Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09195
• Subject: NM_001281522.1
• Aligned Length: 2520
• Identities: 2379
• Gaps: 141

Alignment

Query    1  ATGAATGGAGAGTATAGAGGCAGAGGATTTGGACGAGGAAGATTTCAAAGCTGGAAAAGGGGAAGAGGTGGTGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAATGGAGAGTATAGAGGCAGAGGATTTGGACGAGGAAGATTTCAAAGCTGGAAAAGGGGAAGAGGTGGTGG  74

Query   75  GAACTTCTCAGGAAAATGGAGAGAAAGAGAACACAGACCTGATCTGAGTAAAACCACAGGAAAACGTACTTCTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GAACTTCTCAGGAAAATGGAGAGAAAGAGAACACAGACCTGATCTGAGTAAAACCACAGGAAAACGTACTTCTG  148

Query  149  AACAAACCCCACAGTTTTTGCTTTCAACAAAGACCCCACAGTCAATGCAGTCAACATTGGATCGATTCATACCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACAAACCCCACAGTTTTTGCTTTCAACAAAGACCCCACAGTCAATGCAGTCAACATTGGATCGATTCATACCA  222

Query  223  TATAAAGGCTGGAAGCTTTATTTCTCTGAAGTTTACAGCGATAGCTCTCCTTTGATTGAGAAGATTCAAGCATT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TATAAAGGCTGGAAGCTTTATTTCTCTGAAGTTTACAGCGATAGCTCTCCTTTGATTGAGAAGATTCAAGCATT  296

Query  297  TGAAAAATTTTTCACAAGGCATATTGATTTGTATGACAAGGATGAAATAGAAAGAAAGGGAAGTATTTTGGTAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGAAAAATTTTTCACAAGGCATATTGATTTGTATGACAAGGATGAAATAGAAAGAAAGGGAAGTATTTTGGTAG  370

Query  371  ATTTTAAAGAACTGACAGAAGGTGGTGAAGTAACTAACTTGATACCAGATATAGCAACTGAACTAAGAGATGCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTTAAAGAACTGACAGAAGGTGGTGAAGTAACTAACTTGATACCAGATATAGCAACTGAACTAAGAGATGCA  444

Query  445  CCTGAGAAAACCTTGGCTTGCATGGGTTTGGCAATACATCAGGTGTTAACTAAGGACCTTGAAAGGCATGCAGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CCTGAGAAAACCTTGGCTTGCATGGGTTTGGCAATACATCAGGTGTTAACTAAGGACCTTGAAAGGCATGCAGC  518

Query  519  TGAGTTACAAGCCCAGGAAGGATTGTCTAATGATGGAGAAACAATGGTAAATGTGCCACATATTCATGCAAGGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAGTTACAAGCCCAGGAAGGATTGTCTAATGATGGAGAAACAATGGTAAATGTGCCACATATTCATGCAAGGG  592

Query  593  TGTACAACTATGAGCCTTTGACACAGCTCAAGAATGTCAGAGCAAATTACTATGGAAAATACATTGCTCTAAGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGTACAACTATGAGCCTTTGACACAGCTCAAGAATGTCAGAGCAAATTACTATGGAAAATACATTGCTCTAAGA  666

Query  667  GGGACAGTGGTTCGTGTCAGTAATATAAAGCCTCTTTGCACCAAGATGGCTTTTCTTTGTGCTGCATGTGGAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGGACAGTGGTTCGTGTCAGTAATATAAAGCCTCTTTGCACCAAGATGGCTTTTCTTTGTGCTGCATGTGGAGA  740

Query  741  AATTCAGAGCTTTCCTCTTCCAGATGGAAAATACAGTCTTCCCACAAAGTGTCCTGTGCCTGTGTGTCGAGGCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATTCAGAGCTTTCCTCTTCCAGATGGAAAATACAGTCTTCCCACAAAGTGTCCTGTGCCTGTGTGTCGAGGCA  814

