Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10935
• Subject: NM_001243953.1
• Aligned Length: 2118
• Identities: 1980
• Gaps: 138

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCAACGGCCAACTTCGGCAAGATCCAGATCGGGATTTACGTGGAGATCAAGCGCAGCGATGGCCGAATACA  74

Query    1  -------ATGGTAACATCTTTAAATGAAGATAATGAAAGTGTAACTGTTGAATGGATAGAAAATGGAGATACAA  67
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAAGCAATGGTAACATCTTTAAATGAAGATAATGAAAGTGTAACTGTTGAATGGATAGAAAATGGAGATACAA  148

Query   68  AAGGCAAAGAGATTGACCTGGAGAGCATCTTTTCACTTAACCCTGACCTTGTTCCTGATGAAGAAATTGAACCC  141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGGCAAAGAGATTGACCTGGAGAGCATCTTTTCACTTAACCCTGACCTTGTTCCTGATGAAGAAATTGAACCC  222

Query  142  AGTCCAGAAACACCTCCACCTCCAGCATCCTCAGCCAAAGTAAACAAAATTGTAAAGAATCGACGGACTGTAGC  215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGTCCAGAAACACCTCCACCTCCAGCATCCTCAGCCAAAGTAAACAAAATTGTAAAGAATCGACGGACTGTAGC  296

Query  216  TTCTATTAAGAATGACCCTCCTTCAAGAGATAATAGAGTGGTTGGTTCAGCACGTGCACGGCCCAGTCAATTTC  289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCTATTAAGAATGACCCTCCTTCAAGAGATAATAGAGTGGTTGGTTCAGCACGTGCACGGCCCAGTCAATTTC  370

Query  290  CTGAACAGTCTTCCTCTGCACAACAGAATGGTAGTGTTTCAGATATATCTCCAGTTCAAGCTGCAAAAAAGGAA  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct  371  CTGAACAGTCTTCCTCTGCACAACAGAATG--------------------------------------------  400

Query  364  TTTGGACCCCCTTCACGTAGAAAATCTAATTGTGTGAAAGAAGTAGAAAAACTGCAAGAAAAACGAGAGAAAAG  437
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  401  -------------CACGTAGAAAATCTAATTGTGTGAAAGAAGTAGAAAAACTGCAAGAAAAACGAGAGAAAAG  461

Query  438  GAGATTGCAACAGCAAGAACTTAGAGAAAAAAGAGCCCAGGACGTTGATGCTACAAACCCAAATTATGAAATTA  511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  462  GAGATTGCAACAGCAAGAACTTAGAGAAAAAAGAGCCCAGGACGTTGATGCTACAAACCCAAATTATGAAATTA  535

Query  512  TGTGTATGATCAGAGACTTTAGAGGAAGTTTGGATTATAGACCATTAACAACAGCAGATCCTATTGATGAACAT  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  536  TGTGTATGATCAGAGACTTTAGAGGAAGTTTGGATTATAGACCATTAACAACAGCAGATCCTATTGATGAACAT  609

Query  586  AGGATATGTGTGTGTGTAAGAAAACGACCACTCAATAAAAAAGAAACTCAAATGAAAGATCTTGATGTAATCAC  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  610  AGGATATGTGTGTGTGTAAGAAAACGACCACTCAATAAAAAAGAAACTCAAATGAAAGATCTTGATGTAATCAC  683

Query  660  AATTCCTAGTAAAGATGTTGTGATGGTACATGAACCAAAACAAAAAGTAGATTTAACAAGGTACCTAGAAAACC  733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  684  AATTCCTAGTAAAGATGTTGTGATGGTACATGAACCAAAACAAAAAGTAGATTTAACAAGGTACCTAGAAAACC  757

Query  734  AAACATTTCGTTTTGATTATGCCTTTGATGACTCAGCTCCTAATGAAATGGTTTACAGGTTTACTGCTAGACCA  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  758  AAACATTTCGTTTTGATTATGCCTTTGATGACTCAGCTCCTAATGAAATGGTTTACAGGTTTACTGCTAGACCA  831

Query  808  CTAGTGGAAACTATATTTGAAAGGGGAATGGCTACATGCTTTGCTTATGGGCAGACTGGAAGTGGAAAAACTCA  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  832  CTAGTGGAAACTATATTTGAAAGGGGAATGGCTACATGCTTTGCTTATGGGCAGACTGGAAGTGGAAAAACTCA  905

Query  882  TACTATGGGTGGTGACTTTTCAGGAAAGAACCAAGATTGTTCTAAAGGAATTTATGCATTAGCAGCTCGAGATG  955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  906  TACTATGGGTGGTGACTTTTCAGGAAAGAACCAAGATTGTTCTAAAGGAATTTATGCATTAGCAGCTCGAGATG  979

Query  956  TCTTTTTAATGCTAAAGAAGCCAAACTATAAGAAGCTAGAACTTCAAGTATATGCAACCTTCTTTGAAATTTAT  1029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  980  TCTTTTTAATGCTAAAGAAGCCAAACTATAAGAAGCTAGAACTTCAAGTATATGCAACCTTCTTTGAAATTTAT  1053

