Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11185
• Subject: NM_001166584.1
• Aligned Length: 1308
• Identities: 981
• Gaps: 237

Alignment

Query    1  ATGGAAAGGATGAGTGACTCTGCAGATAAGCCAATTGACAATGATGCAGAAGGGGTCTGGAGCCCCGACATCGA  74
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.||.||||||||.||.||.||.||
Sbjct    1  ATGGAAAGGATGAGCGACTCGGCAGATAAGCCGATTGACAACGACGCGGAGGGCGTCTGGAGTCCTGATATTGA  74

Query   75  GCAAAGCTTTCAGGAGGCCCTGGCTATCTATCCACCATGTGGGAGGAGGAAAATCATCTTATCAGACGAAGGCA  148
            |||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCAGAGTTTCCAGGAGGCCCTGGCTATCTATCCGCCGTGTGGGAGGAGAAAAATCATCTTATCAGACGAAGGCA  148

Query  149  AAATGTATGGTAGGAATGAATTGATAGCCAGATACATCAAACTCAGGACAGGCAAGACGAGGACCAGAAAAC--  220
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|  
Sbjct  149  AAATGTATGGTAGAAATGAATTGATAGCCAGATACATCAAACTCAGGACGGGAAAGACAAGGACCAGGAAGCAG  222

Query  221  -------------------------------------------------------------AGGTGTCTAGTCA  233
                                                                         |||||||||||||
Sbjct  223  GTGTCTAGTCATATACAGGTCTTAGCAAGAAAGAAAGTTCGAGAAATTCAAGCCGCCATTAAGGTGTCTAGTCA  296

Query  234  CATTCAGGTTCTTGCCAGAAGGAAATCTCGTGATTTTCATTCCAAGCTAAAGGTAACAAGCATGGATCAGACTG  307
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CATTCAGGTTCTTGCCAGAAGGAAATCTCGTGATTTTCATTCCAAGCTGAAGGTAACAAGCATGGATCAGACTG  370

Query  308  CAAAGGATAAGGCCCTGCAGCACATGGCGGCCATGTCCTCAGCCCAGATCGTCTCGGCCACTGCCATTCATAAC  381
            |.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||
Sbjct  371  CCAAGGACAAGGCCCTGCAGCACATGGCTGCCATGTCATCAGCCCAGATCGTCTCGGCTACTGCCATCCACAAC  444

Query  382  AAGCTGGGGCTGCCTGGGATTCCACGCCCGACCTTCCCAGGGGCGCCGGGGTTCTGGCCGGGAATGATTCAAAC  455
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||..||||||||||||||.||.|||||.||.||
Sbjct  445  AAGCTGGGGCTGCCTGGGATTCCACGCCCCACCTTCCCGGGGGGTCCGGGGTTCTGGCCTGGGATGATACAGAC  518

Query  456  AGGGCAGCCAGGATCCTCACAAGACGTCAAGCCTTTTGTGCAGCAGGCCTACCCCATCCAGCCAGCGGTCACAG  529
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  AGGACAGCCAGGATCCTCACAAGACGTCAAGCCCTTTGTGCAGCAGGCCTACCCCATCCAGCCAGCAGTCACAG  592

Query  530  CCCCCATTCCAGGGTTTGAGCCTGCATCGGCCCCAGCTCCCTCAGTCCCTGCCTGGCAAGGTCGCTCCATTGGC  603
            |||||||||||||||||||||||.|.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||.|||||||||
Sbjct  593  CCCCCATTCCAGGGTTTGAGCCTACGTCAGCCCCAGCCCCCTCAGTTCCTGCCTGGCAGGGCCGATCCATTGGC  666

Query  604  ACAACCAAGCTTCGCCTGGTGGAATTTTCAGCTTTTCTCGAGCAGCAGCGAGACCCAGACTC------------  665
            ||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||||||.|||||||||||||            
Sbjct  667  ACAACCAAGCTTCGCCTGGTGGAATTCTCCGCTTTCCTTGAACAGCAGAGAGACCCAGACTCGTACAACAAACA  740

Query  666  --------------------------------------------------------------------------  665
                                                                                      
Sbjct  741  CCTCTTCGTGCACATCGGGCATGCCAACCATTCTTACAGTGACCCGTTGCTCGAATCTGTGGACATTCGTCAGA  814

Query  666  --------------------------------------------------------------------------  665
                                                                                      
Sbjct  815  TATATGACAAATTTCCTGAAAAGAAAGGTGGCTTGAAGGAGCTGTTTGGAAAGGGCCCTCAAAACGCCTTCTTC  888

Query  666  --------------GGCTGATTTAAACTGCAATATTCAAGATGATGCTGGGGCTTTTTATGGTGTAACCAGTCA  725
                          |||.||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||.|.||||||
Sbjct  889  CTCGTCAAATTCTGGGCGGACTTAAACTGCAATATCCAAGACGACGCCGGGGCCTTTTATGGTGTGAGCAGTCA  962

Query  726  GTACGAGAGTTCTGAAAATATGACAGTCACCTGTTCCACCAAAGTTTGCTCCTTTGGGAAGCAAGTAGTAGAAA  799
            |||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  963  GTATGAGAGTTCTGAGAACATGACAGTTACCTGTTCCACCAAAGTGTGCTCCTTTGGGAAACAAGTAGTAGAAA  1036

Query  800  AAGTAGAGACGGAGTATGCAAGGTTTGAGAATGGCCGATTTGTATACCGAATAAACCGCTCCCCAATGTGTGAA  873
            |||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1037  AAGTAGAGACGGAGTATGCGAGGTTCGAGAATGGTCGATTCGTGTACCGAATAAACCGCTCGCCAATGTGTGAA  1110

Query  874  TATATGATCAACTTCATCCACAAGCTCAAACACTTACCAGAGAAATATATGATGAACAGTGTTTTGGAAAACTT  947
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TATATGATCAACTTCATCCACAAGCTCAAACACCTACCAGAGAAATATATGATGAACAGTGTTTTGGAAAACTT  1184

Query  948  CACAATTTTATTGGTGGTAACAAACAGGGATACACAAGAAACTCTACTCTGCATGGCCTGTGTGTTTGAAGTTT  1021
            |||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1185  CACCATATTATTGGTGGTAACAAACAGGGATACACAAGAAACTCTGCTCTGCATGGCCTGTGTATTTGAAGTCT  1258

Query 1022  CAAATAGTGAACACGGAGCACAACATCATATTTACAGGCTTGTAAAGGAC  1071
            |.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 1259  CGAATAGCGAACACGGAGCACAGCACCATATCTACAGGCTTGTGAAGGAC  1308