Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_09779
- Subject:
- NM_001305671.1
- Aligned Length:
- 2345
- Identities:
- 1665
- Gaps:
- 388
Alignment
Query 1 ATGATGGTTCAGCGACTGGGACTCATTTCACCTCCAGCAAGCCAGGTCTCTACAGCATGCAACCAGATCAGTCC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TAGCTTACAGAGGGCAATGAATGCAGCCAACCTGAATATACCTCCTTCAGATACCAGGTCCCTTATTTCGCGTG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AGTCTTTGGCGTCCACGACCTTGAGTCTGACGGAAAGTCAGTCGGCCTCAAGCATGAAGCAGGAGTGGTCCCAG 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GGCTACAGGGCCCTCCCTTCGCTCTCCAACCACGGCTCTCAGAATGGCCTTGATCTAGGGGATCTCCTTAGCCT 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 TCCTCCCGGGACATCCATGTCCAGCAATAGTGTCTCTAACTCATTACCATCCTACCTTTTTGGCACGGAAAGTA 370
|.|||||.||
Sbjct 1 ----------------------------------------------------------------ATGGAAAATA 10
Query 371 GCCACTCTCCTTACCCTAGTCCTCGGCACTCATCCACCAGGTCCCACTCGGCCCGCTCCAAGAAGAGAGCGCTG 444
|||||||||||||||||||.||||||||||||.|.||||||.|||||||..|||||||.|||||||||||..||
Sbjct 11 GCCACTCTCCTTACCCTAGCCCTCGGCACTCAGCAACCAGGGCCCACTCCACCCGCTCTAAGAAGAGAGCATTG 84
Query 445 TCCTTGTCCCCGCTGTCCGATGGCATCGGGATAGATTTCAATACCATCATCCGCACGTCGCCCACGTCCTTGGT 518
||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.||.||||||||.||.||.|||||.||||||||
Sbjct 85 TCCTTGTCGCCACTGTCAGATGGCATCGGGATCGACTTCAACACTATCATCCGTACTTCACCCACATCCTTGGT 158
Query 519 GGCCTACATCAACGGGTCGAGGGCTTCGCCGGCCAACCTGTCCCCGCAGCCGGAGGTCTACGGGCATTTCCTGG 592
.||||||||||||||..|.||.||.||.||.||||||||||||||.|||.|.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 159 CGCCTACATCAACGGACCAAGAGCCTCCCCAGCCAACCTGTCCCCACAGTCAGAGGTCTATGGGCATTTCCTGG 232
Query 593 GCGTGCGCGGCAGCTGCATTCCCCAGCCGCGCCCGGTGCCCGGCAGCCAGAAGGGCGTGCTGGTGGCCCCTGGA 666
|.||.||.|||||||||||.||||||.|..|..|.|||.||.||.|.|||||.|||.|..||||.|||..||||
Sbjct 233 GTGTTCGTGGCAGCTGCATCCCCCAGTCTTGTGCAGTGGCCAGCGGGCAGAAAGGCATATTGGTTGCCAGTGGA 306
Query 667 GGCCTGGCGCTGCCGGCCTACGGCGAGGACGGGGCCCTGGAGCACGAGCGCATGCAACAGCTGGAGCACGGCGG 740
||.|...|||||||||.|||.||.||||||||..|.||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||.||.||
Sbjct 307 GGGCATACGCTGCCGGGCTATGGAGAGGACGGTACACTGGAGTATGAACGCATGCAGCAGCTTGAGCATGGTGG 380
Query 741 CCTGCAGCCAGG-CCTGGTCAACCACATGGTGGTGCAGCATGGCCTGCCGGGCCCCGACAGCCAGCCGGCCGGC 813
||||||.||.|| ||| ||.|||.||||||||.||||||.||||||.|||||||..||..|||||.|.|||..|
Sbjct 381 CCTGCAACCCGGACCT-GTAAACAACATGGTGTTGCAGCCTGGCCTACCGGGCCAGGATGGCCAGACAGCCAAC 453
Query 814 CTGTTCAAGACCGAACGCCTGGAGGAGTTCCCGGGCAGCACCGTAGACCTACCCCCCGCGCCTCCGCTCCCTCC 887
.||.||||.||.||.|||||||||||||||||.|.|||..||.|.|||||.|||.|.||.|..||.||| ||
