Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11442
• Subject: NM_001163790.2
• Aligned Length: 1689
• Identities: 1639
• Gaps: 39

Alignment

Query    1  ATGGACGCTTCCCCCTCACCTTTCTCTCTCCCCAAGAAACTTAATGAATTATCTGCCCGT------CGGGGATC  68
            |||||.|.|           .||.|..|      || |.||||      ||.|.|.|.||      ||||||||
Sbjct    1  ATGGATGGT-----------GTTGTTAC------AG-ATCTTA------TAACAGTCGGTTTAAAGCGGGGATC  50

Query   69  TGATGAGCTTCTTTCTTCTGGCATCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACA-------  135
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
Sbjct   51  TGATGAGCTTCTTTCTTCTGGCATCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACAGGTGTGT  124

Query  136  --GCTAATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTT  207
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  125  ATGCTAATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTT  198

Query  208  CGAAAAATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCT  281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  199  CGAAAAATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCT  272

Query  282  TTTGATGTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATT  355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  273  TTTGATGTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATT  346

Query  356  ATTACACTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAG  429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  347  ATTACACTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAG  420

Query  430  ACTGACAATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCT  503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  ACTGACAATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCT  494

Query  504  GGCCCTTTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTG  577
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  495  GGCCCTTTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTG  568

Query  578  AAAACCTCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATT  651
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  569  AAAACCTCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATT  642

Query  652  ATCACCTTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAA  725
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  643  ATCACCTTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAA  716

Query  726  AATGGCTCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCC  799
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717  AATGGCTCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCC  790

Query  800  TTAATGTGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCA  873
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  791  TTAATGTGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCA  864

Query  874  TCCCTTGAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGG  947
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  865  TCCCTTGAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGG  938

Query  948  ATTTGCCCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTC  1021
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  939  ATTTGCCCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTC  1012

Query 1022  TCACAATCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTT  1095
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013  TCACAATCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTT  1086

Query 1096  CTACTCGTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGA  1169
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087  CTACTCGTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGA  1160

Query 1170  TGTACATCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTC  1243
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161  TGTACATCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTC  1234

Query 1244  AGCTAGCAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAA  1317
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235  AGCTAGCAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAA  1308

Query 1318  GCAGTACAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCG  1391
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309  GCAGTACAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCG  1382

Query 1392  CTTTAAAAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTC  1465
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383  CTTTAAAAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTC  1456

Query 1466  CCCCTTCTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTC  1539
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457  CCCCTTCTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTC  1530

Query 1540  TTTCAGAAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGTGGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCT  1613
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531  TTTCAGAAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGTGGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCT  1604

Query 1614  TCATAACCATGACCTTGGAGAAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC  1674
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605  TCATAACCATGACCTTGGAGAAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC  1665