Query  815  GGTCATTTACTGCTCTCCGCAGCTCTCCTCTCACAGTTACGATGGACTGGCAGTCAATCAAAATCCAGGAATTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGTCATTTACTGCTCTCCGCAGCTCTCCTCTCACAGTTACGATGGACTGGCAGTCAATCAAAATCCAGGAATTG  888

Query  889  ATGTCTGATGATCAGAGAGAAGCAGGTCGGATTCCACGAACAATAGAATGTGAGCTTGTTCATGATCTTGTGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATGTCTGATGATCAGAGAGAAGCAGGTCGGATTCCACGAACAATAGAATGTGAGCTTGTTCATGATCTTGTGGA  962

Query  963  TAGCTGTGTCCCGGGAGACACAGTGACTATTACTGGAATTGTCAAAGTCTCAAATGCGGAAGAAGGTTCTCGAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TAGCTGTGTCCCGGGAGACACAGTGACTATTACTGGAATTGTCAAAGTCTCAAATGCGGAAGAAGGTTCTCGAA  1036

Query 1037  ATAAGAATGACAAGTGTATGTTCCTTTTGTATATTGAAGCAAATTCTATTAGTAATAGCAAAGGACAGAAAACA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATAAGAATGACAAGTGTATGTTCCTTTTGTATATTGAAGCAAATTCTATTAGTAATAGCAAAGGACAGAAAACA  1110

Query 1111  AAGAGTTCTGAGGATGGGTGTAAGCATGGAATGTTGATGGAGTTCTCACTTAAAGACCTTTATGCCATCCAAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGAGTTCTGAGGATGGGTGTAAGCATGGAATGTTGATGGAGTTCTCACTTAAAGACCTTTATGCCATCCAAGA  1184

Query 1185  GATTCAAGCTGAAGAAAACCTGTTTAAACTCATTGTCAACTCGCTTTGCCCTGTCATTTTTGGTCATGAACTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
Sbjct 1185  GATTCAAGCTGAAGAAAACCTGTTTAAACTCATTGTCAACTCGCTTTGCCCTGTCATTTTTGGTCATGAA----  1254

Query 1259  TTAAAGCAGGTTTGGCATTAGCACTCTTTGGAGGAAGCCAGAAATACGCAGATGACAAAAACAGAATTCCAATT  1332
                                                                                      
Sbjct 1255  --------------------------------------------------------------------------  1254

Query 1333  CGGGGAGACCCCCACATCCTTGTTGTTGGAGATCCAGGCTTAGGAAAAAGTCAAATGCTACAGGCAGCGTGCAA  1406
                                                                           |||||||||||
Sbjct 1255  ---------------------------------------------------------------GCAGCGTGCAA  1265

Query 1407  TGTTGCCCCACGTGGCGTGTATGTTTGTGGTAACACCACGACCACCTCTGGTCTGACGGTAACTCTTTCAAAAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266  TGTTGCCCCACGTGGCGTGTATGTTTGTGGTAACACCACGACCACCTCTGGTCTGACGGTAACTCTTTCAAAAG  1339

Query 1481  ATAGTTCCTCTGGAGATTTTGCTTTGGAAGCTGGTGCCCTGGTACTTGGTGATCAAGGTATTTGTGGAATCGAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340  ATAGTTCCTCTGGAGATTTTGCTTTGGAAGCTGGTGCCCTGGTACTTGGTGATCAAGGTATTTGTGGAATCGAT  1413

Query 1555  GAATTTGATAAGATGGGGAATCAACATCAAGCCTTGTTGGAAGCCATGGAGCAGCAAAGTATTAGTCTTGCTAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414  GAATTTGATAAGATGGGGAATCAACATCAAGCCTTGTTGGAAGCCATGGAGCAGCAAAGTATTAGTCTTGCTAA  1487

Query 1629  GGCTGGTGTGGTTTGTAGCCTTCCTGCAAGAACTTCCATTATTGCTGCTGCAAATCCAGTTGGAGGACATTACA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488  GGCTGGTGTGGTTTGTAGCCTTCCTGCAAGAACTTCCATTATTGCTGCTGCAAATCCAGTTGGAGGACATTACA  1561

