Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11516
- Subject:
- XR_001746996.1
- Aligned Length:
- 3188
- Identities:
- 2128
- Gaps:
- 1043
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 CATGTGACAGCTAACATAAGGATTGAAGCTGATCAAAGCAGGAATATACATTTTATTCAATACCAGAGGTGGTT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGCAGATCCATTCTTAATTATGCAAAATACCCTTATCACACAGCTCTTCTCATGTTTGTTTATTGAGGATTTGA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 AATCATTTGGAAATGACCACTCAGTCTGCATGTTACTGAGGTGTGGGATAAAATACAACCGTAAATTTCAAATT 222
Query 1 ----------------------------------ATGAGGG---------------TC--CCTGTAT------- 16
||||.|| || ||.| ||
Sbjct 223 GAGTGTGATGAACGAGGGGGAAGAGAAATATCAAATGAAGGGGAAAGAAACAAAAATCGACCAG-ATGACAAAA 295
Query 17 TTGAGGATATAAAAGA-----TGAA------ACTGAAG-------AAGAAAAGAT------AGGGGA----AGA 62
|||.|..|.|.||||| |||| |.||||| |||||.|.|| |.|||| |||
Sbjct 296 TTGTGTGTTTTAAAGACTGACTGAAATGCACAGTGAAGAGTCCCTAAGAACATATTACGTGATGGGAAATGAGA 369
Query 63 AGAAAATGAA----------GAAGACCAGGTCTTCTATAAGCCTGTTATTGAAGACTTAAGCATGGAATTGGCC 126
|..||.||.| ||.|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 AATAACTGCACTGCAAGCCTGATGA--AGGTCTTCTATAAGCCTGTTATTGAAGACTTAAGCATGGAATTGGCC 441
Query 127 AGAAAATGCACGGAACTCATTAGCGATATCCGTTATAAAGAAGAGTTTAAAAAGTCCAAGGATAAGTGTACATT 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 AGAAAATGCACGGAACTCATTAGCGATATCCGTTATAAAGAAGAGTTTAAAAAGTCCAAGGATAAGTGTACATT 515
Query 201 TGTGACTGACAGTCCTATGCTAAACCATGTAAAAAATATCGGTGCTTTTATTTCTGAGGCAAAATACAAAGGCA 274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 TGTGACTGACAGTCCTATGCTAAACCATGTAAAAAATATCGGTGCTTTTATTTCTGAGGCAAAATACAAAGGCA 589
Query 275 CCATTAAAGCTGACCTTTCTAATTCTCTTTATAAGCGGATGCCAGCCACAATTGACAGTGTTTTTGCAGGAGAA 348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 CCATTAAAGCTGACCTTTCTAATTCTCTTTATAAGCGGATGCCAGCCACAATTGACAGTGTTTTTGCAGGAGAA 663
Query 349 GTTACACAGCTCCAGAGTGAGGTGGCCTACAAGCAGAAACATGATGCTGCCAAAGGATTCTCAGATTATGCCCA 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 GTTACACAGCTCCAGAGTGAGGTGGCCTACAAGCAGAAACATGATGCTGCCAAAGGATTCTCAGATTATGCCCA 737
Query 423 CATGAAGGAGCCCCCTGAGGTTAAACATGCCATGGAGGTCAATAAACACCAGAGTAATATTTCTTATAGGAAAG 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 CATGAAGGAGCCCCCTGAGGTTAAACATGCCATGGAGGTCAATAAACACCAGAGTAATATTTCTTATAGGAAAG 811
Query 497 ACGTGCAGGACACCCACACGTACAGTGCAGAACTTGACCTACCAGACATCAAGATGGCAACCCAGATCTCTAAG 570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 812 ACGTGCAGGACACCCACACGTACAGTGCAGAACTTGACCGACCAGACATCAAGATGGCAACCCAGATCTCTAAG 885
Query 571 ATCATAAGCAATGCAGAATACAAGAAAGGACAAGGAATAATGAATAAAGAGCCCGCTGTAATTGGAAGACCAGA 644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 ATCATAAGCAATGCAGAATACAAGAAAGGACAAGGAATAATGAATAAAGAGCCCGCTGTAATTGGAAGACCAGA 959
Query 645 TTTTGAACATGCCGTGGAAGCTTCTAAACTTTCTAGTCAAATTAAATACAAAGAAAAATTTGATAATGAAATGA 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTTTGAACATGCCGTGGAAGCTTCTAAACTTTCTAGTCAAATTAAATACAAAGAAAAATTTGATAATGAAATGA 1033
