Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_09284
- Subject:
- NM_001331219.1
- Aligned Length:
- 3212
- Identities:
- 2187
- Gaps:
- 691
Alignment
Query 1 ATGTTCACCCTGTCTCAGACCTCGAGAGCATGGTTCATCGATAGAGCCCGTCAGGCACGAGAAGAAAGGCTTGT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GCAGAAGGAACGGGAGCGGGCAGCTGTTGTGATCCAGGCCCATGTCCGGAGTTTTCTCTGTCGGAGTCGACTGC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AGAGAGATATCAGGAGAGAGATTGATGACTTTTTTAAAGCAGATGACCCTGAGTCCACTAAAAGAAGTGCACTT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 TGTATTTTCAAGATTGCCAGGAAACTGCTGTTCCTATTCAGAATCAAAGAGGATAATGAGAGATTTGAGAAGTT 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 GTGTCGCAGCATCCTGAGCAGCATGGATGCTGAGAATGAGCCTAAGGTGTGGTATGTGTCCCTGGCTTGTTCTA 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 AGGACCTCACCCTCCTTTGGATTCAACAGATCAAGAACATTTTGTGGTACTGCTGTGATTTTCTCAAGCAGCTC 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 AAGCCTGAAATCCTGCAGGACTCCCGACTCATCACCCTGTACCTCACGATGCTTGTCACCTTCACAGACACTTC 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 AACGTGGAAAATTCTTCGGGGAAAAGGTGAAAGTCTTCGACCAGCGATGAACCACATTTGTGCAAATATAATGG 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 GACATCTCAACCAGCATGGATTTTATTCTGTGCTGCAGATATTGTTAACCCGTGGCCTGGCAAGACCCCGTCCT 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 TGTCTATCCAAAGGCACTTTAACAGCAGCTTTTTCTCTAGCGTTACGCCCTGTGATTGCTGCACAGTTCTCAGA 740
|..|||||||||||.||.|||||.||..|.|||||||||.|||||||.|||||||||||
Sbjct 1 ---------------ATGTTAACAGCAGCCTTCTCTCTGGCCCTGCGCCCTGTGGTTGCTGCGCAGTTCTCAGA 59
Query 741 CAATCTGATTCGGCCGTTCCTCATCCACATCATGTCTGTGCCTGCTCTGGTGACTCATCTCAGCACAGTGACCC 814
||||||.||.||.||.|||.||||||||.|||||||.||.||||||||.|||.|||||||||||||.|||.|||
Sbjct 60 CAATCTTATGCGACCATTCATCATCCACGTCATGTCGGTACCTGCTCTCGTGGCTCATCTCAGCACCGTGGCCC 133
Query 815 CTGAGCGCCTCACTGTTTTAGAATCCCATGACATGCTTCGTAAATTCATCATATTTTTAAGAGACCAAGATCGA 888
|||||||||||...||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|.||..|.|||||...|||.|||
Sbjct 134 CTGAGCGCCTCGGCGTTTTAGAGTCCCATGACATGCTTCGTAAATTCATCGTCTTCCTGAGAGATAGAGACCGA 207
Query 889 TGCCGTGATGTATGTGAAAGTTTAGAAGGATGCCATACGCTTTGTCTAATGGGCAACCTCCTACACTTGGGCTC 962
|||||.||||..|||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 208 TGCCGCGATGCTTGTGAGAGTTTAGAAGGCTGCCATACCCTGTGTCTCATGGGCAATCTCCTGCACTTGGGCTC 281
Query 963 CCTCAGCCCCAGAGTGTTAGAGGAGGAGACAGATGGGTTCGTGAGTTTGCTCACCCAGACGCTGTGCTACTGTC 1036
||||||||.|||..||||||||||.||||..||||||||.|||||...||||||.||||.||||||||||||||
