Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11361
• Subject: XM_005246966.2
• Aligned Length: 2262
• Identities: 2216
• Gaps: 45

Alignment

Query    1  ATGGGAATAAAGGTTCAACGTCCTCGATGTTTTTTTGACATTGCCATTAACAATCAACCTGCTGGAAGAGTTGT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGAATAAAGGTTCAACGTCCTCGATGTTTTTTTGACATTGCCATTAACAATCAACCTGCTGGAAGAGTTGT  74

Query   75  CTTTGAATTATTTTCTGATGTGTGCCCCAAAACATGCGAGAACTTTCGTTGTCTTTGTACAGGTGAAAAGGGGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CTTTGAATTATTTTCTGATGTGTGCCCCAAAACATGCGAGAACTTTCGTTGTCTTTGTACAGGTGAAAAGGGGA  148

Query  149  CCGGGAAATCAACTCAGAAACCATTACATTATAAGAGTTGTCTCTTTCACAGAGTTGTCAAGGATTTTATGGTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCGGGAAATCAACTCAGAAACCATTACATTATAAGAGTTGTCTCTTTCACAGAGTTGTCAAGGATTTTATGGTT  222

Query  223  CAAGGTGGTGACTTCAG---------------------------------------------TGAAGACGAGAG  251
            |||||||||||||||||                                             ||||||||||||
Sbjct  223  CAAGGTGGTGACTTCAGTGAAGGAAATGGACGAGGAGGGGAATCTATCTATGGAGGATTTTTTGAAGACGAGAG  296

Query  252  TTTCGCTGTTAAACACAACAAAGAATTTCTCTTGTCAATGGCCAACAGAGGGAAGGATACAAATGGTTCACAGT  325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTTCGCTGTTAAACACAACAAAGAATTTCTCTTGTCAATGGCCAACAGAGGGAAGGATACAAATGGTTCACAGT  370

Query  326  TCTTCATAACAACGAAACCAACTCCTCATTTAGATGGGCATCATGTTGTTTTTGGACAAGTAATCTCTGGTCAA  399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCTTCATAACAACGAAACCAACTCCTCATTTAGATGGGCATCATGTTGTTTTTGGACAAGTAATCTCTGGTCAA  444

Query  400  GAAGTTGTAAGAGAGATTGAAAACCAGAAAACAGATGCAGCTAGCAAACCGTTTGCGGAGGTACGGATACTCAG  473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAGTTGTAAGAGAGATTGAAAACCAGAAAACAGATGCAGCTAGCAAACCGTTTGCGGAGGTACGGATACTCAG  518

Query  474  TTGTGGAGAGCTGATTCCCAAATCTAAAGTTAAGAAAGAAGAAAAGAAAAGGCATAAATCATCATCATCTTCCT  547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTGTGGAGAGCTGATTCCCAAATCTAAAGTTAAGAAAGAAGAAAAGAAAAGGCATAAATCATCATCATCTTCCT  592

Query  548  CCTCCTCATCTAGTGACTCAGATAGCTCAAGTGATTCTCAGTCCTCTTCTGATTCCTCTGATTCCGAAAGTGCT  621
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCTCCTCATCTAGTGACTCAGATAGCTCAAGTGATTCTCAGTCCTCTTCTGATTCCTCTGATTCCGAAAGTGCT  666

Query  622  ACTGAAGAGAAATCAAAGAAAAGAAAAAAGAAACATCGGAAAAATTCCCGAAAACACAAGAAAGAAAAGAAAAA  695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACTGAAGAGAAATCAAAGAAAAGAAAAAAGAAACATCGGAAAAATTCCCGAAAACACAAGAAAGAAAAGAAAAA  740

Query  696  GCGAAAGAAAAGCAAGAAGAGTGCATCTAGTGAGAGTGAAGCTGAAAATCTTGAAGCACAACCCCAGTCTACTG  769
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCGAAAGAAAAGCAAGAAGAGTGCATCTAGTGAGAGTGAAGCTGAAAATCTTGAAGCACAACCCCAGTCTACTG  814

Query  770  TCCGTCCAGAAGAGATCCCTCCTATACCTGAAAATAGATTCCTAATGAGAAAAAGTCCTCCTAAAGCTGATGAG  843
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCCGTCCAGAAGAGATCCCTCCTATACCTGAAAATAGATTCCTAATGAGAAAAAGTCCTCCTAAAGCTGATGAG  888

Query  844  AAGGAAAGGAAAAACAGAGAGAGAGAAAGGGAAAGAGAGTGTAATCCACCTAACTCCCAGCCTGCTTCATACCA  917
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGGAAAGGAAAAACAGAGAGAGAGAAAGGGAAAGAGAGTGTAATCCACCTAACTCCCAGCCTGCTTCATACCA  962

Query  918  GAGACGACTTTTAGTTACTAGATCTGGCAGGAAAATTAAAGGAAGAGGACCAAGGCGTTATCGAACTCCTTCCA  991
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAGACGACTTTTAGTTACTAGATCTGGCAGGAAAATTAAAGGAAGAGGACCAAGGCGTTATCGAACTCCTTCCA  1036

Query  992  GATCCAGATCAAGGGATCGTTTCAGACGTAGTGAGACTCCTCCACATTGGAGGCAAGAGATGCAGAGAGCTCAA  1065
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GATCCAGATCAAGGGATCGTTTCAGACGTAGTGAGACTCCTCCACATTGGAGGCAAGAGATGCAGAGAGCTCAA  1110

