Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10427
• Subject: NM_001322217.1
• Aligned Length: 3642
• Identities: 3385
• Gaps: 255

Alignment

Query    1  ATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACTCGAGTACCTGTCTTTGGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTGCTGAATTTGTGATCAGTC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGTGCAGAATTTACGGATTCT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTCCACTAGCAAAGATCCAGT  296
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------ATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTCCACTAGCAAAGATCCAGT  41

Query  297  TGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCCAACCGGACAACCCTTCTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   42  TGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCCAACCGGACAACCCTTCTG  115

Query  371  TTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAACTGGAAGCTTTAATGCCC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  116  TTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAACTGGAAGCTTTAATGCCC  189

Query  445  AGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAAGAAGAAGCGGAGTCGAAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  190  AGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAAGAAGAAGCGGAGTCGAAG  263

Query  519  CCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACCACAAGCGGAGACACCGAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  264  CCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACCACAAGCGGAGACACCGAT  337

Query  593  CCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATATCGGTCCAGGAGCAGGAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  338  CCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATATCGGTCCAGGAGCAGGAGT  411

Query  667  CAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGATAGATGGCGGGATAAGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  412  CAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGATAGATGGCGGGATAAGCA  485

Query  741  TGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAGTTACCAGCATCATGCAGT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  486  TGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAGTTACCAGCATCATGCAGT  559

Query  815  TTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCACATCTCTGAGCTCCGGCGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  560  TTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCACATCTCTGAGCTCCGGCGG  633

Query  889  GAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGTCAAAGTGCTGTCCTTCAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  634  GAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGTCAAAGTGCTGTCCTTCAC  707

Query  963  TGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATCTAAACCCAAATAGACGGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  708  TGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATCTAAACCCAAATAGACGGC  781

Query 1037  GAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCCACTCACTTGTCCCTTGTC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  782  GAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCCACTCACTTGTCCCTTGTC  855

Query 1111  AGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTCTGACCCAGAGAAGTGGGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  856  AGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTCTGACCCAGAGAAGTGGGA  929

Query 1185  GATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTGATGAAGAGACTGGCATTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  930  GATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTGATGAAGAGACTGGCATTC  1003

Query 1259  TCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAAGAGCCTCCATTCCTGAGA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004  TCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAAGAGCCTCCATTCCTGAGA  1077

Query 1333  GGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGACGGCTCCCTCTCCCAAGC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078  GGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGACGGCTCCCTCTCCCAAGC  1151

Query 1407  AGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGCGGGAAGCTGAGATGGATT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152  AGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGCGGGAAGCTGAGATGGATT  1225

Query 1481  CTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGCAGACAGATTGCTGCCAAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226  CTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGCAGACAGATTGCTGCCAAC  1299

Query 1555  ATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTTTGGGGGCAACAAAGCCTC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300  ATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTTTGGGGGCAACAAAGCCTC  1373

Query 1629  TTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCTACAAACTGAAGGAGCAAT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374  TTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCTACAAACTGAAGGAGCAAT  1447

Query 1703  TGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCTGGAAAGACAACACAGATC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448  TGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCTGGAAAGACAACACAGATC  1521

Query 1777  ACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCAGCCCAGAAGAGTGGCAGC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522  ACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCAGCCCAGAAGAGTGGCAGC  1595

Query 1851  TATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGGTGGGCTACACCATTCGAT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596  TATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGGTGGGCTACACCATTCGAT  1669

Query 1925  TTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTGCTTAGAGAGTGCTTGATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670  TTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTGCTTAGAGAGTGCTTGATT  1743

Query 1999  GACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGACAATTCACACTGATGTGCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744  GACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGACAATTCACACTGATGTGCT  1817

Query 2073  CTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCACCTCAGCCACCTTGGATG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818  CTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCACCTCAGCCACCTTGGATG  1891

Query 2147  CAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGAACATATCCAGTGGAAATA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892  CAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGAACATATCCAGTGGAAATA  1965

Query 2221  CTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTATGCAGATTCATTTAACAGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966  CTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTATGCAGATTCATTTAACAGA  2039

Query 2295  ACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTTGTGAGATCCTGTATGAAA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040  ACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTTGTGAGATCCTGTATGAAA  2113

Query 2369  GAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCTGCTCTTCCCAGTGAGATG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114  GAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCTGCTCTTCCCAGTGAGATG  2187

Query 2443  CAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCACCAATATCGCAGAGACATC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2188  CAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCACCAATATCGCAGAGACATC  2261

Query 2517  GCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAGTTTACAATTCCAAGACAG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262  GCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAGTTTACAATTCCAAGACAG  2335

Query 2591  GGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCTGGCAGAGCTGGGAGAACA  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336  GGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCTGGCAGAGCTGGGAGAACA  2409

Query 2665  GGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCTGACCACCAACGTGCCGGA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410  GGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCTGACCACCAACGTGCCGGA  2483

Query 2739  AATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCAATGATCTGCTGTCCTTTG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484  AATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCAATGATCTGCTGTCCTTTG  2557

Query 2813  ATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTACACACTGGGGGCCCTGGAT  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558  ATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTACACACTGGGGGCCCTGGAT  2631

Query 2887  GACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCCAATGCTATGCAAAATGCT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632  GACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCCAATGCTATGCAAAATGCT  2705

Query 2961  CATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGCTGTCTGTGCAGAACGTCT  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2706  CATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGCTGTCTGTGCAGAACGTCT  2779

Query 3035  TCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAGTTCCACCAGACTGAAGGGGACCAC  3108
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2780  TCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAATTCCACCAGACTGAAGGGGACCAC  2853

Query 3109  CTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATGGTGCTATGAGAACTTTAT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2854  CTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATGGTGCTATGAGAACTTTAT  2927

Query 3183  CAAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAATGGACAGACACAAGCTGG  3256
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2928  CCAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAATGGACAGACACAAGCTGG  3001

Query 3257  ATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGGTTCTTCCGTAATGCTGCC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3002  ATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGGTTCTTCCGTAATGCTGCC  3075

Query 3331  AAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATATCCATCCTTCCAGTGCCCT  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3076  AAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATATCCATCCTTCCAGTGCCCT  3149

Query 3405  CTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTACCATGAGCTGGTGCTCACCACCAAGGAATACATGCGTGAAGTTA  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3150  CTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTACCATGAGCTGGTGCTCACCACCAAGGAATACATGCGTGAAGTTA  3223

Query 3479  CCACCATCGACCCTCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCCCCAGCCTTCTTCAAGGTCTCAGACCCAACTAAGCTAAGC  3552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224  CCACCATCGACCCTCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCCCCAGCCTTCTTCAAGGTCTCAGACCCAACTAAGCTAAGC  3297

Query 3553  AAACAGAAGAAGCAACAGCGTCTTGAACCCTTGTACAACCGCTATGAGGAACCCAATGCCTGGAGAATATCTCG  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298  AAACAGAAGAAGCAACAGCGTCTTGAACCCTTGTACAACCGCTATGAGGAACCCAATGCCTGGAGAATATCTCG  3371

Query 3627  AGCTTTCCGACGGCGC  3642
            ||||||||||||||||
Sbjct 3372  AGCTTTCCGACGGCGC  3387