Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_10427
- Subject:
- NM_001322216.1
- Aligned Length:
- 3642
- Identities:
- 2833
- Gaps:
- 807
Alignment
Query 1 ATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACTCGAGTACCTGTCTTTGGT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTGCTGAATTTGTGATCAGTC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGTGCAGAATTTACGGATTCT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 CTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTCCACTAGCAAAGATCCAGT 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 TGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCCAACCGGACAACCCTTCTG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 TTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAACTGGAAGCTTTAATGCCC 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 AGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAAGAAGAAGCGGAGTCGAAG 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 CCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACCACAAGCGGAGACACCGAT 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 CCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATATCGGTCCAGGAGCAGGAGT 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 CAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGATAGATGGCGGGATAAGCA 740
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 741 TGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAGTTACCAGCATCATGCAGT 814
|||||||
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------ATGCAGT 7
Query 815 TTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCACATCTCTGAGCTCCGGCGG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8 TTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCACATCTCTGAGCTCCGGCGG 81
Query 889 GAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGTCAAAGTGCTGTCCTTCAC 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 82 GAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGTCAAAGTGCTGTCCTTCAC 155
Query 963 TGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATCTAAACCCAAATAGACGGC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 156 TGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATCTAAACCCAAATAGACGGC 229
Query 1037 GAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCCACTCACTTGTCCCTTGTC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 GAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCCACTCACTTGTCCCTTGTC 303
Query 1111 AGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTCTGACCCAGAGAAGTGGGA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 AGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTCTGACCCAGAGAAGTGGGA 377
Query 1185 GATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTGATGAAGAGACTGGCATTC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 378 GATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTGATGAAGAGACTGGCATTC 451
Query 1259 TCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAAGAGCCTCCATTCCTGAGA 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 TCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAAGAGCCTCCATTCCTGAGA 525
Query 1333 GGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGACGGCTCCCTCTCCCAAGC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGACGGCTCCCTCTCCCAAGC 599
Query 1407 AGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGCGGGAAGCTGAGATGGATT 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGCGGGAAGCTGAGATGGATT 673
Query 1481 CTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGCAGACAGATTGCTGCCAAC 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 CTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGCAGACAGATTGCTGCCAAC 747
Query 1555 ATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTTTGGGGGCAACAAAGCCTC 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 ATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTTTGGGGGCAACAAAGCCTC 821
Query 1629 TTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCTACAAACTGAAGGAGCAAT 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 TTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCTACAAACTGAAGGAGCAAT 895
Query 1703 TGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCTGGAAAGACAACACAGATC 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCTGGAAAGACAACACAGATC 969
Query 1777 ACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCAGCCCAGAAGAGTGGCAGC 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 ACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCAGCCCAGAAGAGTGGCAGC 1043
Query 1851 TATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGGTGGGCTACACCATTCGAT 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 TATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGGTGGGCTACACCATTCGAT 1117
Query 1925 TTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTGCTTAGAGAGTGCTTGATT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 TTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTGCTTAGAGAGTGCTTGATT 1191
Query 1999 GACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGACAATTCACACTGATGTGCT 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 GACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGACAATTCACACTGATGTGCT 1265
Query 2073 CTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCACCTCAGCCACCTTGGATG 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 CTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCACCTCAGCCACCTTGGATG 1339
Query 2147 CAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGAACATATCCAGTGGAAATA 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 CAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGAACATATCCAGTGGAAATA 1413
Query 2221 CTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTATGCAGATTCATTTAACAGA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 CTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTATGCAGATTCATTTAACAGA 1487
Query 2295 ACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTTGTGAGATCCTGTATGAAA 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 ACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTTGTGAGATCCTGTATGAAA 1561
Query 2369 GAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCTGCTCTTCCCAGTGAGATG 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 GAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCTGCTCTTCCCAGTGAGATG 1635
Query 2443 CAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCACCAATATCGCAGAGACATC 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 CAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCACCAATATCGCAGAGACATC 1709
Query 2517 GCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAGTTTACAATTCCAAGACAG 2590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 GCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAGTTTACAATTCCAAGACAG 1783
Query 2591 GGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCTGGCAGAGCTGGGAGAACA 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 GGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCTGGCAGAGCTGGGAGAACA 1857
Query 2665 GGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCTGACCACCAACGTGCCGGA 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCTGACCACCAACGTGCCGGA 1931
Query 2739 AATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCAATGATCTGCTGTCCTTTG 2812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 AATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCAATGATCTGCTGTCCTTTG 2005
Query 2813 ATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTACACACTGGGGGCCCTGGAT 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 ATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTACACACTGGGGGCCCTGGAT 2079
Query 2887 GACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCCAATGCTATGCAAAATGCT 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 GACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCCAATGCTATGCAAAATGCT 2153
Query 2961 CATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGCTGTCTGTGCAGAACGTCT 3034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 CATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGCTGTCTGTGCAGAACGTCT 2227
Query 3035 TCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAGTTCCACCAGACTGAAGGGGACCAC 3108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2228 TCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAATTCCACCAGACTGAAGGGGACCAC 2301
Query 3109 CTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATGGTGCTATGAGAACTTTAT 3182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 CTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATGGTGCTATGAGAACTTTAT 2375
Query 3183 CAAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAATGGACAGACACAAGCTGG 3256
|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2376 CCAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAATGGACAGACACAAGCTGG 2449
Query 3257 ATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGGTTCTTCCGTAATGCTGCC 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2450 ATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGGTTCTTCCGTAATGCTGCC 2523
Query 3331 AAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATATCCATCCTTCCAGTGCCCT 3404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2524 AAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATATCCATCCTTCCAGTGCCCT 2597
Query 3405 CTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTACCATGAGCTGGTGCTCACCACCAAGGAATACATGCGTGAAGTTA 3478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 CTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTACCATGAGCTGGTGCTCACCACCAAGGAATACATGCGTGAAGTTA 2671
Query 3479 CCACCATCGACCCTCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCCCCAGCCTTCTTCAAGGTCTCAGACCCAACTAAGCTAAGC 3552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2672 CCACCATCGACCCTCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCCCCAGCCTTCTTCAAGGTCTCAGACCCAACTAAGCTAAGC 2745
Query 3553 AAACAGAAGAAGCAACAGCGTCTTGAACCCTTGTACAACCGCTATGAGGAACCCAATGCCTGGAGAATATCTCG 3626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 AAACAGAAGAAGCAACAGCGTCTTGAACCCTTGTACAACCGCTATGAGGAACCCAATGCCTGGAGAATATCTCG 2819
Query 3627 AGCTTTCCGACGGCGC 3642
||||||||||||||||
Sbjct 2820 AGCTTTCCGACGGCGC 2835
