Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10548
• Subject: NM_001301821.2
• Aligned Length: 1399
• Identities: 1173
• Gaps: 221

Alignment

Query    1  ATGGCGGCGAGCGCGCTGCGAGGCCTGCCAGTGGCTGGCGGAGGCGAGAGTAGCGAGAGCGAGGATGATGGCTG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGGCGAGCGCGCTGCGAGGCCTGCCAGTGGCTGGCGGAGGCGAGAGTAGCGAGAGCGAGGATGATGGCTG  74

Query   75  GGAGATTGGGTATCTCGACCGGACGTCTCAGAAATTGAAAAGGCTATTACCCATTGAAGAAAAGAAAGAAAAAT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAGATTGGGTATCTCGACCGGACGTCTCAGAAATTGAAAAGGCTATTACCCATTGAAGAAAAGAAAGAAAAAT  148

Query  149  TTAAGAAAGCAATGACCATCGGAGATGTTTCATTGGTCCAGGAGCTCCTAGATTCTGGCATTAGTGTAGATTCC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTAAGAAAGCAATGACCATCGGAGATGTTTCATTGGTCCAGGAGCTCCTAGATTCTGGCATTAGTGTAGATTCC  222

Query  223  AACTTTCAGTATGGATGGACTCCCCTTATGTATGCTGCTAGTGTTGCCAATGCAGAGCTGGTTCGGGTCCTTTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AACTTTCAGTATGGATGGACTCCCCTTATGTATGCTGCTAGTGTTGCCAATGCAGAGCTGGTTCGGGTCCTTTT  296

Query  297  GGACAGAGGTGCTAATGCAAGCTTTGAGAAGGATAAGCAAAGTATTTTGATAACTGCATGTTCTGCTCATGGCT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGACAGAGGTGCTAATGCAAGCTTTGAGAAGGATAAGCAAAGTATTTTGATAACTGCATGTTCTGCTCATGGCT  370

Query  371  CAGAGGAACAGATCTTGAAGTGTGTAGAACTACTACTTTCAAGAAATGCTGATCCAAATGTTGCTTGTAGGAGA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAGAGGAACAGATCTTGAAGTGTGTAGAACTACTACTTTCAAGAAATGCTGATCCAAATGTTGCTTGTAGGAGA  444

Query  445  CTTATGACCCCAATCATGTATGCTGCTCGAGATGGTCACACCCAGGTTGTTGCTCTCCTTGTTGCTCATGGAGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTTATGACCCCAATCATGTATGCTGCTCGAGATGGTCACACCCAGGTTGTTGCTCTCCTTGTTGCTCATGGAGC  518

Query  519  AGAAGTTAATACCCAGGATGAGAATGGTTACACTGCTTTAACGTGGGCAGCACGTCAGGGTCATAAAAATATAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGAAGTTAATACCCAGGATGAGAATGGTTACACTGCTTTAACGTGGGCAGCACGTCAGGGTCATAAAAATATAG  592

Query  593  TTTTGAAGTTGCTTGAACTTGGAGCTAATAAAATGCTACAAACCAAAGATGGAAAGATGCCAAGTGAGATTGCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTTTGAAGTTGCTTGAACTTGGAGCTAATAAAATGCTACAAACCAAAGATGGAAAGATGCCAAGTGAGATTGCA  666

Query  667  AAAAGAAACAAACATCATGAGATCTTCAACTTACTTTCTTTTACTTTAAATCCATTGGAAGGAAAACTTCAACA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAAAGAAACAAACATCATGAGATCTTCAACTTACTTTCTTTTACTTTAAATCCATTGGAAGGAAAACTTCAACA  740

Query  741  GCTAACTAAAGAAGACACTATTTGTAAAATATTGACAACAGATTCTGATAGAGAAAAAGATCACATTTTTAGTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTAACTAAAGAAGACACTATTTGTAAAATATTGACAACAGATTCTGATAGAGAAAAAGATCACATTTTTAGTT  814

Query  815  CATATACAGCATTTGGAGATCTGGAAGTATTTTTACATGGTCTTGGACTTGAACATATGACAGATTTACTAAAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CATATACAGCATTTGGAGATCTGGAAGTATTTTTACATGGTCTTGGACTTGAACATATGACAGATTTACTAAAG  888

Query  889  GAAAGGGATATAACGTTAAGACATCTTTTGACCATGAGGGAAGATGAATTTACAAAGAATGGAATTACCAGTAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAAAGGGATATAACGTTAAGACATCTTTTGACCATGAGGGAAGATGAATTTACAAAGAATGGAATTACCAGTAA  962

Query  963  AGACCAGCAGAAAATTCTGGCTGCTCTTAAAGAACTACAGGTAGAAGAGATACAATTTGGAGAGCTATCTGAAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGACCAGCAGAAAATTCTGGCTGCTCTTAAAGAACTACAGGTAGAAGAGATACAATTTGGAGAGCTATCTGAAG  1036

Query 1037  AGACAAAGTTGGAAATCAGTGGTGATGAGTTCCTCAACTTTCTTCTCAAATTAAATAAACAGTGTGGCCATTTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGACAAAGTTGGAAATCAGTGGTGATGAGTTCCTCAACTTTCTTCTCAAATTAAATAAACAGTGTGGCCATTTA  1110

Query 1111  ATAACAGCTGTACAGAATGTTATTACTGAGTTACCTGTAAATTCTCAAAAGGTATTCTACAAAAGTT-------  1177
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |.|||.|||...||||       
Sbjct 1111  ATAACAGCTGTACAGAATGTTATTACTGAGTTACCTGTAAATTCTCAAAA-GAATTTTACTTCAGTTTGTGAAG  1183

Query 1178  -AT-----------------------------------------------------------------------  1179
             ||                                                                       
Sbjct 1184  AATTGGTTAATAATGTTGAAGATTTGAGTGAAAAGGTCTGCAAACTAAAAGACCTAATTCAAAAGTTGCAAAAT  1257

Query 1180  --------------------------------------------------------------------------  1179
                                                                                      
Sbjct 1258  GAACGGGAAAATGATCCAACTCATATACAATTAAGGGAAGAAGTATCTACATGGAATAGTAGAATTTTGAAGAG  1331

Query 1180  -------------------------------------------------------------------  1179
                                                                               
Sbjct 1332  GACAGCTATTACCATATGCGGATTCGGTTTTCTTCTTTTCATTTGCAAGCTAACTTTCCAGAGGAAA  1398