Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11079
• Subject: NM_001199763.2
• Aligned Length: 2937
• Identities: 1686
• Gaps: 1251

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGGCGCCCGCGGCGGCCTGGGGGTCTCGGGGGATCCGGGGGTCTCCGGCTGCTCCTCTGCCTCCTGCTGCT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GAGCAGCCGCCCGGGGGGCTGCAGCGCCGTTAGTGCCCACGGCTGTCTATTTGACCGCAGGCTCTGCTCTCACC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TGGAAGTCTGTATTCAGGATGGCTTGTTTGGGCAGTGCCAGGTGGGAGTGGGGCAGGCCCGGCCCCTTTTGCAA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GTCACCTCCCCAGTTCTCCAACGCTTACAAGGTGTGCTCCGACAACTCATGTCCCAAGGATTGTCCTGGCACGA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  TGACCTCACCCAGTATGTGATCTCTCAGGAGATGGAGCGCATCCCCAGGCTTCGCCCCCCAGAGCCCCGTCCAA  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  GGGACAGGTCTGGCTTGGCACCCAAGAGACCTGGTCCTGCTGGAGAGCTGCTTTTACAGGACATCCCCACTGGC  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  TCCGCCCCTGCTGCCCAGCATCGGCTTCCACAACCACCAGTGGGCAAAGGTGGAGCTGGGGCCAGCTCCTCTCT  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  GTCCCCTCTGCAGGCTGAGCTGCTCCCGCCTCTCTTGGAGCACCTGCTGCTGCCCCCACAGCCTCCCCACCCTT  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  CACTGAGTTACGAACCTGCCTTGCTGCAGCCCTACCTGTTCCACCAGTTTGGCTCCCGTGATGGCTCCAGGGTC  666

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  667  TCAGAGGGCTCCCCAGGGATGGTCAGTGTCGGCCCCCTGCCCAAGGCTGAAGCCCCTGCCCTCTTCAGCAGAAC  740

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  741  TGCCTCCAAGGGCATATTTGGGGACCACCCTGGCCACTCCTACGGGGACCTTCCAGGGCCTTCACCTGCCCAGC  814

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  815  TTTTTCAAGACTCTGGGCTGCTCTATCTGGCCCAGGAGTTGCCAGCACCCAGCAGGGCCAGGGTGCCAAGGCTG  888

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  889  CCAGAGCAAGGGAGCAGCAGCCGGGCAGAGGACTCCCCAGAGGGCTATGAGAAGGAAGGACTAGGGGATCGTGG  962

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  963  AGAGAAGCCTGCTTCCCCAGCTGTGCAGCCAGATGCGGCTCTGCAGAGGCTGGCCGCTGTGCTGGCGGGCTATG  1036

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct 1037  GGGTAGAGCTGCGTCAGCTGACCCCTGAGCAGCTCTCCACACTCCTGACCCTGCTGCAGCTACTGCCCAAGGGT  1110

Query    1  ------------------------------------------------------ATGGAGGGGCCGGTGGAGGG  20
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCAGGAAGAAATCCGGGAGGGGTTGTAAATGTTGGAGCTGATATCAAGAAAACAATGGAGGGGCCGGTGGAGGG  1184

Query   21  CAGAGACACAGCAGAGCTTCCAGCCCGCACATCCCCCATGCCTGGACACCCCACTGCCAGCCCTACCTCCAGTG  94
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAGAGACACAGCAGAGCTTCCAGCCCGCACATCCCCCATGCCTGGACACCCCACTGCCAGCCCTACCTCCAGTG  1258

Query   95  AAGTCCAGCAGGTGCCAAGCCCTGTCTCCTCTGAGCCTCCCAAAGCTGCCAGACCCCCTGTGACACCTGTCCTG  168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAGTCCAGCAGGTGCCAAGCCCTGTCTCCTCTGAGCCTCCCAAAGCTGCCAGACCCCCTGTGACACCTGTCCTG  1332

