Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11442
• Subject: NM_178164.3
• Aligned Length: 1683
• Identities: 1427
• Gaps: 123

Alignment

Query    1  ATGGACGCTTCCCCCTCACCTTTCTCTCTCCCCAAGAAACTTAATGAATTATCTGCCCGTCGGGGATCTGATGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCTTCTTTCTTCTGGCATCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACA---------GCTA  139
                                                 |||||.||.||.|   |||||.||         ||||
Sbjct    1  -------------------------------------ATGAACAGCTCGA---CTTCTGCAGGTGTGTATGCTA  34

Query  140  ATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAA  213
            ||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   35  ATGGGAATGACAACAAGAAATTTAAAGGAGATAGACCTCCCTGTTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAA  108

Query  214  ATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTTTTGAT  287
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  109  ATTCCATGTGATGTCACCGAAGCAGAGGTCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTTTTGAT  182

Query  288  GTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCTTTCTTAGAAATGGCTTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACA  361
            |||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.|.||||||||||
Sbjct  183  GTTGAAAGGAAAAAGCCAGGCCTTTTTAGAAATGGCTTCTGAAGAAGCTGCTGTTACTATGATAAATTATTACA  256

Query  362  CTCCTATTACTCCTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAACTTAAGACTGAC  435
            |||||.||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  257  CTCCTGTTACTCCTCATCTTCGAAGTCAGCCTGTTTATATCCAGTATTCCAATCACCGAGAACTTAAGACTGAC  330

Query  436  AATCTACCTAATCAAGCTCGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCT  509
            |||||.||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||.|.||.||||
Sbjct  331  AATCTGCCTAATCAGGCTAGAGCCCAAGCTGCACTGCAGGCTGTCAGTGCAGTCCAGTCAGGAAACTTGTCCCT  404

Query  510  TTCTGGAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTTCGAATAATTATTGAAAACC  583
            |.||||||.|.||.|.||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  405  TCCTGGAGCTACTGCAAATGAAGGCACATTGCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTCCGGATAATTATTGAAAACC  478

Query  584  TCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCACC  657
            |.|||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||
Sbjct  479  TATTTTACCCTGTCACTCTGGAAGTTCTCCATCAGATATTTTCTAAATTTGGCACGGTGTTGAAGATTATCACC  552

Query  658  TTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCAGTAAATGCACATTATGCCAAAATGGC  731
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||
Sbjct  553  TTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCCGACCCAGTGAATGCGCAGTATGCCAAAATGGC  626

Query  732  TCTGGATGGCCAGAATATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCCTTAATG  805
            |||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  627  TCTGGATGGCCAGAATATCTACAATGCGTGCTGCACTCTCCGTATTGACTTCTCCAAGCTCACCAGCCTTAATG  700

Query  806  TGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTT  879
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  701  TGAAATACAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTAGACCTTCCTACTGGTGACGGCCAGCCATCTCTT  774

Query  880  GAACCCCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAGGGGCTGCTGGATTTGC  953
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  775  GAACCTCCTATGGCTGCTGCTTTTGGTGCACCGGGTATAATGTCCTCTCCATATGCAGGGGCTGCTGGCTTTGC  848

Query  954  CCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAA  1027
            |||||||||.|.||||||||||||..|||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||.
Sbjct  849  CCCAGCCATCGCATTTCCTCAAGCAGCAGGTCTGTCTGTCCCAGCTGTTCCCGGAGCCCTTGGTCCTCTCACAC  922

Query 1028  TCACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTATACCAGGAAATTCTGTTCTACTC  1101
            |.|||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.
Sbjct  923  TTACCTCCTCTGCTGTCAGTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCAAGTGGTATGCCTGGGAATTCTGTTCTGCTG  996

Query 1102  GTCACAAATCTCAATCCTGATCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTCTATGGTGATGTACA  1175
            |||||.||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  997  GTCACCAACCTCAATCCTGACTTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGAGTGTATGGTGATGTACA  1070

Query 1176  TCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATGCCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAG  1249
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|.||||||.|||||||
Sbjct 1071  TCGAGTGAAGATTATGTTTAACAAGAAAGAAAACGCCTTGGTGCAGATGGCGGATGCGAGTCAAGCCCAGCTAG  1144

Query 1250  CAATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTACACTGTCCAAACATCAAGCAGTA  1323
            ||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1145  CAATGAACCACCTAAGTGGTCAGAGGCTCTATGGAAAAGTACTTCGGGCTACACTGTCCAAACATCAAGCCGTC  1218

Query 1324  CAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACCAAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAA  1397
            |||||.|||.||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..|||||||||||||
Sbjct 1219  CAGCTCCCTAGAGAGGGACAGGAAGACCAAGGTCTGACCAAGGACTTCAGCAATAGTCCCCTGCATCGCTTTAA  1292

Query 1398  AAAGCCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCATCTTTCCAACATTCCCCCTT  1471
            ||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1293  AAAGCCCGGCTCAAAGAATTTCCAAAATATCTTCCCTCCATCAGCCACACTTCATCTTTCCAACATTCCTCCTT  1366

Query 1472  CTGTTACAGTGGATGATCTGAAGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTTCAG  1545
            ||||.|||.|||||||.|||||||||||.||||.||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 1367  CTGTCACAATGGATGACCTGAAGAACCTGTTCACAGAAGCTGGATGCTCAGTGAAGGCTTTTAAGTTCTTCCAG  1440

Query 1546  AAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGTGGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCTTCATAA  1619
            |||||.||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||
Sbjct 1441  AAAGACCGTAAGATGGCTCTCATTCAGTTGGGATCTGTGGAAGAAGCAATCCAGGCTCTTATTGAGCTTCACAA  1514

Query 1620  CCATGACCTTGGAGAAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC  1674
            .||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1515  TCATGACCTTGGAGAGAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCCACCATC  1569