Query 1703  ATAAAGCCAAAACAGTTTCTGAGAATTTAAAAATGGGGAGTGCACTACTATCCAGATTTGATTTGGTCTTTATC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562  ATAAAGCCAAAACAGTTTCTGAGAATTTAAAAATGGGGAGTGCACTACTATCCAGATTTGATTTGGTCTTTATC  1635

Query 1777  CTGTTAGATACTCCAAATGAGCATCATGATCACTTACTCTCTGAACATGTGATTGCAATAAGAGCTGGAAAGCA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636  CTGTTAGATACTCCAAATGAGCATCATGATCACTTACTCTCTGAACATGTGATTGCAATAAGAGCTGGAAAGCA  1709

Query 1851  GAGAACCATTAGCAGTGCCACAGTAGCTCGTATGAATAGTCAAGATTCAAATACTTCCGTACTTGAAGTAGTTT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710  GAGAACCATTAGCAGTGCCACAGTAGCTCGTATGAATAGTCAAGATTCAAATACTTCCGTACTTGAAGTAGTTT  1783

Query 1925  CTGAGAAGCCATTATCAGAAAGACTAAAGGTGGTTCCTGGAGAAACAATAGATCCCATTCCCCACCAGCTATTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784  CTGAGAAGCCATTATCAGAAAGACTAAAGGTGGTTCCTGGAGAAACAATAGATCCCATTCCCCACCAGCTATTG  1857

Query 1999  AGAAAGTACATTGGCTATGCTCGGCAGTATGTGTACCCAAGGCTATCCACAGAAGCTGCTCGAGTTCTTCAAGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858  AGAAAGTACATTGGCTATGCTCGGCAGTATGTGTACCCAAGGCTATCCACAGAAGCTGCTCGAGTTCTTCAAGA  1931

Query 2073  TTTTTACCTTGAGCTCCGGAAACAGAGCCAGAGGTTAAATAGCTCACCAATCACTACCAGGCAGCTGGAATCTT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932  TTTTTACCTTGAGCTCCGGAAACAGAGCCAGAGGTTAAATAGCTCACCAATCACTACCAGGCAGCTGGAATCTT  2005

Query 2147  TGATTCGTCTGACAGAGGCACGAGCAAGGTTGGAATTGAGAGAGGAAGCAACCAAAGAAGACGCTGAGGATATA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006  TGATTCGTCTGACAGAGGCACGAGCAAGGTTGGAATTGAGAGAGGAAGCAACCAAAGAAGACGCTGAGGATATA  2079

Query 2221  GTGGAAATTATGAAATATAGCATGCTAGGAACTTACTCTGATGAATTTGGGAACCTAGATTTTGAGCGATCCCA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080  GTGGAAATTATGAAATATAGCATGCTAGGAACTTACTCTGATGAATTTGGGAACCTAGATTTTGAGCGATCCCA  2153

Query 2295  GCATGGTTCTGGAATGAGCAACAGGTCAACAGCGAAAAGATTTATTTCTGCTCTCAACAACGTTGCTGAAAGAA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154  GCATGGTTCTGGAATGAGCAACAGGTCAACAGCGAAAAGATTTATTTCTGCTCTCAACAACGTTGCTGAAAGAA  2227

Query 2369  CTTATAATAATATATTTCAATTTCATCAACTTCGGCAGATTGCCAAAGAACTAAACATTCAGGTTGCTGATTTT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2228  CTTATAATAATATATTTCAATTTCATCAACTTCGGCAGATTGCCAAAGAACTAAACATTCAGGTTGCTGATTTT  2301

Query 2443  GAAAATTTTATTGGATCACTAAATGACCAGGGTTACCTCTTGAAAAAAGGCCCAAAAGTTTACCAGCTTCAAAC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302  GAAAATTTTATTGGATCACTAAATGACCAGGGTTACCTCTTGAAAAAAGGCCCAAAAGTTTACCAGCTTCAAAC  2375

Query 2517  TATG  2520
            ||||
Sbjct 2376  TATG  2379