Query 719 AGGATAAGAAACATCATTACAATCCTCTTGAAAGTGCTTCTTTTAGGCAGAATCAGCTTGCTGCTACACTGGCG 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 AGGATAAGAAACATCATTACAATCCTCTTGAAAGTGCTTCTTTTAGGCAGAATCAGCTTGCTGCTACACTGGCG 1107
Query 793 AGCAATGTGAAGTACAAGAAAGACATTCAAAATATGCATGATCCAGTTTCAGATCTCCCAAATTTGTTGTTTTT 866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 AGCAATGTGAAGTACAAGAAAGACATTCAAAATATGCATGATCCAGTTTCAGATCTCCCAAATTTGTTGTTTTT 1181
Query 867 AGACCATGTTTTGAAAGCCAGCAAAATGCTCAGCGGCCGAGAATATAAAAAGCTCTTTGAGGAAAACAAAGGAA 940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 AGACCATGTTTTGAAAGCCAGCAAAATGCTCAGCGGCCGAGAATATAAAAAGCTCTTTGAGGAAAACAAAGGAA 1255
Query 941 TGTATCATTTTGATGCAGATGCTGTGGAACATCTGCACCATAAAGGCAATGCCGTCCTCCAAAGTCAGGTGAAA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TGTATCATTTTGATGCAGATGCTGTGGAACATCTGCACCATAAAGGCAATGCCGTCCTCCAAAGTCAGGTGAAA 1329
Query 1015 TATAAAGAAGAATATGAGAAAAATAAGGGAAAGCCAATGCTTGAATTTGTTGAGACACCATCATATCAAGCTTC 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 TATAAAGAAGAATATGAGAAAAATAAGGGAAAGCCAATGCTTGAATTTGTTGAGACACCATCATATCAAGCTTC 1403
Query 1089 AAAGGAGGCTCAAAAGATGCAAAGTGAAAAAGTTTACAAAGAGGATTTTGAGAAGGAGATTAAAGGAAGGTCAT 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 AAAGGAGGCTCAAAAGATGCAAAGTGAAAAAGTTTACAAAGAGGATTTTGAGAAGGAGATTAAAGGAAGGTCAT 1477
Query 1163 CACTGGATTTAGACAAGACTCCAGAATTTTTACATGTAAAGTACATCACCAACCTTCTGAGGGAGAAAGAATAT 1236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 CACTGGATTTAGACAAGACTCCAGAATTTTTACATGTAAAGTACATCACCAACCTTCTGAGGGAGAAAGAATAT 1551
Query 1237 AAAAAAGATTTGGAAAATGAGATAAAAGGGAAAGGAATGGAACTTAATTCAGAAGTTCTTGATATCCAAAGAGC 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 AAAAAAGATTTGGAAAATGAGATAAAAGGGAAAGGAATGGAACTTAATTCAGAAGTTCTTGATATCCAAAGAGC 1625
Query 1311 AAAGCGAGCCTCTGAAATGGCAAGTGAGAAAGAATACAAGAAAGACCTGGAGTCAATAATTAAAGGGAAAGGAA 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 AAAGCGAGCCTCTGAAATGGCAAGTGAGAAAGAATACAAGAAAGACCTGGAGTCAATAATTAAAGGGAAAGGAA 1699
Query 1385 TGCAAGCTGGCACTGACACCCTTGAAATGCAGCATGCCAAGAAGGCTGCAGAGATAGCGAGTGAGAAAGACTAT 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 TGCAAGCTGGCACTGACACCCTTGAAATGCAGCATGCCAAGAAGGCTGCAGAGATAGCGAGTGAGAAAGACTAT 1773
Query 1459 AAAAGAGATCTGGAGACTGAAATTAAAGGGAAAGGGATGCAGGTGAGCACAGACACTCTTGATGTCCAGAGAGC 1532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 AAAAGAGATCTGGAGACTGAAATTAAAGGGAAAGGGATGCAGGTGAGCACAGACACTCTTGATGTCCAGAGAGC 1847
Query 1533 TAAGAAAGCATCCGAGATGGCCAGCCAGAAACAATACAAGAAGGACTTAGAAAATGAAATTAAAGGGAAAGGAA 1606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TAAGAAAGCATCCGAGATGGCCAGCCAGAAACAATACAAGAAGGACTTAGAAAATGAAATTAAAGGGAAAGGAA 1921
Query 1607 TGCAAGTGAGCATGGATATCCCAGATATCCTTCGAGCCAAGAGGACATCTGAAATCTATAGCCAGAGAAAGTAT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 TGCAAGTGAGCATGGATATCCCAGATATCCTTCGAGCCAAGAGGACATCTGAAATCTATAGCCAGAGAAAGTAT 1995