Sbjct 282 CCTCAGCCTCAGGCTGTTAGAGGAAGAGATGGATGGGTTTGTGAGCGCGCTCACGCAGATGCTGTGCTACTGTC 355
Query 1037 AGAAGTATGTGTCTCAGAAGAAGTCCAACCTGACCCACTGGCATCCTGTCCTTGGCTGGTTCTCCCAATCTGTG 1110
|||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||.|||||
Sbjct 356 AGAAGTACGTGGCTCAGAAGAAGTCCAACCTGACCCACTGGCACCCTGTGCTCGGCTGGTTTTCCCAACCTGTG 429
Query 1111 GATTATGGCCTTAACGAGTCAATGCACTTGATCACCAAACAGCTGCAGTTCTTGTGGGGGGTGCCTCTGATCCG 1184
|||||.|||||.||.||.||.|||.||.||||||||||.||||||||||||.||||||.|||||||||.|||||
Sbjct 430 GATTACGGCCTCAATGATTCCATGTACCTGATCACCAAGCAGCTGCAGTTCCTGTGGGCGGTGCCTCTCATCCG 503
Query 1185 GATCTTCTTCTGTGACATCCTGAGCAAGAAGCTACTGGAG-AGCCAGGAGCCAGCCCACG-------CACAGCC 1250
.||..|||||.|||||||||||||||.||||||.|||||| |..|| |||||.|||| || |.|||||
Sbjct 504 CATTCTCTTCAGTGACATCCTGAGCAGGAAGCTGCTGGAGCATGCA-GAGCCGGCCC-CGGTGCAACCGCAGCC 575
Query 1251 AGCATCCCCTCAGAATGTGCTCCCAGTGAAGAGTCTCCTAAAGCGTGCTTTTCAAAAGTCGGCATCAGTCCGGA 1324
..|.||.||.||||..||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||.||||
Sbjct 576 GTCCTCACCGCAGACGGTGCTCCCCGTGAAGAGCCTCCTCAAGCGTGCGTTTCAGAAGTCGGCTTCGGTTCGGA 649
Query 1325 ATATTCTCAGGCCTGTCGGGGGTAAACGGGTCGACTCTGCAGAAGTCCAGAAGGTTTGCAACATCTGTGTCCTC 1398
|.||.|||||||||||.|||||....||.||||||||.||.||.||.|.||||||.||||||||.||.||.|||
Sbjct 650 ACATCCTCAGGCCTGTTGGGGGCCGCCGTGTCGACTCCGCTGAGGTGCGGAAGGTCTGCAACATTTGCGTGCTC 723
Query 1399 TACCAGACCTCGCTGACAACTCTCACACAGATTCGGCTGCAGATACTCACAGGTCTCACTTACCTTGATGACCT 1472
|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct 724 TACCAGACCTCGCTGACGACCCTCACCCAGATCCGCCTGCAGATCCTCACAGGTCTTACGTACCTGGATGACCT 797
Query 1473 GCTTCCCAAACTGTGGGCATTTATCTGTGAGCTCGGGCCCCACGGAGGGTTAAAGCTCTTCTTGGAATGCCTGA 1546
|||.|||||.||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||.|.|||||||||.||||.|||||||
Sbjct 798 GCTGCCCAAGCTCTGGGCGTTTATCTGTGAGCTGGGGCCCCACGGCGGGCTCAAGCTCTTCCTGGAGTGCCTGA 871
Query 1547 ACAATGACACTGAAGAGTCCAAGCAACTCTTGGCCATGCTGATGCTGTTCTGTGACTGTTCGCGGCACCTCATC 1620
||||||||||||.||||||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 872 ACAATGACACTGGAGAGTCCAAGCAGCTCCTGGCCATGCTGATGCTCTTCTGTGACTGTTCCCGGCACCTCATC 945
Query 1621 ACAATCCTTGATGACATTGAAGTTTATGAAGAACAGATTTCATTCAAACTGGAAGAGCTGGTCACTATCTCCTC 1694
||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 946 ACCATCCTCGATGACATTGAAGTTTATGAAGAACAGATCTCCTTCAAGCTGGAAGAGCTGGTCACCATCTCCTC 1019
Query 1695 TTTCCTGAATTCTTTTGTGTTTAAGATGATCTGGGATGGAATTGTAGAGAACGCCAAGGGTGAGACCTTGGAGC 1768
.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GTTCCTCAATTCCTTCGTGTTTAAGATGATCTGGGACGGAATTGTAGAGAATGCCAAGGGTGAGACCTTGGAGC 1093
