Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_09195
- Subject:
- NM_025676.4
- Aligned Length:
- 2523
- Identities:
- 2109
- Gaps:
- 111
Alignment
Query 1 ATGAATGGAGAGTATAGAGGCAGAGGATTTGGACGAGGAAGATTTCAAAGCTGGAAAAGGGGAAGAGGTGGTGG 74
||||.|||.|..||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTGGTGCTTATAGAGGCAGAGGTTTTGGACGAGGAAGATTCCAAAGCTGGAAAAGAGGAAGAGGTGGTGG 74
Query 75 GAACTTCTCAGGAAAATGGAGAGAAAGAGAACACAGACCTGATCTGAGTAAAACCACAGGAAA--ACGTACTTC 146
||||||||||||||..|||||||||||||||.|||||..|||.||||.|.||.|..||||||| ||| ||||
Sbjct 75 GAACTTCTCAGGAAGGTGGAGAGAAAGAGAAAACAGAGTTGACCTGAATGAAGCTTCAGGAAAGCACG--CTTC 146
Query 147 TGAACAAACCCCACAGTTTTTGCTTTCAACAAAGACCCCACAGTCAATGCAGTCAACATTGGATCGATTCATAC 220
|
Sbjct 147 T------------------------------------------------------------------------- 147
Query 221 CATATAAAGGCTGGAAGCTTTATTTCTCTGAAGTTTACAGCGATAGCTCTCCTTTGATTGAGAAGATTCAAGCA 294
||||||||..|||.||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 148 --------------------------------GTTTACAGTAATAACTCTCCCTTTATTGAGAAGATTCAAGCA 189
Query 295 TTTGAAAAATTTTTCACAAGGCATATTGATTTGTATGACAAGGATGAAATAGAAAGAAAGGGAAGTATTTTGGT 368
|||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 190 TTTGAGAAATTTTTCACAAGGCATATCGACTTATACGATAAGGATGAAATAGAAAGAAAAGGAAGCATTTTGGT 263
Query 369 AGATTTTAAAGAACTGACAGAAGGTGGTGAAGTAACTAACTTGATACCAGATATAGCAACTGAACTAAGAGATG 442
.||||||||||||||||||.|||.||.||||.||||||||||||||||.|||||||.||..|.|||||||||||
Sbjct 264 GGATTTTAAAGAACTGACAAAAGCTGATGAAATAACTAACTTGATACCCGATATAGAAAACGCACTAAGAGATG 337
Query 443 CACCTGAGAAAACCTTGGCTTGCATGGGTTTGGCAATACATCAGGTGTTAACTAAGGACCTTGAAAGGCATGCA 516
|.|||||||||||..||||.||.|||||..||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 338 CCCCTGAGAAAACACTGGCGTGTATGGGGCTGGCAATACATCAGGTATTAACTAAGGACCTTGAAAGGCATGCC 411
Query 517 GCTGAGTTACAAGCCCAGGAAGGATTGTCTAATGATGGAGAAACAATGGTAAATGTGCCACATATTCATGCAAG 590
||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.|.||||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct 412 GCCGAATTACAAGCTCAAGAGGGATTGTCTAACGGTGGAGAGACAATGGTAAATGTACCACATATTTATGCAAG 485
Query 591 GGTGTACAACTATGAGCCTTTGACACAGCTCAAGAATGTCAGAGCAAATTACTATGGAAAATACATTGCTCTAA 664
.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.||.||||||.||.||||||.||||||||..||.||.
Sbjct 486 AGTGTACAACTATGAGCCCTTGACACACCTCAAGAATATCCGAGCAACTTGCTATGGGAAATACATCTCTATAC 559
Query 665 GAGGGACAGTGGTTCGTGTCAGTAATATAAAGCCTCTTTGCACCAAGATGGCTTTTCTTTGTGCTGCATGTGGA 738
|||||||.|||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||..||.||||||||||||
Sbjct 560 GAGGGACTGTGGTCCGGGTCAGCAACATAAAGCCTCTTTGCACCAACATGGCTTTTCAGTGCGCTGCATGTGGA 633
Query 739 GAAATTCAGAGCTTTCCTCTTCCAGATGGAAAATACAGTCTTCCCACAAAGTGTCCTGTGCCTGTGTGTCGAGG 812
||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||..|||||.|||||||||||||||||||.|||.|||||
Sbjct 634 GAGATTCAGAGCTTTCCTCTGCCAGATGGAAAATACACCCTTCCTACAAAGTGTCCTGTGCCTGCGTGCCGAGG 707
Query 813 CAGGTCATTTACTGCTCTCCGCAGCTCTCCTCTCACAGTTACGATGGACTGGCAGTCAATCAAAATCCAGGAAT 886
.|||||||||.||.|.||.|||||||||||||||||||||||..||||||||||||..||||||||||||||..
