Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11428
- Subject:
- NM_001357772.1
- Aligned Length:
- 2610
- Identities:
- 1588
- Gaps:
- 855
Alignment
Query 1 ATGTCGGGACGAACGCTCACGGATCGGATCGCCGCCGCTCAGTACAGCGTTACAGGCTCTGCTGTAGCAAGAGC 74
||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCGGGCCAAACGCTCACGGATCGGATCGCCGCCGCTCAGTACAGCGTGACTGGCTCTGCTGTAGCAAGAGC 74
Query 75 GGTCTGCAAAGCCACTACTCATGAAGTAATGGGCCCCAAGAAAAAGCACCTGGACTATTTGATCCAGGCTACCA 148
.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 AGTCTGCAAAGCCACCACTCATGAGGTGATGGGCCCCAAGAAGAAGCACCTGGACTATTTGATCCAGGCTACCA 148
Query 149 ACGAGACCAATGTTAATATTCCTCAGATGGCCGACACTCTCTTTGAGCGGGCAACAAACAGTAGCTGGGTGGTT 222
|.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 149 ATGAGACCAATGTCAATATCCCTCAGATGGCCGACACCCTCTTTGAGCGGGCGACAAACAGTAGCTGGGTGGTG 222
Query 223 GTGTTTAAGGCTTTAGTGACAACACATCATCTCATGGTGCATGGAAATGAGAGATTTATTCAATATTTGGCTTC 296
||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 223 GTATTTAAAGCTTTAGTGACCACACACCATCTCATGGTGCATGGAAATGAGAGATTTATTCAGTATTTGGCCTC 296
Query 297 TAGAAATACACTATTCAATCTCAGCAATTTTTTGGACAAAAGTGGATCCCATGGTTATGATATGTCTACCTTCA 370
|||.|||||.|||||||||||||||||.|||.|.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 297 TAGGAATACGCTATTCAATCTCAGCAACTTTCTAGATAAAAGTGGATCCCACGGTTATGATATGTCTACGTTCA 370
Query 371 TAAGGCGCTATAGTAGATATTTGAATGAAAAGGCTTTTTCTTACAGACAGATGGCCTTTGATTTTGCCAGGGTG 444
||.||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||
Sbjct 371 TACGGCGTTACAGTAGATACTTGAATGAAAAGGCTTTCTCCTACAGACAGATGGCATTTGACTTTGCCAGAGTG 444
Query 445 AAGAAAGGGGCCGATGGTGTAATGAGGACAATGGCTCCCGAAAAGCTGCTAAAGAGTATGCCAATACTACAGGG 518
|||||||||||.||.|||||.||||||||.||||.|||.||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 445 AAGAAAGGGGCTGACGGTGTCATGAGGACGATGGTTCCTGAAAAGCTCCTGAAGAGTATGCCAATCCTGCAGGG 518
Query 519 ACAAATTGATGCACTGCTTGAATTTGATGTGCATCCAAATGAACTAACAAATGGTGTCATAAATGCAGCATTTA 592
.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 519 GCAGATCGATGCACTGCTGGAGTTTGATGTGCATCCAAATGAACTAACCAATGGTGTCATAAATGCTGCATTTA 592
Query 593 TGCTTCTTTTCAAAGATCTTATCAAACTTTTTGCTTGCTACAATGATGGTGTTATTAACTTACTCGAAAAGTTT 666
||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||
Sbjct 593 TGCTTCTTTTCAAAGATCTTATCAAACTGTTTGCTTGCTACAATGACGGCGTCATTAACTTACTTGAAAAATTT 666
Query 667 TTTGAAATGAAGAAAGGACAATGTAAAGATGCTCTAGAAATTTACAAACGATTTCTAACTAGAATGACACGAGT 740
||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..|.||
Sbjct 667 TTCGAGATGAAGAAAGGTCAATGCAAAGACGCGCTAGAAATTTACAAGCGATTTCTAACTAGAATGACGAGGGT 740
Query 741 GTCTGAATTTCTCAAGGTTG------------------------------------------CAGAGGCTCCCA 772
|||||||||.||||||||.| ||.|||||||||
Sbjct 741 GTCTGAATTCCTCAAGGTCGCCGAGCAAGTTGGTATTGATAAAGGTGACATTCCCGACCTCACACAGGCTCCCA 814
Query 773 GCAGTCTTATGGAGACGCTTGAACAGCATCTAAATACATTAGAAGGAAAGAAACCTGGAAACAA------ATCT 840
||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 815 GCAGTCTTATGGAGACCCTTGAACAACATCTAAATACCCTAGAAGGAAAGAAACCTGGAAACAATGAAGGATCT 888