Sbjct 454 ATGCTCAAAACAGAGCGCCTGGAGGAGTTCCCCGCCAGTGCCTTGGACCTGCCCTCTGCTCTGCCTCTC---CC 524
Query 888 TCTGCCGCCGCCCCAAGGCCCCCCACCCCCTTACCATGCCCATGCGCACCTTCACCACCCGGAGCTCGGGCCCC 961
|||.||.|||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||.|.||||||||.|||||.||||||..|||.|
Sbjct 525 TCTTCCTCCGCCTCAGGGTCCCCCACCCCCATACCATGCCCATCCACACCTTCATCACCCAGAGCTCCTGCCTC 598
Query 962 ACGCCCAGCAGCTGGCCTTGCCCCAGGCCACCCTGGACGACGACGGGGAGATGGACGGCATC-GGGGGCAAGCA 1034
||.||||...||||.||.||.|||||.|...||||||.||.||.|||||||||||.|.| || |||||.|||||
Sbjct 599 ACACCCAATCGCTGTCCCTGGCCCAGACTGGCCTGGAAGAGGATGGGGAGATGGAAGAC-TCAGGGGGGAAGCA 671
Query 1035 TTGCTACCGCTGGATCGACTGCAGCGCCCTGTACGACCAGCAGGAGGAGCTCGTGCGGCACATCGAGAAGGTCC 1108
.||||.|||.|||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||
Sbjct 672 CTGCTGCCGTTGGATAGACTGCAGTGCCCTTTATGACCAGCAGGAGGAACTGGTGAGGCACATCGAGAAGGTCC 745
Query 1109 ACATCGACCAGCGCAAAGGGGAGGACTTCACTTGCTTCTGGGCCGGTTGCCCTCGAAGATACAAGCCCTTCAAC 1182
||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||.|.||.||||||.|||||||||||||.||||||
Sbjct 746 ACATAGACCAACGCAAGGGGGAAGACTTCACGTGCTTCTGGACTGGCTGCCCTAGAAGATACAAGCCTTTCAAC 819
Query 1183 GCCCGCTATAAACTGCTGATCCACATGAGAGTCCACTCTGGGGAGAAGCCCAACAAGTGTACGTTTGAAGGTTG 1256
||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 820 GCACGGTATAAACTGCTGATCCACATGAGGGTCCACTCTGGGGAGAAGCCCAACAAGTGTACGTTCGAAGGCTG 893
Query 1257 CGAGAAGGCCTTTTCAAGGCTTGAAAATCTCAAGATCCACTTGCGGAGCCACACAGGCGAGAAGCCGTATTTGT 1330
|.|||||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||
Sbjct 894 CAAGAAGGCCTTTTCCAGGCTCGAGAACCTCAAGATTCACTTGCGGAGCCACACGGGTGAGAAGCCATACTTGT 967
Query 1331 GCCAGCATCCGGGTTGTCAGAAGGCCTTCAGTAACTCCAGTGACCGCGCCAAACACCAGCGGACGCATCTGGAC 1404
|||||||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||||||.||||.|||||.|||
Sbjct 968 GCCAGCATCCGGGCTGCCAAAAGGCCTTCAGCAATTCCAGTGACCGTGCCAAGCACCAGAGGACACATCTTGAC 1041
Query 1405 ACCAAACCTTATGCTTGTCAAATTCCAGGATGTACCAAACGCTACACAGACCCAAGTTCCCTAAGAAAGCATGT 1478
||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||
Sbjct 1042 ACTAAACCTTATGCTTGTCAAATTCCAGGATGTACAAAGCGCTACACAGACCCAAGCTCCCTCAGAAAGCACGT 1115
Query 1479 GAAGGCACATTCTTCCAAAGAGCAACAAGCAAGGAAAAAGTTGCGGTCCAGCACAGAGCTCCATCCAGACCTGC 1552
||||||||||||||||..||||||.|||||||||||||||.|.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 1116 GAAGGCACATTCTTCCCGAGAGCAGCAAGCAAGGAAAAAGCTACGGTCTAGCACTGAGCTCCATCCAGATCTCC 1189
Query 1553 TCACAGATTGCCTCACCGTGCAGTCCCTGCAGCCGGCCACTTCCCCTAGAGATGCTGCTGCTGAAGGGACCGTG 1626
|||||||.||||||.|.||||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||.|.| .||||||
Sbjct 1190 TCACAGACTGCCTCGCTGTGCAGCCCCTGCAGCCAGCCACGTCCCCTGGAGATGCTGCTGATCA---TACCGTG 1260
