Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11039
• Subject: NM_001321046.2
• Aligned Length: 2796
• Identities: 1824
• Gaps: 972

Alignment

Query    1  ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGT  74

Query   75  AAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAAGCGTAGATGTTAAACTGGAGAACTATGGATTTG  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct   75  AAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAAGCGTAGATGTTAAACT-----------------  131

Query  149  ATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGTATCAAGGCTGTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGTACTAC  222
                                                                                      
Sbjct  132  --------------------------------------------------------------------------  131

Query  223  ACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGACAACTTACGGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTC  296
                                                                                      
Sbjct  132  --------------------------------------------------------------------------  131

Query  297  AATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAG  370
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  132  ------------------GGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAG  187

Query  371  ATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  188  ATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTA  261

Query  445  TTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  262  TTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCA  335

Query  519  AGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  336  AGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTT  409

Query  593  GGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCACAAGATGGCTCTCATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  410  GGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCACAAGATGGCTCTCATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATG  483

Query  667  GAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTCAGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  484  GAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTCAGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCA  557

Query  741  CTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCTTCATAAACAGTCGACCAGTACATCAAAAAGATA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  558  CTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCTTCATAAACAGTCGACCAGTACATCAAAAAGATA  631

Query  815  TCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  632  TCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTT  705

Query  889  CTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  706  CTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAA  779

Query  963  TAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  780  TAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTT  853

Query 1037  ATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  854  ATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTT  927

Query 1111  AATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCAGTCATTCCATTCCAAAATGATATGCA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  928  AATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCAGTCATTCCATTCCAAAATGATATGCA  1001

Query 1185  TAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002  TAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTC  1075

Query 1259  ATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076  ATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTA  1149

Query 1333  TCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150  TCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAA  1223

Query 1407  TGGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGGAAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224  TGGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGGAAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTT  1297

Query 1481  CTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCAGTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298  CTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCAGTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTA  1371

Query 1555  GTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAATTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372  GTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAATTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGA  1445

Query 1629  AGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446  AGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCA  1519

Query 1703  ATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520  ATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAA  1593

Query 1777  AATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594  AATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAA  1667

Query 1851  ACTGAA--------------------------------------------------------------------  1856
            ||||||                                                                    
Sbjct 1668  ACTGAAATATGAAGAGAAGGCTACTAAAGACTTGGAACGATACAATAGTCAAATGAAGAGAGCCATTGAACAGG  1741

Query 1857  --------------------------------------------------------------------------  1856
                                                                                      
Sbjct 1742  AGTCACAAATGTCACTAAAAGATGGCAGAAAAAAGATAAAACCCACCAGCGCATGGAATTTGGCCCAGAAGCAC  1815

Query 1857  --------------------------------------------------------------------------  1856
                                                                                      
Sbjct 1816  AAGTTAAAAACCTCATTATCTAATCAACCAAAACTTGATGAACTCCTTCAGTCCCAAATTGAAAAAAGAAGGAG  1889

Query 1857  --------------------------------------------------------------------------  1856
                                                                                      
Sbjct 1890  TCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTATGAAAAACTTAAAAATAAATTTTAAGAAACAAAACAAAG  1963

Query 1857  --------------------------------------------------------------------------  1856
                                                                                      
Sbjct 1964  TTGACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAATCTCAGGTTTCCTGATGCATGGCTAATGACATCC  2037

Query 1857  --------------------------------------------------------------------------  1856
                                                                                      
Sbjct 2038  AAAACAGAGGTAATGTTATTAAATCCATATAGAGTAGAAGAAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCA  2111

Query 1857  ------------------------------------------------TCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAG  1882
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112  TAAACTTCCTGCAGAGCCACTGGAAAAGCCAATTATGTTAACAGAGAGTCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAG  2185

Query 1883  ACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGATCCTCGTCTTACA  1956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2186  ACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGATCCTCGTCTTACA  2259

Query 1957  GCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATTACTGAAAAT-----------------------  2007
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
Sbjct 2260  GCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATTACTGAAAATTACTTGGAAATAGAAGGAATGGC  2333

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2334  TAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGG  2407

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2408  AAGTTTATGAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGGGAGAAGCAGTGCGTCTATCCAGACAATTA  2481

Query 2008  --------------------------------------------------------------------------  2007
                                                                                      
Sbjct 2482  CCCATGTACTTATCAAAAGAGGACATCCAAGACATTATCTACAGAATGAAGCACCAGTTTGGAAATGAAATTAA  2555

Query 2008  ----------------------------------------------------------  2007
                                                                      
Sbjct 2556  AGAGTGTGTTCATGGTCGCCCATTTTTTCATCATTTAACCTATCTTCCAGAAACTACA  2613