Query 1681 AAAGATGAAGCAGAGAAGATGCTTTCTAACTATTCTACCATAGCAGATACTCCTGAAATTCAGAGAATTAAGAC 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 AAAGATGAAGCAGAGAAGATGCTTTCTAACTATTCTACCATAGCAGATACTCCTGAAATTCAGAGAATTAAGAC 2069
Query 1755 AACTCAACAAAACATTAGTGCGGTATTTTATAAGAAAGAAGTGGGAGCTGGCACTGCAGTGAAAGATAGCCCAG 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070 AACTCAACAAAACATTAGTGCGGTATTTTATAAGAAAGAAGTGGGAGCTGGCACTGCAGTGAAAGATAGCCCAG 2143
Query 1829 AGATCGAACGAGTGAAGAAAAATCAGCAGAATATTAGTTCAGTGAAATACAAAGAAGAGATTAAACATGCAACA 1902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 AGATCGAACGAGTGAAGAAAAATCAGCAGAATATTAGTTCAGTGAAATACAAAGAAGAGATTAAACATGCAACA 2217
Query 1903 GCCATTTCTGATCCTCCAGAACTAAAGAGAGTTAAAGAAAACCAGAAGAACATCAGCAATCTCCAGTATAAAGA 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GCCATTTCTGATCCTCCAGAACTAAAGAGAGTTAAAGAAAACCAGAAGAACATCAGCAATCTCCAGTATAAAGA 2291
Query 1977 GCAAAACTACAAGGCCACTCCGGTAAGCATGACCCCGGAGATAGAGAGAGTGAGGCGAAACCAGGAGCAGCTGA 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 GCAAAACTACAAGGCCACTCCGGTAAGCATGACCCCGGAGATAGAGAGAGTGAGGCGAAACCAGGAGCAGCTGA 2365
Query 2051 GTGCGGCAAGTCGTTTCTGTTTCCTTTTATATTTTCTCAAACATAACATATTTTTATTTAAAAATATGCCCTTT 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 GTGCGGCAAGTCGTTTCTGTTTCCTTTTATATTTTCTCAAACATAACATATTTTTATTTAAAAATATGCCCTTT 2439
Query 2125 GGAAGGCCATTATCCTTAGCAAAC-------------------------------------------------- 2148
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440 GGAAGGCCATTATCCTTAGCAAACTAACACAGGAACGTAAAACCAAATACTGCATAATAATGAGAGCTAAATGA 2513
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2514 TGAGAATACATGGACACATAGAGGGGAATAACAGACACCGGAGCCTGTTGGACGGGAGAGGATGGGAGGAGGGA 2587
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2588 GAGGATCCGGAAAAGTAACTGTTGAGTACTGGGCTTAATGCCGGGGTGATGAAGTCATCTGTACAACAAACTCC 2661
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2662 CATAACACAAGTTCACCTGTGTAACAAACCTGCACATGTACCGCTGAACTTAAAAGTTTTAAAAGAAAATGAAT 2735
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2736 TTGAGCAACATGCAATTATATGGATGAATCATATCATTATAACATGAAAAAGTGAATATGTACATGCAGCATTA 2809
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2810 ATTCTTTTGTAAAATTTAACAACTGCAATAATAACGATGATGATAAACGGAATATCTCCAGATTTAATAAAACT 2883
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2884 ATCTAAAAATTTAAAAAGGAAAAGTTTTACACCCTCTGCATTTTTGGATGTTCCTTTTCACATTTCCTTGTTGA 2957
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 2958 AGGGCATGAACTGCGTGTCCAGGAAATTTGGGACTGTGTTGCTGTACCTTAGCTGTGTTTGCTTATTCAAGAGA 3031
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 3032 TCTTCATTAAGTACCCAAATGTACTGGGCATTGTCCTGGTCACCCAGACACAAAGATGGGTAAAATATAAGGGA 3105
Query 2149 -------------------------------------------------------------------------- 2148
Sbjct 3106 GAACTTCAACGGGGAACTGCAATTTCTGATCCACCAGAGCTGAAGAGGGCAAAAGAAAACCAGAAAAACATCAG 3179
Query 2149 ------ 2148
Sbjct 3180 CAATGT 3185