Query 841 GGTGCTCCCTCTCCATTAAGTAAGTCTTCTCCAGCCACAACTGTTACGTCTCCTAATTCTACACCAGCTAAAAC 914
|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GGTGCTCCCTCTCCACTAAGTAAGTCTTCTCCAGCCACAACTGTTACATCTCCTAATTCTACACCAGCTAAAAC 962
Query 915 TATTGACACATCCCCACCGGTTGATTTATTTGCAACTGCATCTGCGGCTGTCCCAGTCAGCACTTCTAAACCAT 988
|||.|||||||||||.||.|||||..||||||||||.|||||.|||||||.||||||||||.||.||||.||||
Sbjct 963 TATCGACACATCCCCGCCAGTTGACATATTTGCAACAGCATCCGCGGCTGCCCCAGTCAGCTCTGCTAAGCCAT 1036
Query 989 CTAGTGATCTCCTGGACCTCCAGCCAGACTTTTCCTCTGGA---------GGGGCAGCAGCA------------ 1041
|.||.||||||||.||.||.|||||.||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1037 CAAGCGATCTCCTTGATCTTCAGCCCGACTT---CTCTGGAGCAGCTGCGGGGGCAGCAGCACCTGTAGTGCCT 1107
Query 1042 ---------------------------------------------------GCCGCA----------------- 1047
||.|||
Sbjct 1108 CCTTCTGGGGGTGCGACCGCCTGGGGAGACCTTTTGGGAGAGGATTCCTTGGCTGCACTTTCCTCTGTTCCCTG 1181
Query 1048 -------------------------GCACCAG------------------------------------------ 1054
|||||||
Sbjct 1182 TGAAGCACCGATTTCAGACCCATTTGCACCAGAGCCTTCCCCTCCTACTACAACCACTGAGCCTGCTTCAGCCT 1255
Query 1055 -------CACCACCAC---------------------------------------------------------- 1063
.||||||||
Sbjct 1256 CTGCCTCGACCACCACAGCTGTGACGGCTGTCACTACGGAAGTGGATCTCTTTGGAGACCCTTTTGCCCCATCT 1329
Query 1064 -------------------CACCT--GCTGGA------------------------------------------ 1074
||||| ||||||
Sbjct 1330 GAAGGTAGCGCAGAGGCTGCACCTGAGCTGGACCTCTTTGCAATGAAGCCACCTGAGACCAGCGCTCCTGTAGT 1403
Query 1075 -------------------------------------------------------------------GGAGCCA 1081
|.|||||
Sbjct 1404 TACCCCTACAGCTAGCACAGCCCCTCCAGTTCCCGCAACTGCTCCTTCTCCTGCTCCCACGGCTGTGGCAGCCA 1477
Query 1082 CTGC---------------------------------------------------------------------- 1085
||||
Sbjct 1478 CTGCTGCCACCACCACCGCCGCCGCTGCAGCTACCACCACTGCCACCACCTCTGCTGCTGCTGCCACCACCGCC 1551
Query 1086 -------------------------------------------------------------------------- 1085
Sbjct 1552 GCTGCTCCTCCTGCTCTAGATATCTTTGGTGATTTGTTTGATTCTGCTCCTGAAGTTGCTGCAGCACCTAAGCC 1625
Query 1086 -------------------------------------------------------------------------- 1085
Sbjct 1626 AGACGCGGCTCCTAGCATAGACCTGTTTGGCACAGATGCTTTCTCCTCCCCGCCACGAGGGGCCTCTCCGGTGC 1699
Query 1086 -------------------------------------------------------------------------- 1085
Sbjct 1700 CTGAGAGTTCTCTCACTGCTGACCTCTTATCTGTGGACGCATTTGCAGCGCCGTCTCCTGCATCCACTGCCTCT 1773
Query 1086 -------------------------------------ATGGGGA------------------------------ 1092
.||||||
Sbjct 1774 CCTGCAAAGGCGGAGTCCTCGGGTGTCATAGACCTTTTTGGGGATGCGTTTGGAAGTGGTGCTTCTGAAACCCA 1847
Query 1093 ----------------------------------------------------GGATTTGGGGGTTCTTTCATGG 1114
||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 GCCAGCACCACAGGCTGTTTCTAGTTCATCAGCATCGGCAGATCTACTAGCTGGATTTGGGGGTTCTTTCATGG 1921
Query 1115 CGCCTTCCCCATCTCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGCTACAGCCCAATTTTGAGGCAGCTTTTGGGACA 1188
|.|||||..||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|||.||||||||||||||.||.