Sbjct 708 GAGGTCATTTGCTCCACTGCGCAGCTCTCCTCTCACAGTTACACTGGACTGGCAGTTGATCAAAATCCAGGAGC 781
Query 887 TGATGTCTGATGATCAGAGAGAAGCAGGTCGGATTCCACGAACAATAGAATGTGAGCTTGTTCATGATCTTGTG 960
||||||||||||..|||||||||||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||.
Sbjct 782 TGATGTCTGATGCACAGAGAGAAGCTGGTCGGATCCCTCGGACGATAGAATGTGAACTTGTTCACGATCTTGTA 855
Query 961 GATAGCTGTGTCCCGGGAGACACAGTGACTATTACTGGAATTGTCAAAGTCTCAAATGCGGAAGAAGGTTCTCG 1034
|||||.||||||||.|||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||
Sbjct 856 GATAGTTGTGTCCCAGGAGATACAGTGACTGTTACTGGAATTGTCAAAGTCTCCAATTCTGAAGAAGGTTCTCG 929
Query 1035 AAATAAGAATGACAAGTGTATGTTCCTTTTGTATATTGAAGCAAATTCTATTAGTAATAGCAAAGGACAGAAAA 1108
||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||.||||.||.|||||.||.|.||||.
Sbjct 930 AAATAAGAATGATAAGTGCATGTTCCTTTTGTACATTGAGGCAAATTCTGTTAGCAACAGCAAGGGGCCGAAAG 1003
Query 1109 CAAAGAGTTCTGAGGATGGGTGTAAGCATGGAATGTTGATGGAGTTCTCACTTAAAGACCTTTATGCCATCCAA 1182
||.|||.|.|.||.|||||.||.||||||||.|...|||||||||||||.|||||||||||.||||||||||.|
Sbjct 1004 CACAGACTGCAGAAGATGGTTGCAAGCATGGGACACTGATGGAGTTCTCCCTTAAAGACCTCTATGCCATCCGA 1077
Query 1183 GAGATTCAAGCTGAAGAAAACCTGTTTAAACTCATTGTCAACTCGCTTTGCCCTGTCATTTTTGGTCATGAACT 1256
|||||.||.||||||||.||||||.|.||.|||.||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GAGATCCAGGCTGAAGAGAACCTGCTCAAGCTCGTTGTCAACTCACTCTGTCCTGTCATTTTTGGTCATGAACT 1151
Query 1257 TGTTAAAGCAGGTTTGGCATTAGCACTCTTTGGAGGAAGCCAGAAATACGCAGATGACAAAAACAGAATTCCAA 1330
.||.|||||||||.||.|.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1152 CGTCAAAGCAGGTCTGACGTTAGCACTCTTTGGCGGTAGCCAGAAGTACGCAGATGACAAAAACAGAATTCCCA 1225
Query 1331 TTCGGGGAGACCCCCACATCCTTGTTGTTGGAGATCCAGGCTTAGGAAAAAGTCAAATGCTACAGGCAGCGTGC 1404
||||.||||||||.||..||||..|||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1226 TTCGAGGAGACCCACATGTCCTGATTGTTGGAGATCCAGGCTTGGGGAAGAGTCAGATGCTACAGGCAGCATGC 1299
Query 1405 AATGTTGCCCCACGTGGCGTGTATGTTTGTGGTAACACCACGACCACCTCTGGTCTGACGGTAACTCTTTCAAA 1478
||.||.||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||.|||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1300 AACGTGGCGCCACGTGGTGTGTATGTTTGTGGAAATACCACCACCAGCTCTGGTCTCACTGTGACTCTTTCAAA 1373
Query 1479 AGATAGTTCCTCTGGAGATTTTGCTTTGGAAGCTGGTGCCCTGGTACTTGGTGATCAAGGTATTTGTGGAATCG 1552
.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.|
Sbjct 1374 GGACAGTTCCTCTGGAGATTTTGCTTTGGAAGCTGGTGCCCTTGTACTTGGTGACCAAGGCATCTGTGGAATAG 1447
Query 1553 ATGAATTTGATAAGATGGGGAATCAACATCAAGCCTTGTTGGAAGCCATGGAGCAGCAAAGTATTAGTCTTGCT 1626
|||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1448 ATGAATTTGATAAAATGGGGAACCAACATCAAGCCCTGTTAGAAGCCATGGAACAGCAGAGTATTAGCCTTGCG 1521
Query 1627 AAGGCTGGTGTGGTTTGTAGCCTTCCTGCAAGAACTTCCATTATTGCTGCTGCAAATCCAGTTGGAGGACATTA 1700
||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 1522 AAGGCTGGGGTAGTTTGCAGCCTCCCTGCAAGAACTTCCATTATTGCTGCTGCAAATCCAGTCGGAGGACACTA 1595
