Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11537
• Subject: NM_009635.3
• Aligned Length: 2465
• Identities: 2116
• Gaps: 37

Alignment

Query    1  ATGTCT------------TCCACGGG------GCA-----CCCTGGCTCCT-ACAAAATATGGGGA---GAGAA  47
            ||||||            |.|| |||      |||     |||.||.||.| ||     ||||.||   |||||
Sbjct    1  ATGTCTCTGAGCAGTGCCTTCA-GGGCTGTGAGCAACGACCCCCGGATCATCAC-----ATGGAGAATTGAGAA  68

Query   48  AATGGAGCTGGCGCTGGTGCCTGTGAGCGCCCACGGCAACTTCTATGAGGGGGACTGCTACGTCATCCTCTCGA  121
            |||||||||||||||||||||..||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||.||.|||||||||
Sbjct   69  AATGGAGCTGGCGCTGGTGCCCCTGAGTGCTCACGGCAACTTCTACGAGGGAGACTGCTACATCGTCCTCTCGA  142

Query  122  CCCGGAGAGTGGCCAGTCTCCTATCCCAGGACATCCACTTCTGGATCGGGAAGGACTCCTCCCAGGATGAGCAA  195
            ||||||||||||.|||.||.||.||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct  143  CCCGGAGAGTGGGCAGCCTTCTCTCCCAGAACATCCACTTTTGGATCGGGAAGGACTCCTCCCAGGACGAGCAG  216

Query  196  AGCTGCGCAGCCATATATACCACACAGCTGGACGACTACCTGGGAGGCAGCCCTGTGCAGCACCGAGAGGTCCA  269
            ||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  217  AGCTGCGCGGCCATCTATACCACACAGCTGGATGACTACCTGGGAGGCAGCCCGGTGCAGCACCGTGAGGTCCA  290

Query  270  GTACCATGAGTCAGACACTTTCCGTGGCTACTTCAAGCAGGGCATCATCTACAAGCAGGGGGGTGTCGCCTCTG  343
            ||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||..||||||||||.|||||||
Sbjct  291  GTACCACGAGTCCGACACCTTCCGTGGCTACTTCAAGCAGGGCATCATCTATAAAAAGGGGGGTGTGGCCTCTG  364

Query  344  GGATGAAGCACGTGGAGACCAATACCTACGACGTGAAGCGGCTGCTACATGTGAAAGGGAAAAGAAACATCAGG  417
            ||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||.||||||||||.||.||.|||||||||||||||...
Sbjct  365  GGATGAAGCACGTGGAGACCAACACCTATGATGTGAAGAGGCTGCTACACGTAAAGGGGAAAAGAAACATCCAA  438

Query  418  GCTACCGAGGTGGAAATGAGCTGGGACAGTTTCAACCGAGGTGATGTCTTCTTGCTGGACCTTGGGAAAGTCAT  491
            ||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||.|||||||||||||||..|||||
Sbjct  439  GCCACGGAGGTGGAAATGAGCTGGGACAGCTTTAACCGAGGCGATGTCTTCCTGCTGGACCTTGGGATGGTCAT  512

Query  492  CATCCAATGGAATGGCCCAGAGAGCAACAGTGGGGAGCGCCTGAAGGCTATGCTTCTGGCAAAGGATATTCGAG  565
            ||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct  513  CATCCAGTGGAATGGCCCGGAGAGCAACAGTGGGGAACGTCTCAAGGCTATGCTTCTGGCAAAGGACATTCGGG  586

Query  566  ACAGGGAGCGAGGGGGCCGTGCTGAAATAGGAGTGATCGAGGGAGACAAGGAGGCAGCCAGCCCAGAGCTGATG  639
            ||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||.|||||||
Sbjct  587  ACAGGGAGCGAGGGGGCCGTGCTGAAATTGGGGTGATTGAGGGAGACAAGGAGGCGGCCAGCCCAGGGCTGATG  660

Query  640  AAGGTCCTTCAGGACACCCTTGGCCGACGCTCCATTATCAAGCCTACAGTCCCTGATGAGATCATAGATCAGAA  713
            |..|||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||.||||..|||||||||||||.||.||..|
Sbjct  661  ACAGTCCTCCAGGATACCCTTGGTCGACGCTCCATGATAAAGCCTGCAGTTTCTGATGAGATCATGGACCAACA  734

Query  714  GCAGAAATCAACTATCATGTTGTATCATATCTCAGATTCAGCTGGGCAGCTGGCAGTCACAGAGGTAGCAACAA  787
            .||||||||||.|||||||||.||||||.||||.||..||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||
Sbjct  735  ACAGAAATCAAGTATCATGTTATATCATGTCTCCGACACAGCTGGGCAGCTGTCAGTCACAGAGGTGGCAACAA  808

Query  788  GGCCTCTGGTCCAGGACTTACTGAACCATGATGACTGCTACATCCTGGACCAAAGTGGAACCAAAATCTACGTG  861
            ||||.||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct  809  GGCCCCTGGTCCAGGACCTACTGAACCACGATGACTGCTACATCCTGGACCAAAGTGGCACCAAGATCTACGTG  882