Query 1769 TGTTCCAGTCTGTCCACGGGTGGCTTATGGTGCTGTACGAGCGGGACTGCCGGCGGCGCTTCACCCCCGAGGAC 1842
||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||..|.||.||||||
Sbjct 1094 TGTTCCAGTCCGTCCATGGCTGGCTGATGGTGCTGTATGAGCGAGACTGCCGCCGGCGCTTTGCTCCGGAGGAC 1167
Query 1843 CACTGGCTGCGAAAGGATCTCAAACCTAGCGTGCTCTTCCAAGAACTCGACAGGGACAGAAAACGGGCACAGTT 1916
||||||||.||.|.|||.|||||.|||.|.|||||||||||.||.|||||||.||||.|||...||||.|||.|
Sbjct 1168 CACTGGCTACGGAGGGACCTCAAGCCTGGTGTGCTCTTCCAGGAGCTCGACAAGGACCGAAGGAGGGCTCAGCT 1241
Query 1917 GATCCTGCAGTACATCCCACATGTCATCCCTCACAAAAACAGAGTTCTACTGTTTCGAACCATGGTTACCAAGG 1990
|.||||||||.|||||||.||.|||.|.||||||||.|||||||||||.|||||.||.|.||||||||.|||||
Sbjct 1242 GGTCCTGCAGCACATCCCCCACGTCGTGCCTCACAAGAACAGAGTTCTTCTGTTCCGGAACATGGTTATCAAGG 1315
Query 1991 AGAAGGAGAAACTGGGGCTGGTGGAAACCAGCTCTGCCTCCCCGCATGTCACTCACATCACCATCCGCCGGTCC 2064
||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||..|||||
Sbjct 1316 AGAAAGAGAAGCTGGGGCTTGTGGAGACCAGCTCTGCCTCTCCTCACGTCACCCACATCACCATCCGAAGGTCC 1389
Query 2065 AGGATGCTGGAGGACGGCTACGAGCAGCTTAGGCAGCTCTCCCAGCACGCCATGAAGGGGGTCATCCGTGTGAA 2138
.|||||.||||||||||||||||.|||||..|||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1390 CGGATGTTGGAGGACGGCTACGAACAGCTCCGGCAGCTTTCCCAGCATGCCATGAAGGGTGTGATCCGAGTGAA 1463
Query 2139 GTTTGTCAATGACCTCGGGGTGGACGAAGCAGGGATTGATCAAGACGGTGTTTTTAAGGAGTTCTTGGAAGAGA 2212
|||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.||.||||||||..|||||||||
Sbjct 1464 GTTTGTCAACGACCTCGGGGTGGACGAGGCTGGGATTGACCAGGATGGTGTCTTCAAGGAGTTTCTGGAAGAGA 1537
Query 2213 TCATCAAGAGAGTTTTTGACCCAGCACTCAATCTGTTCAAGACAACCAGTGGGGATGAGAGGCTGTACCCCTCA 2286
||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||.|||
Sbjct 1538 TCATCAAGAGGGTGTTTGACCCCGCACTCAACCTGTTCAAGACAACCAGCGGGGATGAGCGGCTGTACCCATCA 1611
Query 2287 CCCACATCCTACATCCATGAGAATTACCTGCAGCTCTTCGAGTTTGTGGGGAAGATGCTGGGGAAGGCTGTGTA 2360
|||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1612 CCCACGTCCTACATTCACGAGAATTACCTGCAGCTCTTCGAGTTTGTGGGGAAGATGCTGGGAAAGGCAGTGTA 1685
Query 2361 TGAGGGAATTGTGGTGGACGTGCCATTTGCATCCTTCTTCCTGAGCCAACTGCTTGGGCACCACCACAGCGTCT 2434
||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||..||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1686 TGAGGGGATCGTGGTAGATGTGCCCTTTGCCTCCTTCTTCCTGAGCCAGATGCTCGGGCACCACCACAGCGTCT 1759
Query 2435 TCTATAGCTCGGTGGATGAACTGCCTTCTCTGGACTCCGAGTTCTATAAAAACCTCACCTCCATCAAGCGCTAT 2508