Query  169  CTAGAGAAGAAAAGCCCACTGGGCCAGAGCCAGCCCACGGTGGCAGGACAGCCCTCAGCCCGCCCAGCAGCAGA  242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTAGAGAAGAAAAGCCCACTGGGCCAGAGCCAGCCCACGGTGGCAGGACAGCCCTCAGCCCGCCCAGCAGCAGA  1406

Query  243  GGAATATGGCTACATCGTCACTGATCAGAAGCCCCTGAGCCTGGCTGCAGGAGTGAAGCTGCTGGAGATCCTGG  316
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 1407  GGAATATGGCTACATCGTCACTGATCAGAA--------------------------------------------  1436

Query  317  CTGAGCATGTGCACATGTCCTCAGGCAGCTTCATCAACATCAGTGTGGTGGGACCAGCCCTCACCTTCCGCATC  390
                                                       |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437  -------------------------------------------TGTGGTGGGACCAGCCCTCACCTTCCGCATC  1467

Query  391  CGGCACAATGAGCAGAACCTGTCTTTGGCTGATGTGACCCAACAAGCAGGGCTGGTGAAGTCTGAACTGGAAGC  464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468  CGGCACAATGAGCAGAACCTGTCTTTGGCTGATGTGACCCAACAAGCAGGGCTGGTGAAGTCTGAACTGGAAGC  1541

Query  465  ACAGACAGGGCTCCAAATCTTGCAGACAGGAGTGGGACAGAGGGAGGAGGCAGCTGCAGTCCTTCCCCAAACTG  538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542  ACAGACAGGGCTCCAAATCTTGCAGACAGGAGTGGGACAGAGGGAGGAGGCAGCTGCAGTCCTTCCCCAAACTG  1615

Query  539  CGCACAGCACCTCACCCATGCGCTCAGTGCTGCTCACTCTGGTGGCCCTGGCAGGTGTGGCTGGGCTGCTGGTG  612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616  CGCACAGCACCTCACCCATGCGCTCAGTGCTGCTCACTCTGGTGGCCCTGGCAGGTGTGGCTGGGCTGCTGGTG  1689

Query  613  GCTCTGGCTGTGGCTCTGTGTGTGCGGCAGCATGCGCGGCAGCAAGACAAGGAGCGCCTGGCAGCCCTGGGGCC  686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690  GCTCTGGCTGTGGCTCTGTGTGTGCGGCAGCATGCGCGGCAGCAAGACAAGGAGCGCCTGGCAGCCCTGGGGCC  1763

Query  687  TGAGGGGGCCCATGGTGACACTACCTTTGAGTACCAGGACCTGTGCCGCCAGCACATGGCCACGAAGTCCTTGT  760
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764  TGAGGGGGCCCATGGTGACACTACCTTTGAGTACCAGGACCTGTGCCGCCAGCACATGGCCACGAAGTCCTTGT  1837

Query  761  TCAACCGGGCAGAGGGTCCACCGGAGCCTTCACGGGTGAGCAGTGTGTCCTCCCAGTTCAGCGACGCAGCCCAG  834
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838  TCAACCGGGCAGAGGGTCCACCGGAGCCTTCACGGGTGAGCAGTGTGTCCTCCCAGTTCAGCGACGCAGCCCAG  1911

Query  835  GCCAGCCCCAGCTCCCACAGCAGCACCCCGTCCTGGTGCGAGGAGCCGGCCCAAGCCAACATGGACATCTCCAC  908
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912  GCCAGCCCCAGCTCCCACAGCAGCACCCCGTCCTGGTGCGAGGAGCCGGCCCAAGCCAACATGGACATCTCCAC  1985

Query  909  GGGACACATGATTCTGGCATACATGGAGGATCACCTGCGGAACCGGGACCGCCTTGCCAAGGAGTGGCAGGCCC  982
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986  GGGACACATGATTCTGGCATACATGGAGGATCACCTGCGGAACCGGGACCGCCTTGCCAAGGAGTGGCAGGCCC  2059