Query 1066  AGAATGAGGGTATCAAGTGGTGAAAGATGGATCAAGGGGGATAAGAGTGAGTTGAATGAAATAAAAGAAAATCA  1139
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGAATGAGGGTATCAAGTGGTGAAAGATGGATCAAGGGGGATAAGAGTGAGTTGAATGAAATAAAAGAAAATCA  1184

Query 1140  GAGAAGTCCAGTTAGAGTAAAAGAGAGAAAAATAACAGATCACAGGAATGTATCTGAGAGTCCAAACAGAAAAA  1213
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAGAAGTCCAGTTAGAGTAAAAGAGAGAAAAATAACAGATCACAGGAATGTATCTGAGAGTCCAAACAGAAAAA  1258

Query 1214  ATGAAAAGGAGAAGAAAGTTAAAGACCATAAATCTAACAGCAAAGAGAGAGACATCAGAAGAAATTCAGAAAAA  1287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGAAAAGGAGAAGAAAGTTAAAGACCATAAATCTAACAGCAAAGAGAGAGACATCAGAAGAAATTCAGAAAAA  1332

Query 1288  GAAGACAAGTATAAAAACAAAGTGAAGAAAAGGGCCAAATCTAAAAGTAGGAGTAAGAGCAAAGAGAAATCAAA  1361
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GATGACAAGTATAAAAACAAAGTGAAGAAAAGGGCCAAATCTAAAAGTAGGAGTAAGAGCAAAGAGAAATCAAA  1406

Query 1362  GAGTAAAGAAAGAGATTCAAAACATAATAGAAATGAAGAAAAGAGGATGAGGTCAAGGAGTAAAGGAAGGGATC  1435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGTAAAGAAAGAGATTCAAAACATAATAGAAATGAAGAAAAGAGGATGAGGTCAAGGAGTAAAGGAAGGGATC  1480

Query 1436  ATGAAAATGTTAAAGAAAAAGAAAAGCAGTCTGATTCTAAAGGAAAAGATCAGGAAAGGAGTAGAAGTAAAGAG  1509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATGAAAATGTTAAAGAAAAAGAAAAGCAGTCTGATTCTAAAGGAAAAGATCAGGAAAGGAGTAGAAGTAAAGAG  1554

Query 1510  AAGTCTAAACAGTTAGAATCAAAGAGTAATGAGCATGATCACAGTAAAAGTAAGGAAAAGGATAGACGCGCACA  1583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGTCTAAACAGTTAGAATCAAAGAGTAATGAGCATGATCACAGTAAAAGTAAGGAAAAGGATAGACGCGCACA  1628

Query 1584  ATCCAGGAGTAGAGAATGTGATATAACTAAAGGTAAACACAGTTATAATAGCAGAACAAGAGAACGAAGCAGAA  1657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATCCAGGAGTAGAGAATGTGATATAACTAAAGGTAAACACAGTTATAATAGCAGAACAAGAGAACGAAGCAGAA  1702

Query 1658  GTAGGGACAGAAGCAGAAGAGTGCGATCAAGAACCCATGACAGAGATCGCAGCAGAAGCAAGGAGTACCATAGA  1731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTAGGGACAGAAGCAGAAGAGTGCGATCAAGAACCCATGACAGAGATCGCAGCAGAAGCAAGGAGTACCATAGA  1776

Query 1732  TACAGAGAACAGGAATACAGGAGAAGAGGACGGTCACGAAGCCGAGAGAGAAGAACACCACCAGGAAGATCAAG  1805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TACAGAGAACAGGAATACAGGAGAAGAGGACGGTCACGAAGCCGAGAGAGAAGAACACCACCAGGAAGATCAAG  1850

Query 1806  AAGTAAAGATAGGAGGAGAAGGAGGAGAGACTCACGGAGCTCAGAGAGAGAAGAAAGTCAAAGCAGAAACAAAG  1879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AAGTAAAGATAGGAGGAGAAGGAGGAGAGACTCACGGAGCTCAGAGAGAGAAGAAAGTCAAAGCAGAAACAAAG  1924

Query 1880  ACAAATACAGAAACCAAGAGAGTAAGAGCTCACACAGAAAAGAAAATTCTGAGAGTGAGAAAAGAATGTACTCT  1953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ACAAATACAGAAACCAAGAGAGTAAGAGCTCACACAGAAAAGAAAATTCTGAGAGTGAGAAAAGAATGTACTCT  1998

Query 1954  AAAAGTCGTGATCATAATAGCTCAAATAACAGCAGGGAAAAAAAGGCTGATAGAGATCAAAGTCCCTTCTCAAA  2027
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AAAAGTCGTGATCATAATAGCTCAAATAACAGCAGGGAAAAAAAGGCTGATAGAGATCAAAGTCCCTTCTCAAA  2072

Query 2028  AATAAAACAAAGCAGTCAGGACAATGAATTAAAGTCCTCCATGTTGAAAAATAAGGAGGATGAGAAGATCAGAT  2101
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AATAAAACAAAGCAGTCAGGACAATGAATTAAAGTCCTCCATGTTGAAAAATAAGGAGGATGAGAAGATCAGAT  2146

Query 2102  CCTCAGTGGAAAAAGAAAACCAAAAATCAAAAGGTCAAGAAAATGACCATGTACATGAAAAAAATAAAAAATTT  2175
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCTCAGTGGAAAAAGAAAACCAAAAATCAAAAGGTCAAGAAAATGACCATGTACATGAAAAAAATAAAAAATTT  2220

Query 2176  GATCATGAATCAAGCCCTGGAACAGATGAAGACAAAAGCGGA  2217
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GATCATGAATCAAGCCCTGGAACAGATGAAGACAAAAGCGGA  2262