Sbjct 1922 CCCCTTCTACAACGCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGCTGCAACCCAGTTTCGAGGCAGCTTTTGGAACG 1995
Query 1189 ACGCCTTCAACTTCCAGCAGCAGCTCCTTTGATCCATCAGTGTTTGATGGTCTAGGTGATCTTTTGATGCCAAC 1262
||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||| |||.||||||.||||||||||
Sbjct 1996 ACGCCTTCGACTTCAAGCAGCAGCTCTTTTGACCCATC---------------AGGCGATCTTCTGATGCCAAC 2054
Query 1263 CATGGCACCAGCTGGGCAGCCTGCACCTGTCTCAATGGTACCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGCCC 1336
||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2055 CATGGCACCATCCGGGCAGCCTGCCCCTGTCTCAATGGTCCCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGGCC 2128
Query 1337 TTGGAAGTGATCTTGATTCATCTCTTGCCAGCTTAGTAGGCAATCTTGGAATTTCTGGTACCACAACAAAAAAG 1410
|.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2129 TCGGAAGTGACCTTGACTCGTCTCTGGCCAGTTTAGTAGGCAATCTTGGGATTTCTGGTACCACATCAAAAAAG 2202
Query 1411 GGAGATCTTCAGTGGAATGCTGGAGAGAAAAAGTTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAGCCTAAAGTAGCTCCAGC 1484
||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||..|||||||
Sbjct 2203 GGAGATCTCCAGTGGAATGCTGGGGAGAAAAAGCTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAACCGAAAGTCACTCCAGC 2276
Query 1485 AACCTGGTCAGCAGGCGTTCCACCAAGTGCACCTTTGCAAGGAGCTGTACCTCCAACCAGTTCAGTTCCTCCTG 1558
.||.||||||||.||.|||||.|| ||||||..||||.||.||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 2277 CACATGGTCAGCGGGTGTTCCCCC------------GCAAGGCACTGTTCCACCAACCAGCTCAGTCCCTCCGG 2338
Query 1559 TTGCCGGGGCCCCATCGGTTGGACAACCTGGAGCAGGATTTGGAATGCCTCCTGCTGGGACAGGCATGCCCATG 1632
.||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||.|||||
Sbjct 2339 GTGCCGGGGCCCCGTCCGTTGGGCAACCTGGAGCAGGATTTGGAATGCCTCCTTCAGGGACAGGCATGACCATG 2412
Query 1633 ATGCCTCAGCAGCCGGTCATGTTTGCACAGCCCATGATGAGGCCCCCCTTTGGAGCTGCCGCTGTACCTGGCAC 1706
|||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||
Sbjct 2413 ATGTCTCAGCAGCCAGTCATGTTTGCACAGCCCATGATGAGGCCACCCTTTGGAGCTGCAGCTGTGCCCGGCAC 2486
Query 1707 GCAGCTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCAGTCAGAGTCCCAAGAAACCTCCAGCAAAGGACCCATTAGCGGATC 1780
.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 2487 ACAGCTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCACTCAGAGTCCCAAGAAACCTCCAGCCAAGGACCCGTTAGCGGATC 2560
Query 1781 TTAAC--------------- 1785
|||||
Sbjct 2561 TTAACATCAAGGATTTCTTG 2580