Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11249
• Subject: NM_001289625.1
• Aligned Length: 1731
• Identities: 1491
• Gaps: 105

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
            |||||.||.||||.|.|||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCGAGGCGGGCGCGGGCTTCCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATCGTGTGGTCGTGGACCTATCTGTGGAC  74

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
            |||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||||.|||||||..|||..||||||||||||.||||||
Sbjct   75  CGTGTGGTTCTTCCTCGTGCTCTTCCTGGTCTACATCCTGAGGGTGCCCCTGAGGATCAACGACAACCTGAGCA  148

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACGTTAACCCCAAAGTTCTACGTGGCCCTGACAGGCACTTCCTCGCTAATATCG  222

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  223  GGACTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAGTATGGAACATCTTTCATTGAACAAGTCTCCGTAAG  296

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACA---------------------ACTCAG  349
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|                     ||||||
Sbjct  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAATAATTCTAATTCCAGTAATGGAGACTCAG  370

Query  350  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  423
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||.
Sbjct  371  ATTCCAACAGACAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTGAATCTGTTTAGGGGTGCGGAATAT  444

Query  424  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  497
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  445  AATCGGTACACTTGGGTCACAGGACGAGAGCCTCTGACCTACTATGACATGAACCTCTCTGCCCAGGACCACCA  518

Query  498  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  571
            ||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct  519  GACATTCTTTACTTGTGATTCAGATCATCTTCGCCCTGCAGATGCAATAATGCAAAAAGCTTGGAGAGAAAGGA  592

Query  572  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATG--------------------------  619
            ||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|                          
Sbjct  593  ACCCTCAAGCCAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAACGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  666

Query  620  -------------------------------------------AGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  650
                                                       |||||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct  667  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCGTACATTCTCTTGGCGGA  740

Query  651  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  724
            |||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  741  AGAAGAAGCGACAACTATTGCTGAAGCAGAAAAACTCTTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGTTGTTACC  814

Query  725  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  798
            |.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct  815  GGCGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGGTCCCAGTATGAAGCTCAACACAGACGAGACACCAATGTCTTAGTC  888

Query  799  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  872
            ||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  889  TATATCAAAAGAAGGCTGGCGATGTGTGCCCGGAGACTTGGAAGGACCAGAGAAGCAGTGAAGATGATGAGAGA  962

Query  873  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  946
            |||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.|||||||||||.|
Sbjct  963  TTTAATGAAGGAGTTTCCCCTCCTAAGCATGTTCAATATCCATGAGAACCTTCTAGAAGCTCTTCTGGAACTCC  1036

Query  947  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1020
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1037  AAGCTTATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCGGCGACAATATGC  1110

Query 1021  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1094
            ||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||
Sbjct 1111  TACACAGCCGCCCTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCAGAGGCTGCGTCTCGGAGGGGGCT  1184

Query 1095  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1168
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1185  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAAGCCATCCACAGAGCTGTGGAATTTAATCCACACGTGCCAAAATATC  1258

Query 1169  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1242
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1259  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTCCCACCAGAACACATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCGATAGCATAT  1332

Query 1243  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1316
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||               |
Sbjct 1333  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGGGTGGAAGGGGCTTTGAATCTCTTGCATT---------------C  1391

Query 1317  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1390
            |||.|||||||||||.||||||.||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1392  TTTCCGGATGATCCCGTATCCCCTGGAGAAGGGACACCTATTTTATCCATACCCAATCTGTACAGAAACAGCTG  1465

Query 1391  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1464
            ||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1466  ACCGGGAGCTGCTTCCCTCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAACTTCCCTTCTTCATCCTCTTC  1539

Query 1465  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1538
            |||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1540  ACTGCTGGACTGTGCTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTTCCGGAACTTATGGGAGTCTT  1613

Query 1539  CGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACTTTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCTCCCAT  1612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1614  CGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTGAACTTTGTTATGGAGAAAGTGGAAAGCATCCTCCCCT  1687

Query 1613  CCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATC  1641
            |||||.|||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1688  CCAGTTTGTGGCATCAGCTGACACGGATC  1716