCTCCTCAAGTCCCAGGAGAAAAAGGAAGAAGCTA  1702

Query 1379  TCACCTTACTGAAGGATTCCATCAAATATGGTCCAGAGTTTGCAGATGCATATTCAAGCTTAGCTTCGTTATTG  1452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TCACCTTACTGAAGGATTCCATCAAATATGGTCCAGAGTTTGCAGATGCATATTCAAGCTTAGCTTCGTTATTG  1776

Query 1453  GCTGAGCAGGAGCGGTTTAAAGAAGCTGAAGAAATATACCAAACTGGAATAAAGAACTGTCCAGACAGCTCAGA  1526
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCTGAGCAGGAGCGGTTTAAAGAAGCTGAAGAAATATACCAAACTGGAATAAAGAACTGTCCAGACAGCTCAGA  1850

Query 1527  TTTACACAACAACTATGGGGTTTTCTTAGTTGATACTGGCTTACCAGAAAAGGCAGTGGCCCATTACCAGCAGG  1600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTTACACAACAACTATGGGGTTTTCTTAGTTGATACTGGCTTACCAGAAAAGGCAGTGGCCCATTACCAGCAGG  1924

Query 1601  CCATCAAACTTAGCCCCAGTCATCACGTGGCCATGGTGAACTTGGGAAGACTCTACAGGTCACTGGGAGAGAAC  1674
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CCATCAAACTTAGCCCCAGTCATCACGTGGCCATGGTGAACTTGGGAAGACTCTACAGGTCACTGGGAGAGAAC  1998

Query 1675  AGCATGGCTGAAGAATGGTACAAGCGCGCCCTGCAGGTGGCACACAAAGCTGAGATATTGTCACCTTTGGGAGC  1748
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AGCATGGCTGAAGAATGGTACAAGCGCGCCCTGCAGGTGGCACACAAAGCTGAGATATTGTCACCTTTGGGAGC  2072

Query 1749  ACTGTATTACAACACTGGCCGATACGAAGAGGCTTTGCAGATTTACCAGGAAGCTGCAGCACTTCAGCCTTCTC  1822
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ACTGTATTACAACACTGGCCGATACGAAGAGGCTTTGCAGATTTACCAGGAAGCTGCAGCACTTCAGCCTTCTC  2146

Query 1823  AGAGGGAGCTCCGCTTGGCACTGGCTCAGGTTTTGGCCGTGATGGGTCAGACAAAAGAAGCTGAAAAGATGACC  1896
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGAGGGAGCTCCGCTTGGCACTGGCTCAGGTTTTGGCCGTGATGGGTCAGACAAAAGAAGCTGAAAAGATGACC  2220

Query 1897  AATCACATTGTGTCAGAGGAGACCGGATGCCTTGAATGCTATCGCCTCTTGTCAGCCATCTATAGCAAGCAGGA  1970
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AATCACATTGTGTCAGAGGAGACCGGATGCCTTGAATGCTATCGCCTCTTGTCAGCCATCTATAGCAAGCAGGA  2294

Query 1971  GAACCACGACAAGGCACTTGATGCTATAGACAAGGCTCTCCAGCTGAAACCAAAGGACCCAAAAGTCATTTCTG  2044
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GAACCACGACAAGGCACTTGATGCTATAGACAAGGCTCTCCAGCTGAAACCAAAGGACCCAAAAGTCATTTCTG  2368

Query 2045  AACTTTTTTTCACAAAAGGAAACCAATTAAGAGAGCAGAACCTTCTCGACAAAGCTTTTGAGAGCTATAGATTG  2118
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2369  AACTTTTTTTCACAAAAGGAAACCAATTAAGAGAGCAGAACCTTCTCGACAAAGCTTTTGAGAGCTATAGAGTG  2442

Query 2119  GCTGTGCAACTAAACCCAGACCAAGCACAGGCCTGGATGAACATGGGTGGCATCCAACACATCAAGGGAAAATA  2192
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GCTGTGCAACTAAACCCAGACCAAGCACAGGCCTGGATGAACATGGGTGGCATCCAACACATCAAGGGAAAATA  2516

Query 2193  TGTGTCTGCAAGAGCTTATTATGAGAGAGCCTTACAGCTGGTTCCAGACAGCAAACTGCTGAAGGAAAATCTTG  2266
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TGTGTCTGCAAGAGCTTATTATGAGAGAGCCTTACAGCTGGTTCCAGACAGCAAACTGCTGAAGGAAAATCTTG  2590

Query 2267  CCAAATTGGATCGCCTAGAAAAACGATTACAAGAAGTTCGAGAAAAGGATCAAACA  2322
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CCAAATTGGATCGCCTAGAAAAACGATTACAAGAAGTTCGAGAAAAGGATCAAACA  2646