Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11249
• Subject: NM_001083315.2
• Aligned Length: 1662
• Identities: 1387
• Gaps: 150

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
                                                       .||  ||||..|.|.|     |.|||     
Sbjct    1  -------------------------------------------ATG--TTTGGTACTGA-----ATCTT-----  19

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct   20  CATTGAGCATGTTTTTGAACACGTTAACCCCAAAGTTCTACGTGGCCCTGACAGGCACTTCCTCGCTAATATCG  93

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct   94  GGACTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAGTATGGAACATCTTTCATTGAACAAGTCTCCGTAAG  167

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACA---------------------ACTCAG  349
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|                     ||||||
Sbjct  168  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAATAATTCTAATTCCAGTAATGGAGACTCAG  241

Query  350  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  423
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||.
Sbjct  242  ATTCCAACAGACAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTGAATCTGTTTAGGGGTGCGGAATAT  315

Query  424  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  497
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  316  AATCGGTACACTTGGGTCACAGGACGAGAGCCTCTGACCTACTATGACATGAACCTCTCTGCCCAGGACCACCA  389

Query  498  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  571
            ||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct  390  GACATTCTTTACTTGTGATTCAGATCATCTTCGCCCTGCAGATGCAATAATGCAAAAAGCTTGGAGAGAAAGGA  463

Query  572  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTG  645
            ||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  464  ACCCTCAAGCCAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAACGAGTGTGCAACTGCGTACATTCTCTTG  537

Query  646  GCTGAAGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTG  719
            ||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  538  GCGGAAGAAGAAGCGACAACTATTGCTGAAGCAGAAAAACTCTTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGTTG  611

Query  720  TTACCGACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCT  793
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  612  TTACCGGCGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGGTCCCAGTATGAAGCTCAACACAGACGAGACACCAATGTCT  685

Query  794  TGGTGTACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATG  867
            |.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct  686  TAGTCTATATCAAAAGAAGGCTGGCGATGTGTGCCCGGAGACTTGGAAGGACCAGAGAAGCAGTGAAGATGATG  759

Query  868  AGAGATTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGA  941
            ||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.||||||||
Sbjct  760  AGAGATTTAATGAAGGAGTTTCCCCTCCTAAGCATGTTCAATATCCATGAGAACCTTCTAGAAGCTCTTCTGGA  833

Query  942  ACTACAAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAA  1015
            |||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct  834  ACTCCAAGCTTATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCGGCGACAA  907

Query 1016  TATGCTACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGG  1089
            |||||||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.||
Sbjct  908  TATGCTACACAGCCGCCCTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCAGAGGCTGCGTCTCGGAGG  981

Query 1090  GGGCTGAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAA  1163
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||
Sbjct  982  GGGCTGAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAAGCCATCCACAGAGCTGTGGAATTTAATCCACACGTGCCAAA  1055

Query 1164  ATACCTACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAG  1237
            |||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1056  ATATCTACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTCCCACCAGAACACATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCGATAG  1129

Query 1238  CATATGCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAA  1311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1130  CATATGCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGGGTGGAAGGGGCTTTGAATCTCTTGCATTGTACGTGGGAA  1203

Query 1312  GGCACTTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAAC  1385
            ||||||||.|||||||||||.||||||.||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  GGCACTTTCCGGATGATCCCGTATCCCCTGGAGAAGGGACACCTATTTTATCCATACCCAATCTGTACAGAAAC  1277

Query 1386  AGCAGACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTC  1459
            |||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct 1278  AGCTGACCGGGAGCTGCTTCCCTCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAACTTCCCTTCTTCATCC  1351

Query 1460  TCTTTACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGG  1533
            ||||.|||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 1352  TCTTCACTGCTGGACTGTGCTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTTCCGGAACTTATGGGA  1425

Query 1534  GTCTTCGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACTTTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCT  1607
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1426  GTCTTCGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTGAACTTTGTTATGGAGAAAGTGGAAAGCATCCT  1499

Query 1608  CCCATCCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATC  1641
            |||.||||||.|||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1500  CCCCTCCAGTTTGTGGCATCAGCTGACACGGATC  1533