Query 1701 CAATAAAGCCAAAACAGTTTCTGAGAATTTAAAAATGGGGAGTGCACTACTATCCAGATTTGATTTGGTCTTTA 1774
|||||||||||.|||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1596 CAATAAAGCCAGAACGGTTTCTGAGAATTTAAAGATGGGGAGTGCCCTACTGTCCAGATTCGATTTGGTCTTTA 1669
Query 1775 TCCTGTTAGATACTCCAAATGAGCATCATGATCACTTACTCTCTGAACATGTGATTGCAATAAGAGCTGGAAAG 1848
||.||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 1670 TCTTGTTAGATACGCCAAATGAACAGCATGACCACTTACTTTCTGAACATGTGATCGCGATAAGAGCTGGGAAG 1743
Query 1849 CAGAGAACCATTAGCAGTGCCACAGTAGCTCGTATGAATAGTCAAGATTCAAATACTTCCGTACTTGAAGTAGT 1922
||||.|.|..||||||||||||||||..|||||.||...||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1744 CAGAAAGCGGTTAGCAGTGCCACAGTCACTCGTGTGCTCAGTCAAGACTCAAATACTTCTGTACTTGAAGTGGT 1817
Query 1923 TTCTGAGAAGCCATTATCAGAAAGACTAAAGGTGGTTCCTGGAGAAACA-ATAGATCCCATTCCCCACCAGCTA 1995
|||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||| |||| |.||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 1818 TTCTGAGAAACCATTATCAGAAAGACTAAAGGTGGCTCCTGGAG-AACAGACAGATCCGATTCCACATCAGCTG 1890
Query 1996 TTGAGAAAGTACATTGGCTATGCTCGGCAGTATGTGTACCCAAGGCTATCCACAGAAGCTGCTCGAGTTCTTCA 2069
|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||.||||.||.||.|||||||..|..|||||
Sbjct 1891 TTGAGGAAGTACATTGGCTATGCACGGCAGTATGTCCACCCAAGGTTATCTACGGACGCTGCTCAGGCCCTTCA 1964
Query 2070 AGATTTTTACCTTGAGCTCCGGAAACAGAGCCAGAGGTTAAATAGCTCACCAATCACTACCAGGCAGCTGGAAT 2143
.|||||.|||||.||||||||.||.|||||||||.|..|....||||||||.|||||.||..||||||||||.|
Sbjct 1965 GGATTTCTACCTGGAGCTCCGCAAGCAGAGCCAGCGCGTGGGCAGCTCACCCATCACCACTCGGCAGCTGGAGT 2038
Query 2144 CTTTGATTCGTCTGACAGAGGCACGAGCAAGGTTGGAATTGAGAGAGGAAGCAACCAAAGAAGACGCTGAGGAT 2217
|||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|.||||||.|||||.|||
Sbjct 2039 CTTTGATCCGTCTGACAGAGGCACGGGCAAGGTTAGAATTGAGAGAGGAAGCAACTAGAGAAGATGCTGAAGAT 2112
Query 2218 ATAGTGGAAATTATGAAATATAGCATGCTAGGAACTTACTCTGATGAATTTGGGAACCTAGATTTTGAGCGATC 2291
|||.|.|||||||||||..||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 2113 ATAATTGAAATTATGAAGCATAGCATGCTAGGAACTTACTCAGATGAATTCGGAAACCTGGACTTTGAGCGATC 2186
Query 2292 CCAGCATGGTTCTGGAATGAGCAACAGGTCAACAGCGAAAAGATTTATTTCTGCTCTCAACAACGTTGCTGAAA 2365
|||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||
Sbjct 2187 CCAGCATGGCTCTGGGATGAGCAACAGGTCAACAGCAAAAAGATTTATTTCTGCTCTCAACAGCATTGCTGAAA 2260
Query 2366 GAACTTATAATAATATATTTCAATTTCATCAACTTCGGCAGATTGCCAAAGAACTAAACATTCAGGTTGCTGAT 2439
||||||||||.||.||||||||||.||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2261 GAACTTATAACAACATATTTCAATATCATCAACTTCGTCAGATTGCTAAAGAACTAAACATTCAGGTTGCCGAT 2334
Query 2440 TTTGAAAATTTTATTGGATCACTAAATGACCAGGGTTACCTCTTGAAAAAAGGCCCAAAAGTTTACCAGCTTCA 2513
||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||..|||||||.|||||
Sbjct 2335 TTTGAAAACTTCATTGGATCACTGAATGACCAAGGTTATCTCTTGAAGAAAGGCCCAAAGATTTACCAACTTCA 2408
Query 2514 AACTATG 2520
|||||||
Sbjct 2409 AACTATG 2415