Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11442
• Subject: NM_001163788.3
• Aligned Length: 1683
• Identities: 1563
• Gaps: 120

Alignment

Query    1  ATGGACGCTTCCCCCTCACCTTTCTCTCTCCCCAAGAAACTTAATGAATTATCTGCCCGTCGGGGATCTGATGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCTTCTTTCTTCTGGCATCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACA---------GCTA  139
                                                 ||||||||||||||||||||||||         ||||
Sbjct    1  -------------------------------------ATGAATAGTTCTACTCCTTCTACAGGTGTGTATGCTA  37

Query  140  ATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAA  213
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   38  ATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAA  111

Query  214  ATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTTTTGAT  287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  112  ATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTTTTGAT  185

Query  288  GTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACA  361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  186  GTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACA  259

Query  362  CTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAGACTGAC  435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  260  CTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAGACTGAC  333

Query  436  AATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCT  509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  334  AATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCT  407

Query  510  TTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTGAAAACC  583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  408  TTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTGAAAACC  481

Query  584  TCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCACC  657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  482  TCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCACC  555

Query  658  TTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAAAATGGC  731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  556  TTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAAAATGGC  629

Query  732  TCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCCTTAATG  805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  630  TCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCCTTAATG  703

Query  806  TGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTT  879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  704  TGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTT  777

Query  880  GAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGGATTTGC  953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  778  GAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGGATTTGC  851

Query  954  CCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAA  1027
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  852  CCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAA  925

Query 1028  TCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTTCTACTC  1101
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  926  TCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTTCTACTC  999

Query 1102  GTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGATGTACA  1175
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000  GTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGATGTACA  1073

Query 1176  TCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAG  1249
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074  TCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAG  1147

Query 1250  CAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAAGCAGTA  1323
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148  CAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAAGCAGTA  1221

Query 1324  CAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAA  1397
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222  CAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAA  1295

Query 1398  AAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTCCCCCTT  1471
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296  AAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTCCCCCTT  1369

Query 1472  CTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTTCAG  1545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370  CTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTTCAG  1443

Query 1546  AAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGTGGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCTTCATAA  1619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444  AAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGTGGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCTTCATAA  1517

Query 1620  CCATGACCTTGGAGAAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC  1674
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518  CCATGACCTTGGAGAAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC  1572