Query 1627 GGACGCTCCCCTGGACCCGGGC------------------CTGACCTCTATTCAGCTCCCATTTTCTCCAGCAA 1682
||.|.||||||.||.||.|||| ||||.|||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1261 GGGCACTCCCCAGGGCCGGGGCCTGGGCCAGGGCCTGGGGCTGAACTCTATTCAGCTCCCATTTTCGCCAGCAA 1334
Query 1683 TTATTCAAGCCGAAGTGGAACAGCTGCTGGGGCCGTACCACCCCCACATCCTGTCAGTCACCCTTCTCCAGGAC 1756
|.||||||..|||||||||||||||||||||||.|..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 TCATTCAACTCGAAGTGGAACAGCTGCTGGGGCTGGGCCACCCCCACATCCTGTCAGTCACCCTTCTCCAGGAC 1408
Query 1757 ATAATGTACAGGGGAGCCCTCACAACCCCTCCTCCCAGTTACCTCCACTCACAGCTGTGGACGCAGGAGCTGAG 1830
|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1409 ATAATGTACAGGGGAGCCCCCACAACCCCTCCTCCCAGTTACCTCCACTCACAGCTGTGGACGCAGGCGCTGAG 1482
Query 1831 AGGTTTGCACCTTCTGCTCCATCTCCTCACCACATCAGCCCCCGGAGAGTTCCAGCTCCTTCTTCAATACTGCA 1904
||||||||||||.|..|||||||||||||||||||||||||..|.|||||||||||||||.|.|||.|.||.||
Sbjct 1483 AGGTTTGCACCTCCGACTCCATCTCCTCACCACATCAGCCCGGGAAGAGTTCCAGCTCCTCCGTCACTGCTCCA 1556
Query 1905 AAGAACACAGCCTCCCTATACCCAGCAGCCATCAGGTTCACACCTGAAGTCCTATCAGCCAGAAACAAACTCTT 1978
.|||.|||||.|||||.|..|||||||||||.||||.||||.|||||||.||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1557 GAGAGCACAGGCTCCCCACTCCCAGCAGCCACCAGGCTCACTCCTGAAGCCCTACCAGCCAGAAACCAACTCTT 1630
Query 1979 CTTTTCAACCAAATGGTATCCATGTCCATGGATTTTATGGGCAGCTGCAGAAGTTCTGTCCCCCACACTACCCC 2052
|||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||..|||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1631 CTTTTCAGCCAAATGGTATCCATGTCCACGGATTTTATGGCCAGCTGCAGACATTCTGTCCCCCGCATTATCCT 1704
Query 2053 GATTCCCAGAGAATTGTGCCGCCTGTCAGCTCCTGCAGTGTGGTGCCTTCGTTTGAGGACTGCCTAGTCCCTAC 2126
||||||||.||||.||||||.||...|.|||||||||||.||||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1705 GATTCCCAAAGAACTGTGCCACCCAGCGGCTCCTGCAGTATGGTGCCTTCCTTTGAGGACTGCCTGGTCCCCAC 1778
Query 2127 ATCCATGGGCCAGGCCAGTTTTGATGTTTTCCACAGAGCCTTCTCGACTCACTCGGGCATTACAGTGTATGATT 2200
.||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 1779 GTCCATGGGTCAAGCCGGTTTTGATGTTTTCCACAGAGCCTTCTCAACACACTCAGGCATCACAGTGTACGATT 1852
Query 2201 TACCTTCAAGTTCCTCGAGCCTCTTTGGGGAGTCTCTCCGCAGCGGGGCTGAAGATGCTACCTTCTTGCAGATC 2274
|.||||||..||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||..|||||||..|.||.|||||||||.||
Sbjct 1853 TGCCTTCAGCTTCCTCAAGCCTCTTTGGGGAATCTCTTCGCAGTGGCCCTGAAGACCCCACGTTCTTGCAGCTC 1926
Query 2275 AGCACCGTGGACCGCTGTCCTAGCCAGCTCTCCTCTGTCTGCACCGAAGGC 2325
||..|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|..|||||||||
Sbjct 1927 AGTGCTGTGGACCGCTGTCCTAGCCAGCTCTCCTCTGTGTATACCGAAGGC 1977