Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11442
- Subject:
- NM_001244897.2
- Aligned Length:
- 1773
- Identities:
- 1517
- Gaps:
- 231
Alignment
Query 1 ATGGACGCTTCCCCCTCACCTTTCTCTCTCCCCAAGAAACTTAATGAATTATCTGCCCGTCGGGGATCTGATGA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GCTTCTTTCTTCTGGCATCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACA---------GCTA 139
|||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 -------------------------------------ATGAATAGTTCTACTCCTTCTACAGGTGTGTATGCTA 37
Query 140 ATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAA 213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 38 ATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAA 111
Query 214 ATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTTTTGAT 287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 ATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTTTTGAT 185
Query 288 GTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACA 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 GTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACA 259
Query 362 CTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAGACTGAC 435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 CTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAGACTGAC 333
Query 436 AATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCT 509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 334 AATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCT 407
Query 510 TTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTGAAAACC 583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 TTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTGAAAACC 481
Query 584 TCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCACC 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 TCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCACC 555
Query 658 TTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAAAATGGC 731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 TTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAAAATGGC 629
Query 732 TCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCCTTAATG 805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 TCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCCTTAATG 703
Query 806 TGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTT 879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTT 777
Query 880 GAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGGATTTGC 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGGATTTGC 851
Query 954 CCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAA 1027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 CCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAA 925
Query 1028 TCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTTCTACTC 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 TCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTTCTACTC 999
Query 1102 GTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGATGTACA 1175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000 GTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGATGTACA 1073
Query 1176 TCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAG 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 TCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAG 1147
Query 1250 CAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAAGCAGTA 1323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 CAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAAGCAGTA 1221
Query 1324 CAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAA 1295
Query 1398 AAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTCCCCCTT 1471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 AAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTCCCCCTT 1369
Query 1472 CTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTTCAG 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 CTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTTCAG 1443
Query 1546 AAAG--ATCGCAAA---ATGGCGCTCA--------------TTCAA-------------TTGGGATCTGTGGAA 1587
| .||||.|| .||| ||||| |||.| .||||||....||.|
Sbjct 1444 ---GGTCTCGCCAACTCCTGG-GCTCAAGTGATTCTCCTGCTTCCACCTCCCCACAGTGCTGGGATTACAGGCA 1513
Query 1588 GAAGCAA----------------------TTCAG---------GCCCTCATTGAGC--TTCATAACCATGACCT 1628
..|||.| ||||| |||.|||.|.||| |.|.|| ||||
Sbjct 1514 TGAGCCACCACGCCTGGCTCTCTGTTCTTTTCAGTGTCTCCGTGCCATCAGTCAGCAGTGCTTA--CATG---- 1581
Query 1629 TGGAGAAAATCACCACCTCA--GAGTTTC-CTTCT----------------------CAAAATCTACAATC 1674
|..||.|.|| ..||| .|||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 1582 TTTAGCATAT-----TGTCATGCAGTTTCTCTTCTGTTCCCACGAGATATTTTTGGACAAAA-----AAT- 1641