Query  862  TGGAAAGGAAAAGGAGCCACAAAGGCTGAAAAACAGGCAGCCATGTCTAAAGCGCTGGGCTTCATCAAGATGAA  935
            ||||||||.|||||||||||.||||.|||.||||||||.||||||||.|||||.||||..||||||||||||||
Sbjct  883  TGGAAAGGCAAAGGAGCCACCAAGGTTGAGAAACAGGCGGCCATGTCCAAAGCCCTGGATTTCATCAAGATGAA  956

Query  936  GAGCTACCCCAGCAGCACCAATGTGGAGACCGTCAACGATGGTGCTGAGTCGGCCATGTTCAAGCAGCTGTTCC  1009
            |.|.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||.||||||
Sbjct  957  GGGATACCCCAGCAGCACCAACGTGGAGACCGTCAACGATGGCGCAGAGTCGGCCATGTTCAAACAGTTGTTCC  1030

Query 1010  AGAAGTGGTCAGTAAAGGACCAGACCATGGGCCTGGGGAAAACGTTCAGCATTGGTAAAATTGCTAAAGTTTTC  1083
            ||||.|||||.||.|||||||||||||.||||.|||||||||..|||||||.|||||||||.||||||.|.|||
Sbjct 1031  AGAAATGGTCGGTGAAGGACCAGACCACGGGCTTGGGGAAAATATTCAGCACTGGTAAAATCGCTAAAATCTTC  1104

Query 1084  CAGGATAAATTTGATGTGACTCTGCTACACACCAAGCCAGAGGTAGCTGCCCAGGAAAGAATGGTCGATGATGG  1157
            |||||.||.||.||||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.||.||.||
Sbjct 1105  CAGGACAAGTTCGATGTGTCTCTGCTACACACCAAGCCAGAAGTGGCTGCACAGGAGAGAATGGTGGACGACGG  1178

Query 1158  CAACGGAAAAGTTGAGGTCTGGAGAATTGAGAACCTGGAGCTGGTCCCTGTGGAGTATCAATGGTATGGCTTCT  1231
            |||.||..|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||.|||||||||
Sbjct 1179  CAAAGGCCAGGTTGAGGTCTGGAGAATTGAGAACCTGGAGCTGGTCCCCGTGGAATACCAGTGGCATGGCTTCT  1252

Query 1232  TTTATGGGGGAGACTGTTATCTGGTCCTCTACACATACGAGGTAAATGGGAAGCCACATCACATCTTGTACATC  1305
            |.||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.|||.||||||||||||||
Sbjct 1253  TCTACGGGGGAGACTGCTATCTGGTTCTCTACACGTACGATGTGAACGGGAAACCCCATTACATCTTGTACATC  1326

Query 1306  TGGCAGGGCCGCCACGCCTCACAGGATGAGCTGGCAGCCTCAGCATACCAGGCAGTGGAGGTGGATCGGCAGTT  1379
            |||||||||||||||||.||.|.|||||||||||||||||||||.||.|.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1327  TGGCAGGGCCGCCACGCATCCCGGGATGAGCTGGCAGCCTCAGCCTATCGGGCAGTGGAGGTGGATCAGCAGTT  1400

Query 1380  TGATGGGGCTGCTGTGCAGGTTCGAGTCAGGATGGGAACGGAGCCACGCCACTTCATGGCCATCTTCAAAGGGA  1453
            ||||||.||..||||||||||.||.||.||.|||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1401  TGATGGAGCCCCTGTGCAGGTCCGGGTTAGCATGGGGAAGGAGCCACGCCACTTCATGGCCATCTTCAAAGGAA  1474

Query 1454  AGCTAGTTATCTTTGAGGGTGGGACTTCCAGGAAGGGAAATGCCGAGCCTGACCCTCCAGTAAGACTCTTCCAA  1527
            ||||.|||||||..|||||.||||||||||||||||||||.|..|||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 1475  AGCTGGTTATCTACGAGGGCGGGACTTCCAGGAAGGGAAACGAGGAGCCGGACCCTCCAGTAAGGCTCTTCCAG  1548

Query 1528  ATTCATGGAAATGACAAATCTAACACCAAAGCAGTGGAAGTTCCAGCCTTTGCCTCCTCCCTAAACTCCAATGA  1601
            ||.||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||..|.||||.|||.|||||.||.||||||||.||
Sbjct 1549  ATCCACGGGAACGACAAATCCAACACCAAAGCAGTGGAGGTCTCGGCCTCTGCTTCCTCGCTCAACTCCAACGA  1622

Query 1602  TGTCTTTCTGCTGCGAACTCAGGCAGAGCACTACCTGTGGTATGGCAAGGGGTCTAGTGGGGATGAGCGGGCAA  1675
            .||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1623  CGTCTTTCTGCTGCGGACTCAGGCAGAGCACTACCTGTGGTACGGCAAGGGGTCTAGTGGGGACGAGCGGGCGA  1696

