Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11249
• Subject: NM_001369601.1
• Aligned Length: 1731
• Identities: 1626
• Gaps: 105

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACA---------------------ACTCAG  349
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||
Sbjct  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG  370

Query  350  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  444

Query  424  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  518

Query  498  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  592

Query  572  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATG--------------------------  619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct  593  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  666

Query  620  -------------------------------------------AGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  650
                                                       |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  740

Query  651  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  814

Query  725  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  888

Query  799  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  962

Query  873  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  1036

Query  947  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1110

Query 1021  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1184

Query 1095  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1258

Query 1169  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1332

Query 1243  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |
Sbjct 1333  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATT---------------C  1391

Query 1317  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1465

Query 1391  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1539

Query 1465  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1613

Query 1539  CGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACTTTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCTCCCAT  1612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614  CGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACTTTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCTCCCAT  1687

Query 1613  CCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATC  1641
            |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688  CCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATC  1716