Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10962
• Subject: NM_001352618.2
• Aligned Length: 1514
• Identities: 1226
• Gaps: 265

Alignment

Query    1  ---------------------------------ATGGATGAAAGGAACCGACAG---ACTTT----AAGA----  30
                                             |||||||||||||||||||||   |||||    ||||    
Sbjct    1  ATGGGGCGGAAGAAAATACAAATCACACGCATAATGGATGAAAGGAACCGACAGGTCACTTTTACAAAGAGAAA  74

Query   31  -------------AAGAAAGGC------CTTAATG------GT---TGTGA-----------------------  53
                         |||||||.|      ||||.||      ||   |||||                       
Sbjct   75  GTTTGGATTAATGAAGAAAGCCTATGAACTTAGTGTGCTCTGTGACTGTGAAATAGCACTCATCATTTTCAACA  148

Query   54  -------------------------GAGCCCTGATGCTGACGA--TTACTT--------------------TG-  79
                                     .|||.|||||...|||.|  || |||                    || 
Sbjct  149  GCTCTAACAAACTGTTTCAATATGCTAGCACTGATATGGACAAAGTT-CTTCTCAAGTATACAGAATATAATGA  221

Query   80  ----------AGCACAGTCCACT---------------CTC----------GGAGGACAGA-------------  105
                      ||||.|..|.|||               |||          |||..|||||             
Sbjct  222  ACCTCATGAAAGCAGAACCAACTCGGATATTGTTGAGGCTCTGAACAAGAAGGAACACAGAGGGTGCGACAGCC  295

Query  106  -------------TTCA-----GCAAACT--AAAT---GAAGA---------------TAGTG----ATTTTAT  137
                         ||||     ||.||||  |.||   |||||               ||.||    ||||.||
Sbjct  296  CAGACCCTGATACTTCATATGTGCTAACTCCACATACAGAAGAAAAATATAAAAAAATTAATGAGGAATTTGAT  369

Query  138  TTTCAA-ACGAGGC-----CCT---------------------CCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGT  184
                || |.||.||     |.|                     |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  370  ----AATATGATGCGGAATCATAAAATCGCAGTGAGTACTAAACCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGT  439

Query  185  CTGTCACAGTTCCAGTGACCAGCCCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGGGAGTTCACTGGTGTCCCCATCT  258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  440  CTGTCACAGTTCCAGTGACCAGCCCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGGGAGTTCACTGGTGTCCCCATCT  513

Query  259  TTGGCAGCCAGCTCAACGTTAACAGATTCAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTC  332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  514  TTGGCAGCCAGCTCAACGTTAACAGATTCAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTC  587

Query  333  TCCTGGAGCTCCTCAGAGACCACCAAGTACTGGCAATGCAGGTGGGATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGC  406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  588  TCCTGGAGCTCCTCAGAGACCACCAAGTACTGGCAATGCAGGTGGGATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGC  661

Query  407  CAAATGGAGCTGGAAGCAGTCCAGTGGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAATTTGATTGGAGCT  480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  662  CAAATGGAGCTGGAAGCAGTCCAGTGGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAATTTGATTGGAGCT  735

Query  481  ACTGGTGCAAATAGCTTAGGCAAAGTCATGCCTACAAAGTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAAT  554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  736  ACTGGTGCAAATAGCTTAGGCAAAGTCATGCCTACAAAGTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAAT  809

Query  555  GAACAGTAGGAAACCAGATCTTCGAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCACTAAACACCC  628
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  810  GAACAGTAGGAAACCAGATCTTCGAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCACTAAATACCC  883

Query  629  AAAGGATCAGTAGTTCTCAAGCCACTCAACCTCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCT  702
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  884  AGAGGATCAGTAGTTCTCAAGCCACTCAACCTCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCT  957

Query  703  CCGCAAGGACTTGTGTACTCAGCAATGCCGACTGCCTACAACACTGATTATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTC  776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  958  CCGCAAGGACTTGTGTACTCAGCAATGCCGACTGCCTACAACACTGATTATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTC  1031

Query  777  AGCCCTTCAAGGCTTCAACTCGCCAGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAG  850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032  AGCCCTTCAAGGCTTCAACTCGCCAGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAG  1105

Query  851  GACAAGCAGCCCTCAGCTCTCTTGTTGCTGGAGGGCAGTTATCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAAC  924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106  GACAAGCAGCCCTCAGCTCTCTTGTTGCTGGAGGGCAGTTATCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAAC  1179

Query  925  CAAAACATCAGCATCAAGTCCGAACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCCAGCAGCA  998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180  CAAAACATCAGCATCAAGTCCGAACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCCAGCAGCA  1253

Query  999  GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCACCACCGCAGCCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCC  1072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254  GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCACCACCGCAGCCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCC  1327

Query 1073  GACAGGAAATGGGGCGCTCCCCTGTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATCGGGAG  1146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328  GACAGGAAATGGGGCGCTCCCCTGTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATCGGGAG  1401

Query 1147  GATCCACGGGGCGACTTCCATTCTCCAATTGTGCTTGGCCGACCCCCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTC  1220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402  GATCCACGGGGCGACTTCCATTCTCCAATTGTGCTTGGCCGACCCCCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTC  1475

Query 1221  TGTAAAGCGAATGAGGATGGACGCGTGGGTGACC  1254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476  TGTAAAGCGAATGAGGATGGACGCGTGGGTGACC  1509