||||.|||||.||||||||.||.||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1760 TCTACAGCTCCGTGGATGAGCTTCCCTCCCTGGACTCGGAGTTTTATAAAAACCTCACCTCCATCAAGCGCTAC 1833
Query 2509 GATGGGGACATCACTGACCTGGGCCTGACGCTGTCTTACGACGAGGACGTCATGGGTCAGCTTGTTTGCCATGA 2582
|||||.||||||.|.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.||
Sbjct 1834 GATGGAGACATCGCAGACCTCGGGCTGACGCTGTCTTACGATGAAGACGTCATGGGTCAGCTCGTCTGCCACGA 1907
Query 2583 ACTGATTCCTGGAGGGAAGACCATTCCTGTTACAAATGAAAATAAAATTAGCTACATCCATCTGATGGCACATT 2656
||||.||||.||||||||||||||.||.||||||.||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1908 ACTGGTTCCCGGAGGGAAGACCATCCCGGTTACAGATGAGAACAAAATTAGCTACATCCATCTGATGGCGCATT 1981
Query 2657 TTCGAATGCACACTCAAATAAAAAACCAAACAGCTGCCCTCATTAGCGGATTCCGTTCCATTATCAAACCCGAG 2730
|.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1982 TCCGAATGCACACTCAAATTAAAAACCAGACAGCTGCTCTTATCAGTGGCTTCCGTTCCATCATCAAGCCCGAG 2055
Query 2731 TGGATCCGAATGTTCTCAACTCCTGAACTGCAGCGTCTCATCTCTGGCGACAATGCTGAGATTGATCTGGAAGA 2804
|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 2056 TGGATCCGAATGTTCTCTACCCCTGAGCTTCAGCGCCTCATCTCCGGGGACAACGCTGAGATAGATCTGGAAGA 2129
Query 2805 TTTAAAGAAGCACACAGTCTACTACGGTGGTTTCCATGGAAGTCACAGAGTCATCATCTGGCTCTGGGATATTC 2878
.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2130 CTTAAAGAAGCACACAGTGTACTACGGTGGCTTTCATGGGAGCCACAGGGTCATCATCTGGCTCTGGGATATCC 2203
Query 2879 TGGCCTCCGACTTCACACCGGATGAGAGAGCTATGTTTCTGAAGTTCGTGACCAGCTGCTCCAGACCCCCGCTC 2952
||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||||
Sbjct 2204 TGGCTTCCGACTTCACGCCTGAAGAAAGAGCCATGTTCCTGAAGTTTGTGACCAGCTGCTCCCGGCCCCCGCTC 2277
Query 2953 CTGGGATTCGCCTACCTCAAGCCTCCATTCTCCATCCGCTGCGTGGAGGTGTCGGACGATCAGGACACCGGGGA 3026
||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||.|||||
Sbjct 2278 CTAGGATTCGCCTACCTCAAGCCTCCGTTCTCCATCCGCTGTGTGGAAGTATCAGATGACCAGGACACTGGGGA 2351
Query 3027 CACTCTGGGCAGCGTCCTCCGGGGCTTCTTCACCATCCGCAAGCGGGAGCCAGGCGGCCGCCTGCCCACCTCCT 3100
.||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||.||.||.||||||||.||.|
Sbjct 2352 TACCCTGGGCAGCGTCCTCAGGGGCTTCTTCACCATCCGCAAGAGGGAGCCAGGGGGGCGTCTGCCCACATCTT 2425
Query 3101 CCACCTGCTTCAACCTGCTCAAGCTGCCCAACTACAGCAAGAAGAGCGTCCTCCGCGAGAAGCTGCGCTACGCC 3174
||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.|||||.|||
Sbjct 2426 CCACTTGCTTCAACCTGCTTAAGCTGCCCAACTACAGCAAGAAGAGCGTACTGCGAGAGAAACTACGCTATGCC 2499
Query 3175 ATCAGCATGAACACGGGCTTTGAACTCTCC 3204
|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2500 ATCAGCATGAACACGGGCTTTGAGCTCTCC 2529