Query  983  TCTGTGCCTACCAAGCAGAGCCAAACACCTGTGCCACCGCGCAGGGGGAGGGCAACATCAAAAAGAACCGGCAT  1056
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060  TCTGTGCCTACCAAGCAGAGCCAAACACCTGTGCCACCGCGCAGGGGGAGGGCAACATCAAAAAGAACCGGCAT  2133

Query 1057  CCTGACTTCCTGCCCTATGACCATGCCCGCATAAAACTGAAGGTGGAGAGCAGCCCTTCTCGGAGCGATTACAT  1130
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134  CCTGACTTCCTGCCCTATGACCATGCCCGCATAAAACTGAAGGTGGAGAGCAGCCCTTCTCGGAGCGATTACAT  2207

Query 1131  CAACGCCAGCCCCATTATTGAGCATGACCCTCGGATGCCAGCCTACATAGCCACGCAGGGCCCGCTGTCCCATA  1204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208  CAACGCCAGCCCCATTATTGAGCATGACCCTCGGATGCCAGCCTACATAGCCACGCAGGGCCCGCTGTCCCATA  2281

Query 1205  CCATCGCAGACTTCTGGCAGATGGTGTGGGAGAGCGGCTGCACCGTCATCGTCATGCTGACCCCGCTGGTGGAG  1278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282  CCATCGCAGACTTCTGGCAGATGGTGTGGGAGAGCGGCTGCACCGTCATCGTCATGCTGACCCCGCTGGTGGAG  2355

Query 1279  GATGGTGTCAAGCAGTGTGACCGCTACTGGCCAGATGAGGGTGCCTCCCTCTACCACGTATATGAGGTGAACCT  1352
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356  GATGGTGTCAAGCAGTGTGACCGCTACTGGCCAGATGAGGGTGCCTCCCTCTACCACGTATATGAGGTGAACCT  2429

Query 1353  GGTGTCGGAGCACATCTGGTGCGAGGACTTTCTGGTGCGGAGCTTCTACCTGAAGAACGTGCAGACCCAGGAGA  1426
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430  GGTGTCGGAGCACATCTGGTGCGAGGACTTTCTGGTGCGGAGCTTCTACCTGAAGAACGTGCAGACCCAGGAGA  2503

Query 1427  CGCGCACGCTCACGCAGTTCCACTTCCTCAGCTGGCCGGCAGAGGGCACACCGGCCTCCACGCGGCCCCTGCTG  1500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504  CGCGCACGCTCACGCAGTTCCACTTCCTCAGCTGGCCGGCAGAGGGCACACCGGCCTCCACGCGGCCCCTGCTG  2577

Query 1501  GACTTCCGCAGGAAGGTGAACAAGTGCTACCGGGGCCGCTCCTGCCCCATCATCGTGCACTGCAGTGATGGTGC  1574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578  GACTTCCGCAGGAAGGTGAACAAGTGCTACCGGGGCCGCTCCTGCCCCATCATCGTGCACTGCAGTGATGGTGC  2651

Query 1575  GGGGAGGACCGGCACCTACATCCTCATCGACATGGTCCTGAACCGCATGGCAAAAGGAGTGAAGGAGATTGACA  1648
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652  GGGGAGGACCGGCACCTACATCCTCATCGACATGGTCCTGAACCGCATGGCAAAAGGAGTGAAGGAGATTGACA  2725

Query 1649  TCGCTGCCACCCTGGAGCATGTCCGTGACCAGCGGCCTGGCCTTGTCCGCTCTAAGGACCAGTTTGAATTTGCC  1722
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726  TCGCTGCCACCCTGGAGCATGTCCGTGACCAGCGGCCTGGCCTTGTCCGCTCTAAGGACCAGTTTGAATTTGCC  2799

Query 1723  CTGACAGCCGTGGCGGAGGAAGTGAATGCCATCCTCAAGGCCCTGCCCCAG  1773
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2800  CTGACAGCCGTGGCGGAGGAAGTGAATGCCATCCTCAAGGCCCTGCCCCAG  2850