Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11249
• Subject: NM_022332.3
• Aligned Length: 1731
• Identities: 1387
• Gaps: 219

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
                                                       .||  ||||..|.|.|     |.|||     
Sbjct    1  -------------------------------------------ATG--TTTGGTACTGA-----ATCTT-----  19

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct   20  CATTGAGCATGTTTTTGAACACGTTAACCCCAAAGTTCTACGTGGCCCTGACAGGCACTTCCTCGCTAATATCG  93

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct   94  GGACTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAGTATGGAACATCTTTCATTGAACAAGTCTCCGTAAG  167

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACA---------------------ACTCAG  349
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|                     ||||||
Sbjct  168  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAATAATTCTAATTCCAGTAATGGAGACTCAG  241

Query  350  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  423
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||||||||.|||||.
Sbjct  242  ATTCCAACAGACAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTGAATCTGTTTAGGGGTGCGGAATAT  315

Query  424  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  497
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  316  AATCGGTACACTTGGGTCACAGGACGAGAGCCTCTGACCTACTATGACATGAACCTCTCTGCCCAGGACCACCA  389

Query  498  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  571
            ||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct  390  GACATTCTTTACTTGTGATTCAGATCATCTTCGCCCTGCAGATGCAATAATGCAAAAAGCTTGGAGAGAAAGGA  463

Query  572  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATG--------------------------  619
            ||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|                          
Sbjct  464  ACCCTCAAGCCAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAACGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  537

Query  620  -------------------------------------------AGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  650
                                                       |||||||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct  538  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCGTACATTCTCTTGGCGGA  611

Query  651  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  724
            |||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  612  AGAAGAAGCGACAACTATTGCTGAAGCAGAAAAACTCTTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGTTGTTACC  685

Query  725  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  798
            |.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct  686  GGCGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGGTCCCAGTATGAAGCTCAACACAGACGAGACACCAATGTCTTAGTC  759

Query  799  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  872
            ||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  760  TATATCAAAAGAAGGCTGGCGATGTGTGCCCGGAGACTTGGAAGGACCAGAGAAGCAGTGAAGATGATGAGAGA  833

Query  873  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  946
            |||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.|||||||||||.|
Sbjct  834  TTTAATGAAGGAGTTTCCCCTCCTAAGCATGTTCAATATCCATGAGAACCTTCTAGAAGCTCTTCTGGAACTCC  907

Query  947  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1020
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  908  AAGCTTATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCGGCGACAATATGC  981

Query 1021  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1094
            ||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||
Sbjct  982  TACACAGCCGCCCTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCAGAGGCTGCGTCTCGGAGGGGGCT  1055

Query 1095  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1168
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1056  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAAGCCATCCACAGAGCTGTGGAATTTAATCCACACGTGCCAAAATATC  1129

Query 1169  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1242
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1130  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTCCCACCAGAACACATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCGATAGCATAT  1203

Query 1243  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1316
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGGGTGGAAGGGGCTTTGAATCTCTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1277

Query 1317  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1390
            |||.|||||||||||.||||||.||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1278  TTTCCGGATGATCCCGTATCCCCTGGAGAAGGGACACCTATTTTATCCATACCCAATCTGTACAGAAACAGCTG  1351

Query 1391  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1464
            ||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1352  ACCGGGAGCTGCTTCCCTCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAACTTCCCTTCTTCATCCTCTTC  1425

Query 1465  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1538
            |||||||||.|.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1426  ACTGCTGGACTGTGCTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTTCCGGAACTTATGGGAGTCTT  1499

Query 1539  CGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACTTTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCTCCCAT  1612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1500  CGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTGAACTTTGTTATGGAGAAAGTGGAAAGCATCCTCCCCT  1573

Query 1613  CCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATC  1641
            |||||.|||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1574  CCAGTTTGTGGCATCAGCTGACACGGATC  1602