Query 1030  AGTGGAAAGGTGTTTGACTTGCTAAACAGGAAAACAAAATTAAGAGTTCTAGAAGATGGAAAACAGCAGGTTCA  1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1054  AGTGGAAAGGTGTTTGACTTGCTAAACAGGAAAACAAAATTAAGAGTTCTAGAAGATGGAAAACAGCAGGTTCA  1127

Query 1104  AGTGGTGGGATTACAGGAACGGGAGGTCAAATGTGTTGAAGATGTACTGAAACTCATTGACATAGGCAACAGTT  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128  AGTGGTGGGATTACAGGAACGGGAGGTCAAATGTGTTGAAGATGTACTGAAACTCATTGACATAGGCAACAGTT  1201

Query 1178  GCAGAACATCCGGTCAAACATCTGCAAATGCACATTCATCTCGGAGCCATGCAGTGTTTCAGATTATTCTTAGA  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202  GCAGAACATCCGGTCAAACATCTGCAAATGCACATTCATCTCGGAGCCATGCAGTGTTTCAGATTATTCTTAGA  1275

Query 1252  AGGAAAGGAAAACTACATGGCAAATTTTCTCTCATTGATTTGGCTGGAAATGAAAGAGGAGCTGATACTTCCAG  1325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276  AGGAAAGGAAAACTACATGGCAAATTTTCTCTCATTGATTTGGCTGGAAATGAAAGAGGAGCTGATACTTCCAG  1349

Query 1326  TGCGGACAGGCAAACTAGGCTTGAAGGTGCTGAAATTAATAAAAGCCTTTTAGCACTCAAGGAGTGCATCAGAG  1399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350  TGCGGACAGGCAAACTAGGCTTGAAGGTGCTGAAATTAATAAAAGCCTTTTAGCACTCAAGGAGTGCATCAGAG  1423

Query 1400  CCTTAGGTAGAAATAAACCTCATACTCCTTTCCGTGCAAGTAAACTCACTCAGGTGTTAAGAGATTCTTTCATA  1473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424  CCTTAGGTAGAAATAAACCTCATACTCCTTTCCGTGCAAGTAAACTCACTCAGGTGTTAAGAGATTCTTTCATA  1497

Query 1474  GGTGAAAACTCTCGTACCTGCATGATTGCCACAATCTCTCCAGGAATGGCATCCTGTGAAAATACTCTTAATAC  1547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498  GGTGAAAACTCTCGTACCTGCATGATTGCCACAATCTCTCCAGGAATGGCATCCTGTGAAAATACTCTTAATAC  1571

Query 1548  ATTAAGATATGCAAATAGGGTCAAAGAATTGACTGTAGATCCAACTGCTGCTGGTGATGTTCGTCCAATAATGC  1621
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572  ATTAAGATATGCAAATAGGGTCAAAGAATTGACTGTAGATCCAACTGCTGCTGGTGATGTTCGTCCAATAATGC  1645

Query 1622  ACCATCCACCAAACCAGATTGATGACTTAGAGACACAGTGGGGTGTGGGGAGTTCCCCTCAGAGAGATGATCTA  1695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646  ACCATCCACCAAACCAGATTGATGACTTAGAGACACAGTGGGGTGTGGGGAGTTCCCCTCAGAGAGATGATCTA  1719

Query 1696  AAACTTCTTTGTGAACAAAATGAAGAAGAAGTCTCTCCACAGTTGTTTACTTTCCACGAAGCTGTTTCACAAAT  1769
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1720  AAACTTCTTTGTGAACAAAATGAAGAAGAAGTCTCTCCACAGTTGTTTACTTTCCACGAAGCTGTTTCACAAAT  1793

Query 1770  GGTAGAAATGGAAGAACAAGTTGTAGAAGATCACAGGGCAGTGTTCCAGGAATCTATTCGGTGGTTAGAAGATG  1843
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794  GGTAGAAATGGAAGAACAAGTTGTAGAAGATCACAGGGCAGTGTTCCAGGAATCTATTCGGTGGTTAGAAGATG  1867

Query 1844  AAAAGGCCCTCTTAGAGATGACTGAAGAAGTAGATTATGATGTCGATTCATATGCTACACAACTTGAAGCTATT  1917
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868  AAAAGGCCCTCTTAGAGATGACTGAAGAAGTAGATTATGATGTCGATTCATATGCTACACAACTTGAAGCTATT  1941

Query 1918  CTTGAGCAAAAAATAGACATTTTAACTGAACTGCGGGATAAAGTGAAATCTTTCCGTGCAGCTCTACAAGAGGA  1991
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942  CTTGAGCAAAAAATAGACATTTTAACTGAACTGCGGGATAAAGTGAAATCTTTCCGTGCAGCTCTACAAGAGGA  2015

Query 1992  GGAACAAGCCAGCAAGCAAATCAACCCGAAGAGACCCCGTGCCCTT  2037
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016  GGAACAAGCCAGCAAGCAAATCAACCCGAAGAGACCCCGTGCCCTT  2061