Query 1676  TGGCTAAGGAGCTGGCCAGCCTTCTCTGTGATGGCAGCGAGAACACTGTGGCCGAGGGCCAGGAGCCAGCCGAG  1749
            |||||||||||||||.|..|||||||||||||||||..|.|.||||||||||.|||||||||||||||.|.|||
Sbjct 1697  TGGCTAAGGAGCTGGTCGACCTTCTCTGTGATGGCAATGCGGACACTGTGGCTGAGGGCCAGGAGCCACCTGAG  1770

Query 1750  TTCTGGGACCTACTGGGAGGGAAAACTCCCTATGCCAATGATAAAAGACTTCAGCAGGAAATCCTAGATGTCCA  1823
            |||||||||||.||||||||.|||||..||||.||.|||||.|||||.||.|||||.||||.|||.||.|||||
Sbjct 1771  TTCTGGGACCTTCTGGGAGGAAAAACAGCCTACGCTAATGACAAAAGGCTGCAGCAAGAAACCCTGGACGTCCA  1844

Query 1824  -GTCTCGTCTCTTTGAATGTTCCAATAAGACCGGCCAATTCGTTGTCACTGAGATCACAGACTTCACCCAGGAT  1896
             ||| ||.||||||||.||||||||||||||.||||..|||.||||.||.|||.||||.||||||||||||||.
Sbjct 1845  GGTC-CGGCTCTTTGAGTGTTCCAATAAGACTGGCCGCTTCCTTGTTACGGAGGTCACGGACTTCACCCAGGAG  1917

Query 1897  GACCTGAACCCTACTGACGTGATGCTCCTAGATACCTGGGACCAGGTGTTCTTGTGGATTGGGGCTGAGGCCAA  1970
            |||||||.|||...|||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1918  GACCTGAGCCCAGGTGATGTGATGCTTCTGGACACCTGGGACCAGGTGTTCTTGTGGATAGGAGCGGAGGCCAA  1991

Query 1971  TGCCACGGAGAAGGAGAGTGCCCTTGCCACAGCACAGCAGTACCTGCACACTCACCCCAGCGGCCGAGATCCCG  2044
            |||||||||||||.||.|.|||||..|.||.||.|||.||||||||..|||.||.||.||.||||||||.||||
Sbjct 1992  TGCCACGGAGAAGAAGGGGGCCCTCTCGACGGCTCAGGAGTACCTGGTCACACATCCTAGTGGCCGAGACCCCG  2065

Query 2045  ACACACCAATCCTGATCATTAAGCAGGGGTTTGAGCCTCCCATCTTCACAGGCTGGTTCCTAGCCTGGGACCCT  2118
            |||||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2066  ACACACCGATTCTGATCATCAAACAGGGCTTTGAGCCCCCCACCTTCACAGGCTGGTTCCTGGCATGGGACCCT  2139

Query 2119  AACATTTGGAGTGCAGGAAAAACATATGAACAATTAAAAGAA-GAGCTGGGAGATGCTGCTGCTATCATGCGAA  2191
            .||||||||||.|.|||||||.|||||||.||..| |||||| ||||||||||||||..||||.||..||||||
Sbjct 2140  CACATTTGGAGCGAAGGAAAATCATATGAGCAGCT-AAAGAACGAGCTGGGAGATGCAACTGCCATTGTGCGAA  2212

Query 2192  TCACTGCTGACATGAAGAATGCAACCCTCTCCCTGAATTCTAATGACAGTGAGCCAAAATATTACCCTATAGCA  2265
            ||||.||||||||||||||.|||||.||.|.|||||||.|||.||||.||||||||||.||.|||||..|.|.|
Sbjct 2213  TCACCGCTGACATGAAGAACGCAACACTTTACCTGAATCCTAGTGACGGTGAGCCAAAGTACTACCCGGTGGAA  2286

Query 2266  GTTCTGTTGAAAAACCAGAATCAGGAGCTGCCTGAGGATGTAAACCCTGCCAAAAAGGAGAATTACCTCTCTGA  2339
            ||||||.|||||...|||||.||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 2287  GTTCTGCTGAAAGGTCAGAACCAGGAGCTGCCTGAGGATGTGGACCCCGCCAAAAAGGAGAACTACCTCTCGGA  2360

Query 2340  ACAGGACTTTGTGTCTGTGTTTGGCATCACAAGAGGGCAATTTGCAGCTCTGCCTGGCTGGAAACAGCTCCAAA  2413
            |||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||..|.||||||||||||||||||||||||||..
Sbjct 2361  ACAAGACTTTGTATCTGTGTTTGGCATCACGAGAGGGCAGTTCACTGCTCTGCCTGGCTGGAAACAGCTCCAGC  2434

Query 2414  TGAAGAAAGAAAAGGGGCTTTTC  2436
            ||||||||||||.|||.||||||
Sbjct 2435  TGAAGAAAGAAAGGGGCCTTTTC  2457